从TB Mobile到3d捕鱼达人模型的快速原型制作

2015年7月8日

从TB Mobile到3d捕鱼达人模型的快速原型制作

在3d捕鱼达人的服务台上,SSO Sean Ekins,M.Sc.,Ph.D.,D.Sc.

如果我进一步了解的话,那就是站在巨人的股东–艾萨克·牛顿(Isaac Newton)

作为从事药物发现工作的人,您无法逃脱似乎有大量使用化学信息学,计算建模和机器学习的论文(并且正在增长)。虽然每个小组都描述了他们构建的模型并希望进行一些验证,但是很少有人讨论他们如何计划使其他任何人都可以访问模型。这可能会严重阻碍其他人真正依靠这些早期出版物或从中受益。

3d捕鱼达人ModelsBlogImage1

我们已经 考虑这个挑战 对于 几年 并已获得SBIR资助以帮助使模型可共享。在短时间内,我们在Github上实现了一些广泛使用的指纹ECFP6和FCFP6的开放访问,并将其与贝叶斯算法一起使用以在 TB移动应用 为了预测 分子的潜在靶标。这个移动应用程序是免费的,并且使用指纹作为模型,它还使用指纹在应用程序中进行相似性搜索和聚类。因此,TB Mobile为我们提供了一种进行快速原型制作的机制。我们最近在FCFP6指纹和贝叶斯算法中的实现 3d捕鱼达人库 导致了 3d捕鱼达人模型 在最近推出的 3d捕鱼达人可视化 。 JCIM的一篇新论文对此进行了描述(在此处下载接受的版本 )。

3d捕鱼达人ModelsBlogImage2

这使3d捕鱼达人用户可以使用3d捕鱼达人可视化功能使用其自己的数据或数据在其专用3d捕鱼达人 Vault中构建模型。 3d捕鱼达人公开数据集 (或其组合)。我们还实现了以某种格式导出这些模型(如果需要)的功能,该格式可以加载到当前可用的多个移动应用程序中,例如 多媒体数据表 来自分子材料信息学的Alex Clark博士。

3d捕鱼达人ModelsBlogImage3

更重要的是,通过使技术开源,我们可以允许其他人在我们的工作基础上发展。为了说明这一点,Alex Clark博士使用了 实验室 建立数据库 2000个计算模型 并使它们 对社区可用.

尽管我们仍在努力使3d捕鱼达人 Vault中的建模工具变得更加强大,但我们认为是时候让人们知道我们在此领域中正在做什么。我们希望,小组将使用3d捕鱼达人 Vault存储数据,构建模型并在准备就绪时发布模型,以便可以与社区共享(如果需要)。


该博客由3d捕鱼达人 Vault社区的成员创作。 3d捕鱼达人库 是托管的 药物发现信息学 安全管理私人和外部生化数据的平台。它提供了核心功能,包括 化学注册, 结构活动关系, 化学品库存 电子实验室笔记本 能力!

3d捕鱼达人库 :您的整个项目团队都会使用的药物发现信息学!