里克·基南(Rick Keenan)博士专访

十月11,2016

“另一件事是,我们大多数科学家对计算机有一定的了解,我们一直在使用它们,我们拥有智能手机,但我们不想知道计算背后的动态。我们只想使用它。因此,它必须易于使用且直观。这就是让Apple如此成功的原因-他们没有发明任何东西,只是让它变得用户友好。这是CDD Vault在我进行评估时脱颖而出的地方–它是用户友好的,具有直观的意义,对我来说更易于使用。因此,我认为这将是该行业前进的关键。”


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里克·基南
OptiKira项目负责人
RMK药物发现咨询总裁

里克·基南  是一位高级药物发现科学家,在制药和生物技术公司,风险投资机构,慈善基金会和学术研究实验室具有丰富的全球经验。里克(Rick)曾在葛兰素史克(GlaxoSmithKline)任职,并且是GSK(外部药物发现卓越中心)的CEEDD创始人。在GSK的微生物学,肌肉骨骼和增生性疾病药物发现卓越中心(MMPD CEDD),他与一组药物化学家的合作确定了TPO受体激动剂 Eltrombopag (目前以Promacta的形式销售)。 Rick建议以现任职务(管理BioMotiv的研究合作并担任OptiKira的新型眼科激酶抑制剂发现活动的项目负责人)建议使用CDD Vault来管理虚拟药物发现公司中发生的多个CRO项目。 Rick意识到CDD Vault为不断发展的数据密集型制药行业业务模型提供的优势,这些业务模型得益于开放科学实践并正在加速发现。


CDD倡导者 雪莉·路易斯·梅博士 与Rick进行了交谈,谈到了他在职业生涯中对开源数据政策的长期推广,尤其是他将CDD Vault用于虚拟药品数据管理。

 

SLM:Rick,在您的漫长职业生涯和在药物发现中的许多角色中,并且目前是虚拟公司OptiKira的项目负责人,您一直是开放式创新,新颖的数据共享计划和开源药物发现的拥护者。您能否告诉我一些有关当前药物开发工作的战略构想以及CDD Vault如何适应该构想?

RMK:好的。当我为BioMotiv进行各种项目领导工作时,对我来说很明显。您提到了虚拟公司,这是虚拟公司的典型示例。我是宾夕法尼亚州的项目负责人,项目经理位于克利夫兰,主要科学家来自加利福尼亚大学旧金山分校和西雅图的华盛顿大学。我们必须协作,一起工作,而且我们必须有一种共享数据的方式。对我来说,很明显,在我们试图将研究团队和研究计划组合在一起时,这是一个很大的差距,即数据共享。

BioMotiv要求我研究各种计算平台。几年前,我与Barry Bunin,Kellan Gregory和CDD团队的其他成员紧密合作,共同开展了疟疾数据项目(在GSK),因此我立即想到了CDD。我测试了其他一些数据托管平台,但没有一个与CDD Vault具有的功能和能力非常接近。因此,我建议BioMotiv将CDD Vault用作其成立的所有虚拟公司的平台。我认为BioMotiv产品组合中至少有另一家公司目前正在使用CDD Vault,随着越来越多的公司开始使用BioMotiv,我相信我们会看到更多的CDD Vault用户。

 

SLM:当您评估许多计算数据托管平台时,您正在寻找什么特定属性?

RMK:它必须易于使用,易于使用。它必须同时在Macintosh和Windows计算机上工作。结构图必须简单明了,能够进行子结构搜索,不仅可以搜索关键字和短语,还可以搜索结构信息–那是最重要的。做出决定的一个巧合是,巴里·布宁(Barry Bunin)的研究生研究生布拉德利·贝克斯(Bradley Backes)是OptiKira的联合创始人之一。他之前也曾与CDD一起工作过并且喜欢CDD,因此在科学团队中有几位熟悉CDD Vault的人,并且赞赏CDD Vault的属性,因此很容易出售。我也非常感谢Charlie Weatherall和他的团队一开始就给予我们的支持,例如引导我们完成各种输入数据,取回数据,进行搜索的方法-在一开始的那种握持对于许多团队成员。由于我对CDD Vault有所了解,因此对我来说很简单,但对其他一些人则不然。目前,大多数数据输入是由程序管理小组中的人员完成的,他们可能不是经验丰富的化学家,但仍可以轻松使用该系统并生成必要的信息。

 

SLM:您使用的是标准类型的数据还是正在输入其他更高级的数据,例如需要进行曲线计算或可量化图像?

RMK:我们还没有进行这项研究,但是在开始进行动物研究时,我们将朝着这个方向努力。具体来说,我们将需要能够在CDD Vault中输入光学相干断层扫描数据。我认为CDD Vault证明非常有用的另一种方式是当我们进行外部调查时。我们在色素性视网膜炎方面的努力吸引了一些潜在许可方的关注。有一些大型公司正在研究这一领域的能力,并且由于我们的数据在CDD Vault中组织得井井有条,因此作为一家小型公司,通过这些努力过程相对容易。我们不必花费大量时间来整理文件并将所有数据整理在一起。在CDD保险柜中就可以了。当您进行多个此类尽职调查时,如果没有CDD Vault等计算平台中数据的现成可用性,这可能会成为非常耗时的练习。因此,这不仅使我们的研究管理变得轻松,而且使我们必须在团队内部以及与潜在许可方共享数据,这使我们的工作更加轻松。

 

SLM:由于您已经对多家公司进行了尽职调查,因此CDD Vault在多大程度上满足了公司在存储数据时需要考虑的信息要求,例如协议文档和文档记录。化合物或测定的新思路?

RMK:尽职调查是另一个公司的科学家必须对您提交给他们的科学结果充满信心的过程。因此,您可以向他们展示PowerPoint幻灯片和图表,但是没有什么比向他们展示原始数据了。那真的有帮助。那是科学家与科学家交谈。他们想看看您如何计算数据,数据来自何处,并且想让您确信自己已正确完成了实验。这就是CDD Vault允许您执行的操作。您可以根据需要显示尽可能多的详细信息,因为您可以不断单击,直到获得原始数据为止。虽然有些人在此过程中更早就满意,而有些人则更详尽,但从我们的角度来看,工作量没有什么不同。就是要让他们访问数据。在接下来的几个月中,我们将再进行两次此操作,因此我们将在累积更多数据时看到它的运行方式,但是老实说,这比实际情况要费力得多。具有讽刺意味的是,共享数据现在很容易。困难的部分是安排与这些公司的所有相关成员举行会议,基本上是在每个人的日历上协调时间!

 

SLM:为此,我知道您可以在CDD Vault中生成有关Vault数据的报告。我与其他一些CDD客户交谈过,他们使用报告生成工具在联席会议之前提供了很多信息。他们还使用数据通知系统,以便在输入新数据时,该信息会自动发送给团队成员,以便在两次会议之间可以找到有关该项目的信息。您与之合作的公司是否使用了这些CDD Vault功能中的任何一项?

RMK:目前,我们的公司很小,所以我们不需要它。我在Atlas Ventures投资组合中熟悉的公司–我为Quartet Medicine和Mark Tebbe及其小组做过一些咨询工作–四方医药是一家小型公司。我认为他们只有四个人,因此名不虚传。在四个人之间共享数据并不是那么困难。在OptiKira,我是项目负责人,而Glen Gaughan是项目经理。我们只有两个人,我们每两周与学术原理调查员开会一次。他们中的两个人具有化学背景,喜欢涉足CDD Vault并查看原始数据。另外两个人只是想听听更新,而不想过多地进入Vault,所以我每两周整理一些更新,这对他们来说足够好。我认为我们将在明年一年半中扩大我们的小团队,并且可能在不久的将来开始使用CDD Vault的更高级功能。

 

SLM:恩,我可以想像,在公司成立初期,您将希望查看输入的所有数据,因为您想确保一切都按预期进行记录,并且任何可能导致格式化的问题在开始自动执行任何过程之前,将检查数据错误。因此,当它较小且可以手动管理时,可能还不错。但是,我知道CDD支持会提供有关如何在吞吐量超过手动舒适程度之后如何自动化和验证流程的建议。我认为这绝对是CDD团队提供的优势之一。

RMK:这是个好主意,因为不同的CRO都有各自的计算平台。许多中国公司使用的软件会更直接地将化学数据以这种方式输入到系统中。但是我们发现它不如CDD Vault那样好。这有点笨拙。我不知道该怎么说

 

SLM:我认为CDD Vault的真正好处之一是,尽管它起源于以化学为中心的格式,但它确实扩展了描述生物学数据的方式。化学数据的变化不会很大,但是生物数据会不断变化,从简单的数字到绘图到可量化的图像以及其中的所有相关数据。因此,生物数据功能的开发一直是CDD的真正优势之一。

RMK:是的,我们渴望在前进中充分利用所有这些优势。我们是从去年4月开始化学操作的,直到7月或8月下旬才对我们的第一个分子进行测试,因此我们现在输入数据的时间还不到一年。但这对我们来说真的很好。

 

SLM:在这些虚拟公司项目之前,您是否曾与CDD合作过?除了最初托管GSK疟疾数据的保管库之外,您是否曾使用CDD公共数据集或在CDD专用保管库数据集上进行咨询,以担任GSK之前的角色进行外部协作?

RMK:不,GSK并未将CDD用于这些目的。由于CDD从盖茨基金会(Gates Foundation)获得CDD的资助,他们使用了一点百里共享的结核病数据,而GSK在结核病方面正在进行一些工作。葛兰素史克的大多数项目都是独立的,没有太多的数据共享。我认为在过去,人们对防火墙和安全性的担忧更多。我认为CDD和其他供应商已经很好地解决了这些问题,并且我认为世界在发展。您现在必须分享。您过去可以完全在公司内部做更多的事情,而我认为这不是制药业如今的生活。您必须走到那里,找到将数据放置在不同位置的人们可以访问它的地方的方法。六年前,当我最后一次访问GSK时,内部数据库就可以使每个人都可以看到数据,并且很少需要外部访问,但是我认为现在GSK内的生活也可能已经改变了。

 

SLM:作为与一些较小公司合作并与较大制药公司合作的顾问,您是否遇到过其他使用托管数据库解决方案或任何数据共享技术的制药公司?

RMK:我提到了我正在咨询的Atlas Venture公司Quartet,他们最近完成了一项交易,为其Sepaapterin还原酶计划提供资金。我知道Mark和他的小团队将数据托管在CDD Vault中非常有帮助。我作为三个化学顾问之一参与了一个季度化学咨询安排。马克总是把所有数据放在他的指尖。他只是在下午主持我们的会议,启动CDD Vault,我们可以问他任何想到的问题。他只是在那里为我们提供了快速搜索的数据结果。那帮我卖了。我认为BioMotiv产品组合与Atlas产品组合非常相似,并且随着新的产品组合公司的出现,这些公司将由管理方面很小的团队(主要是虚拟的)来运营,CDD Vault将是实现此目标的理想工具数据共享。

 

SLM:您是否看过CDD Vault中可用的可视化工具?

RMK:我有。我在以前的项目中已经看过了。我觉得使用它的需要来了又去了。我了解这是一种数据分析工具,您可以在其中二维绘制两个化验或特性之间的关系图,并且可供我使用几个月。我创建了两个图表,并突出显示了一些离群值,这些离群值使我们能够确定数据输入错误,因为微摩尔应为纳摩尔。因此,这些CDD Vault可视化工具有助于识别这些实例。但是,在我当前的项目中,我无权使用CDD Vault可视化工具。

 

SLM:再说一遍,虽然您正处于生成数据的早期阶段,但您可能还没有投入大量的数据分析,但是目前,您的团队是否正在使用任何独立的软件进行统计分析和可视化?

RKM:不,我们现在不使用任何东西。

 

SLM:我在想,因为以我的经验,任何外部数据分析包都需要通过导入文件,解析格式,定义变量和数据类型等方式将数据以某种方式连接到分析。去。作为其他几个数据分析平台的前用户,始终存在连续性问题。较大的平台有更多的花哨功能,在实践中并不经常使用,但是却推高了价格,因此与我们合作的较小的公司买不起它们。因此我们的分析是不同的,比较也很难进行。同样,随着几个流行应用程序的每次新版本升级,我的数据也得到了不同的认识,我花了很多时间将较旧版本的数据文件导出和导入到较新版本中,以便能够继续进行长期分析。
我相信CDD Vault中可视化工具的一个主要优点是它已经知道您的数据。您无需定义任何内容或将数据转换为新应用程序。这些的另一个巨大优势 可视化工具是分析之间的无缝连接 应用程序和CDD库。通过此连接,您可以分析数据的任何部分,以及您可以访问的任何协作者CDD保险柜中的数据,以及CDD保险柜中可用的公共数据集。您可以轻松地&同时使用非常先进的搜索工具跨所有这些可用数据集进行搜索,然后对作为自己的数据集返回的数据进行子集化,以备将来参考或分析。

RMK:是的。我喜欢这一切,只需单击一下按钮即可从查看数据到可视化数据。我记得这不是很贵,所以我必须说明将CDD Vault可视化工具添加到我们的软件包中的情况。

 

SLM:我认为Charlie将是向您展示CD-Vault可视化工具除X-Y图外还可以做的更多信息。它直观地允许您使用颜色和大小作为数据的附加维度来浏览X和Y中的多参数数据,以帮助发现趋势,识别关注的子集或标记异常值。

在我看来,可视化工具的真正作用不在于生成2D图,还在于(在同一屏幕上)您可以对所显示数据的所有各种属性进行面板直方图分析。因此,当您在图表中以2-4维显示数据时,右侧面板会显示您可能正在探索的数据的所有可能维。此外,曲线图和直方图是动态的并且是交互式的。如果选择绘图区域,则子集的属性会在直方图中突出显示,反之亦然。另外,直方图允许您将绘图中看到的内容过滤到所选的属性范围。因此,您具有控制权,可以更丰富地可视化和选择引起兴趣或允许您制定和探索假设的数据子集。例如,如果要在绘制其他两个特性的同时查看特定pH范围内的化合物,则可以在所有化合物的2D图上对子集进行唯一着色,或者可以滤除选定pH范围以外的所有化合物。这是您的属性面板和地块之间的互动,真正为分析带来了力量。正如我所见,这确实是CDD Vault可视化分析工具的天才。

RMK:是的-我正在为CDD Vault做更多的事情(实际上是现在),因为我正在为一个新的化学家团队生成报告。新的化学团队想知道我们到目前为止所做的事情以及他们可以加入的地方,因此,我将创建并发送报告。然后,我将向他们展示CDD保险柜,并进行一个很好的公开讨论。我认为这会很好。

SLM:正是这种情况,CDD的支持成员可以协助您召开会议,并根据药物化学家可能存在的问题非常快速而全面地浏览和可视化数据。 CDD的Kellan Gregory是数据向导,他一直是CDD Vault可视化分析工具开发的核心。我喜欢在CDDs展位的产品演示期间观看他,因为人们提出了有关CDD Vault中公共数据集的各种独特问题。他可以毫不费力地将查询结果弹出到电子表格中,也可以创建图表以提供一种非常简洁的回答他们的问题的方式。您始终可以随时向CDD团队寻求此类支持。

 

SLM:从您在该领域的悠久历史开始,关闭Rick,您在全球制药公司中的职位,从指导药物化学家团队到更高水平的战略决策,再到为学术界与私人机构之间更离散的合作提供咨询服务之外,对于慈善组织,您能否评论一下您如何看待现场数据处理的发展,并见证了数据共享的增长,以及您认为有助于推动向新的科学模式发展的趋势,该模式可能会加速发现疗法?

RMK:我认为总体上发生的事情是,被认为具有竞争优势的是一个移动的障碍。过去,人们对IP的担忧是人们不想共享任何东西,而公司却会为几乎所有东西申请专利。他们为基因序列申请了专利,这种序列不再被接受–没有人拥有专利了。他们为X射线结构申请了专利,该结构不再获得专利。现在,很多东西都是共享的。 Brookhaven数据库在发布大约一年后(有时更快)共享结构。因此,现在您仍然可以在这项业务中竞争,但是您可以在下游进行一些竞争,并且早期工作可以共享。

早期的工作非常耗费数据,您需要拥有可以处理这些大数据文件的工具,这些文件不仅是文本字符串,而且还包括化学结构,二维和三维化学结构,基因注释,并且您需要能够搜索结构以及搜索文本字符串。计算需求刚刚增加。尽管在公共领域有越来越多的数据(例如,您拥有PubChem和ChemBL),但这些都是公开可用的数据库。现在,科学家面临的挑战是如何浏览所有这些数据。如何从其他价值较小的东西中取出金块,那没有什么用处。因此,如今必须拥有更好的计算工具。

另一件事是,我们大多数科学家对计算机有一定的了解,我们一直在使用它们,我们拥有智能手机,但我们不想知道计算背后的动态。我们只想使用它。 (笑声)因此,它必须易于使用且直观。这就是让Apple如此成功的原因-他们没有发明任何东西,只是让它变得用户友好。这是CDD Vault在我进行评估时脱颖而出的地方–它是用户友好的,具有直观的意义,对我来说更易于使用。因此,我认为这将是该行业前进的关键。

虚拟公司已经存在了大约五到十年,而我认为这种商业模式将继续存在。 CRO行业发展了–当我30年前开始工作时,化学CRO很少,现在大多数公司完全或几乎主要依靠分子在四壁之外制造分子。跟踪所有这些数据非常重要。越来越多的生物学CRO即将加入,化学CRO进入全面服务的CRO中,它们不仅执行化学合成,还将进行体外测定测试和DMPK研究。所有这些现在只是司空见惯。它极大地改变了领域。

所以我认为我们正在盘旋。我认为,仅仅能够共享数据,能够跨边界工作(无论公司结构如何),公司就在不断发展。您可以完全虚拟地完成内部发现工作,但是仍然必须能够共享数据。因为最后,药物发现过程中的交接越来越多。以前从汤到坚果的全部都由一家公司完成,现在一个学术团体经常发现一个目标,然后将其交给一家小型生物技术公司,该公司会发现一个与目标结合的小分子并将其运送到目的地它将它交给大型公司进行小分子的临床开发。每次,您都必须共享数据并显示您所做的事情。您必须将您的工作成果交给新的科学家团队,并且能够以简单的方式做到这一点对于本课程来说是非常重要的。这就是现在做生意的方式。


该博客由CDD Vault社区的成员创作。 CDD库 是托管的 药物发现信息学 安全管理私人和外部生化数据的平台。它提供了核心功能,包括 化学注册, 结构活动关系, 化学品库存电子实验室笔记本 能力!

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