公共访问

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EDASA COVID-19复合存储库可用于协作

发表者:Andrea Altieri博士分子:2733

发表:5/12/2020

EDASA Scientific,MedChem的小型组织(http://www.edasascientific.com)在COVID-19区域中搜索生物伙伴。 EDASA有大约2700种化合物库存,可以随时免费提供化合物(装运是收件人的责任),如果发现阳性结果,则可以指定化学家来优化活性化合物。和追求进步。 EDASA愿意研究其中一种化合物的电子修饰,并合成(免费)有限数量的修饰化合物作为概念证明。收到的全部或部分数据将与IF一起以联合提交的形式发表在科学期刊上>3.请注意,所有这些化合物都是EDASA Scientific的内部财产,我们已经为所有化合物开发了经过验证的合成方案。


COVID-19 Mpro活性片段

发表者:亚历克斯·克拉克分子:1003

发表:3/28/2020

由于英国国家科学同步加速器设施Diamondlight Source与Dectris合作提供了晶体结构,碎片被发现对Mpro / COVID19具有活性(在Diamond的所有MX实验中都使用了检测器) )。有关原始数据,请参阅 : //www.diamond.ac.uk/covid-19/for-scientists/Main-protease-structure-and-XChem/Downloads.html


佩拉拉方舟

发布者:Perlstein实验室分子:56756

PI:Ethan Perlstein

发表:10/27/2019

一个完全开源的基于生物模型的表型筛选数据语料库,包括先天错误的酵母,蠕虫,果蝇和人细胞模型中的药物发现和前导发现筛选代谢,如溶酶体疾病和先天性糖基化疾病。这些数据已在G3期刊的三个案例研究中发表(Lao等,2019 //www.g3journal.org/内容/ 9/2 / 413.long)和疾病模型与机制(Iyer等,2019a //dmm.biologists.org/内容/ 2009/09/18初/ dmm。040576.长Iyer等人,2019b //dmm.biologists.org/内容/ 2019/10/19初/ dmm。040584.long)。


血清素受体的体外和体内活性

发表者:尼科尔斯分子:84

PI:Dave Nichols

发表:10/14/2019

数据集关注使用多巴胺或5-羟色胺作为神经递质的大脑系统。这包括仅对五种通用类型的多巴胺受体(D1-D5)中的一种具有特异性的分子探针,以及针对5-羟色胺5-HT1A,5-HT2A和5-HT2C受体的数据集。 。这些项目包括系统的结构修饰,结合药理学测试,以鉴定这些受体中配体结合结构域的结构决定因素。这项工作的主题之一是确定如何将不同化学类别的分子全部容纳在同一受体结合位点中。


多发性硬化症:官方语言的差异

发表者:髓鞘修复基本分子:710

PI:塔西·柯林斯(Tassie Collins)

发表:2016/10/21

将免疫纯化的O4少突胶质细胞的急性分化测定接种于5k /孔。放置后1小时,添加测试物品并将细胞孵育4天,然后固定细胞并对其进行MBP和全核(DAPI)免疫染色。通过量化MBP染色/细胞数量(通过DAPI核染色确定)确定OPC向OL的分化。化合物的筛选以2种浓度(10)进行四重& 2 uM ; 2 & 0,4 uM ; 0,4 &0.08 µM)。将数据归一化为DMSO(差异为0%)和40 ng / ml T3(差异为100%)。相对于被测物品的MEax确定EC 50。有关技术细节,请参见Lariosa-Willingham等。等BMC Res Notes。 2016 Sep 5; 9(1):419或联系 [电子邮件 protected] 有关详细的协议。


多发性硬化症:保护OL

发表者:髓鞘修复基本分子:723

PI:塔西·柯林斯(Tassie Collins)

发表:2016/10/21

少突胶质细胞保护测试-生存力(TNF + IFNg)将扩增的OPCs以10K /孔接种。电镀后24小时,添加测试物品,添加测试物品1小时后,添加10U / mlIFN​​-γ/ 1ng / mlTNF-α的侮辱。孵育2天,添加AlamarBlue并孵育4小时。定量AlamarBlue荧光以读取细胞活力。数据按DMSO(效能为0%)和1.1 µM喹硫平(效能为100%)缩放。有关技术细节,请参见Rosler等。等BMC Res Notes。 2016年9月5日; 9(1):444联系 [电子邮件 protected] 有关详细的协议。


多发性硬化症:髓鞘形成测试

发表者:髓鞘修复基本分子:715

PI:塔西·柯林斯(Tassie Collins)

发表:2016/10/21

制备大脑皮层E18皮质髓鞘形成测试细胞,并将其铺在神经基底培养基中。四天后,该媒体更改为MyM媒体。在第五天,添加测试项目,并且髓鞘化可以持续八天。在第13天,将细胞固定并进行MBP和Olig2免疫染色。通过量化MBP / Olig2 +细胞核的染色并改变MBP的形态(连续MBP染色的排列-纤维长度)来确定髓鞘形成。通过定量MBP x面积/ Olig2 +细胞核的密度来确定OL的分化。一式两份以2个浓度(4图像/孔)筛选化合物&1 µM)。数据以DMSO(0%分化/髓鞘形成)和DAPT(100%分化/髓鞘形成)标准化。确定相对于1 µM DAPT响应的EC50。有关技术细节,请参见Lariosa-Willingham等。等,BMC Neurosci。 2016 Apr 22; 17:16或联系 [电子邮件 protected] 有关详细的协议。


多重菌群:衣霉素HEK293保护试验

发表者:髓鞘修复基本分子:740

PI:塔西·柯林斯(Tassie Collins)

发表:10/7/2016

HEK-293防护测试

 

将HEK-293细胞(10K /孔)孵育24小时,然后添加测试物品。 1小时后,加入100ng / ml的衣霉素。再孵育48小时后,添加AlamarBlue,并在4小时后对荧光进行定量。将数据标准化为DMSO(0%效能)和5 µM guanabenz(100%效能)。相对于被测物品的MEax确定EC 50。联系我们 [电子邮件 protected] 有关详细的协议。


多发性硬化症:OL毒性筛查

发表者:髓鞘修复基本分子:709

PI:塔西·柯林斯(Tassie Collins)

发表:10/7/2016

少突胶质细胞毒性试验(TNF + IFNg)

 

对过往大鼠CPO的毒性测试,以10k /孔接种,与药物孵育2天。孵育4小时后,读数为AlamarBlue荧光。数据显示为相对于DMSO(100%)的存活百分比。用5 ng / ml衣霉素获得最大的死亡,留下约15%的活细胞。有关技术细节,请参见Lariosa-Willingham等人,BMC Res Notes。 2016 Sep 5; 9(1):419或联系 [电子邮件 protected] 有关详细的协议。


绿色溶剂

发表者:亚历克斯·克拉克(Alex Clark Sandbox)分子:117

发表:9/20/2016

Les données de Green Solvents, utilisées par l'application mobile éponyme (http://molmatinf.com/greensolvents.html). Compilées à partir d'informations publiées par l'ACS Green Chemical Institute et GSK Solvent Guide. Publié sur http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/sc3000509.


寄生虫:GSK Kineto Box搭载pIC50

发表者:GSK电影盒计划分子(TCAKS):592

PI:皮拉尔·曼萨诺(Pilar Manzano)

发表:16/06/2016

À l'aide de tests phénotypiques sur cellules entières, l'ensemble de diversité du criblage à haut débit (HTS) de GlaxoSmithKline, composé de 1,8 million de composés, a été criblé contre les trois kinétoplastides les plus pertinents pour les maladies humaines, à savoir Leishmania donovani, Trypanosoma cruzi et Trypanosoma brucei. Des essais antiparasitaires intracellulaires orthogonaux et de confirmation secondaire ont été réalisés, et le potentiel de cytotoxicité non spécifique a été déterminé. Les composés touchés ont été regroupés chimiquement et triés en fonction des propriétés physico-chimiques souhaitées. L'espace cible biologique hypothétique couvert par ces ensembles de diversité a été étudié à l'aide de méthodologies bioinformatiques. En conséquence, trois boîtes chimiques anti-cinetoplastides d'environ 200 composés chacune ont été assemblées. Cet ensemble de données comprend les composés ciblés et tous les résultats de criblage associés. http://www.nature.com/articles/srep08771


卖方:ASINEX PPI库

发表者:ASINEX分子:8400

PI:Mark Parisi

发表:3/3/2016

自2008年以来,ASINEX一直致力于蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)库的设计和合成。最新一代的ASINEX PPI库包括各种大小,框架和形状的分子,从相似的实体到设计为二级结构模拟物或表位模拟物的大环衍生物的片段。


卖家:ASINEX Elite库

发表者:ASINEX分子:12960

PI:Mark Parisi

发表:3/3/2016

最初的“打击”之后有哪些赌注? Asinex通过广泛的ADME分析,优化设计以促进药物修饰以及知识产权评估以确保新颖性,回答了这些问题。


卖家:ASINEX表型库

发表者:ASINEX分子:9840

PI:Mark Parisi

发表:3/3/2016

Asinex在内部执行目标测试和表型测试,并使用收集到的实验信息创建目标测试和筛选测试集。凭借这一经验,Ainex创建了一组表型筛选测试。该集合的过滤器如下:

MW:200-450,clogP:-1.0-7.0,clogD(pH 7.4):-5.0-4.0,Rot.Bond:0-10,HA:1-10,HD: 1-5,TPSA:15-135A,N + O:2-10,HAC:19-34,偶极子:0.3-3.30,SHP2:0.240-0.450。


卖方:ASINEX多样性库

发表者:ASINEX分子:9968

PI:Mark Parisi

发表:3/3/2016

多样性仍然是一种强大的筛选工具,尤其是在药物发现的早期阶段。在创建此集合时,Ainex应用了计算工具来确保在结合“ Elite”和“ BioDesign”概念中的元素的同时正确表示化学空间。


卖家:ASINEX BioDesign

发表者:ASINEX分子:8041

PI:Mark Parisi

发表:3/3/2016

ASINEX的BioDesign方法将已知的和与药理相关的天然产物(例如生物碱和其他次生代谢产物)的关键结构特征整合到可合成的药用化学支架中。


目录:发现分布式药物(D3)-IUPUI

发表者:IUPUI-D3枚举73K N-酰基AA-OH,-OMe,-NH2分子:73234

PI:M. J. O'Donnell和W. L. Scott

发表:2/24/2016

一个免费的开放式虚拟目录/库,包含超过73,000个分子:(a)N-酰基非天然α-氨基酸,(b)N-酰基非天然α-氨基酸的甲基酯,和(c)伯酰胺N-酰基非天然α-氨基酸。目录中的分子是通过对相当于100 R1X的甘氨酸阴离子进行固相烷基化,然后在100 R2CO2H进行N-酰化和树脂裂解(TFA,MeOH / Et3N或TFA)。 2009年1月1日发布了48,818个分子的遗传数据集(在a和b之上,加上R1X和R2CO2H条目)。我们鼓励我们的同事让我们知道他们对D3项目的兴趣(电子邮件: [电子邮件 protected]<mailto:[电子邮件 protected]>ou<mailto:[电子邮件 protected]>[电子邮件 protected])。参考文献:J. Comb。化学2009,11,3-13,14-33,34-43; J.Org。化学2014,79,3140-51; J.化学教育。 2015,92,819-26。</mailto:[电子邮件 protected]></mailto:[电子邮件 protected]>


疟疾:针对GSK TCAMS的5种恶性疟原虫激酶的生化筛选

发表者:Gregory J. Crowther分子:13451

PI:Gregory J. Crowther

发表:2/3/2016

测试了约13,500种活性细胞化合物对五种不同蛋白激酶的活性。葛兰素史克(GlaxoSmithKline)的Tres Cantos抗疟疾套装(TCAMS)已在恶性疟原虫的钙依赖性蛋白激酶1和4(CDPK1 / PF3D7_0217500和CDPK4 / PF3D7_0717500),MAPK2 /丝裂原相关蛋白激酶2(2APK)的生化分析中进行了测试/ PF3D7_1113900),蛋白激酶6(PK6 / PF3D7_1337100)和蛋白激酶7(PK7 / PF3D7_0213400)。新型强效抑制剂(IC50<对于这些激酶中的三种,发现了1 µM):CDPK1,CDPK4和PK6。 PK6抑制剂是迄今为止针对该酶发现的最有效的药物,值得进一步研究。


公共暗物质化合物

发表者:暗物质分子:139352

PI:吉列尔莫·莫拉莱斯(Guillermo Morales)

发表:12/7/2015

诺华发现,至少在100项诺华试验中对803,990种化合物进行了测试,并且112,872种化合物没有活性(占14.0%)。对NIH数据的分析显示,在至少100个试验中测试了363,598种化合物,其中131,726种化合物无效(36.2%)。

安妮·迈·瓦瑟曼(Anne Mai Wassermann),尤金·伦肯(Eugen Lounkine),多米尼克·霍普夫纳(Dominic Hoepfner),盖勒·勒高夫(Gaelle Le Goff),弗雷德里克·金(Frederick J King),克里斯蒂安·斯图德尔(Christian Studer),约翰·佩尔帖(John M Peltier),梅利莎·L·格里波(Melissa L Grippo),薇薇安·普林德尔(Vivian Prindle),陶剑石,安斯加·舒芬豪尔(Ianin M Wallace),陈妮(Shanni Chen),菲利普·克拉斯特(Philipp Krastel),阿曼达·科沃斯(Amanda Cobos) -Correa,Christian N Parker,John W Davies&梅尔·格里克(Meir Glick)。深色化学物质是发现新药的有希望的起点。 《自然化学生物学》 2015年第1期。 11页。 958-966(doi:10.1038 / nchembio.1936)


ADME:AZ公开ChEMBL数据

发布者:AZ Public ChEMBL数据分子:5799

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins)

发表于:10/5/2015

关于在阿斯利康公开披露并确定的一组化合物的实验性体外DMPK和理化数据。为测试提供的参考说明了用于生成数据的实验过程。

//www.ebi.ac.uk/chembl/doc/inspect/CHEMBL3301361% lié au plasma par dialyse d'équilibre. Le composé est incubé avec du plasma entier de cobaye à 37C pendant plus de 5 heures. Méthode décrite dans B. Testa et al (Eds.), Pharmacokinetic Profiling in Drug Research : Biological, Physicochemical, and Computational Strategies, Wiley-VCH, Weinheim, 2006, pp.119-141. Plage expérimentale de 10 % à 99,95 % liés.% liés au plasma par dialyse à l'équilibre. Le composé est incubé avec du plasma entier de chien à 37C pendant plus de 5 heures. Méthode décrite dans B. Testa et al (Eds.), Pharmacokinetic Profiling in Drug Research : Biological, Physicochemical, and Computational Strategies, Wiley-VCH, Weinheim, 2006, pp.119-141. Plage expérimentale de 10 % à 99,95 % liés.% liés au plasma par dialyse à l'équilibre. Le composé est incubé avec du plasma entier de rat à 37C pendant plus de 5 heures. Méthode décrite dans B. Testa et al (Eds.), Pharmacokinetic Profiling in Drug Research : Biological, Physicochemical, and Computational Strategies, Wiley-VCH, Weinheim, 2006, pp.119-141. Plage expérimentale de 10 % à 99,95 % liés.% liés au plasma par dialyse à l'équilibre. Le composé est incubé avec du plasma entier de souris à 37C pendant plus de 5 heures. Méthode décrite dans B. Testa et al (Eds.), Pharmacokinetic Profiling in Drug Research : Biological, Physicochemical, and Computational Strategies, Wiley-VCH, Weinheim, 2006, pp.119-141. Clairance intrinsèque mesurée dans les hépatocytes humains après incubation à 37C. Gamme expérimentale <3 à >150 microL/min/1E6 cellules. Communication rapide. Spectromètre de masse. 2010, 24, 1730-1736.valeur du pKa la plus basique (pKa B1) déterminée par absorption et titrage potentiométrique en utilisant la méthodologie standard de Sirius Analytical. Gamme expérimentale Bases : >= Valeur du pKa le plus acide (pKa A2) déterminée par absorption et titrage potentiométrique en utilisant la méthodologie standard de Sirius Analytical. Gamme expérimentale Acides : <= 11.

使用标准Sirius分析方法通过吸收和电位滴定确定的第三最基本的pKa值(pKa B3)。实验范围基准:>= 2.

使用标准Sirius分析方法通过吸收和电位滴定确定的第二最基本的pKa值(pKa B2)。实验范围基准:>= 2.

根据标准Sirius分析方法,通过吸收和电位滴定确定最酸性的pKa(pKa A1)值。酸的实验范围:<= 11.


PDB配体

发表者:Protein Database(PDB)分子:16826

PI:Dale R. Cameron,博士,M.C.I.C.,P.Chem。

发表:2015年8月3日

从PDB中提取配体信息,进行过滤以除去“聚合物”和其他相关的“非游离”配体以及金属或金属结合配体。可能会更新过滤过程而不会发出警告。数据按原样提供,无需进一步处理或纠错。到PDB的链接由RCSB PBD提供,并可能被引用为

伯曼(H.M. Berman),韦斯特布鲁克(J.Westbrook),冯志坚(G.Gilliland),田纳西州Bhat,H.Weissig,I.N. Shindyalov,PE.Bourne(2000),蛋白质数据库核酸研究,28:235-242。

请报告断开的链接,要求提供其他数据等。给库管理员


EBOLA:埃博拉病毒的小分子抑制剂

发表者:纳迪亚的沙盒分子:55

PI:Nadia Litterman博士

发表:2/2/2015

该共享数据集包含来自文献(截至2015年1月)的55个小分子,这些小分子具有针对埃博拉病毒和多种疾病模型的体外和/或体内活性。我们包括了由经验丰富的药物化学家进行的评估以及BREAD过滤的结果。 (这项工作由Nadia Litterman,Christopher Lipinski和Sean Ekins提交给F1000Research出版)。


卖方:Synthonix-建立更好的债券

Publié par : http://www.synthonix.com Molecules : 10286

发表于:1/2/2015

Synthonix通过为药物化学家提供10,286个构建基块的目录,帮助他们扩展药物发现的边界,使他们能够探索更具挑战性的化学空间并扩大治疗疾病的潜在重要治疗靶点的范围慢性和可治愈的世界。 Synthonix,Inc:919-875-9277;一般电子邮件: [电子邮件 protected] ; Synthonix Ltd(欧洲办事处):办公室:+44 1223 597934;电邮: [电子邮件 protected]


问题:NIH化学探针

发表者:Probes Vault分子:319

PI:Christopher Lipinski

发表于:12/11/2014

美国国立卫生研究院(NIH)在壁画和大学中心资助了大型STS研究工作,估计超过5.76亿美元,用于通过分子库筛选鉴定化学探针或小分子工具化合物中心网络(MLSCN)和分子库探针生产中心网络(MLPCN)。为了选择化合物作为探针,已经使用了基于效力,选择性,溶解性和可利用性的各种定义。迄今为止,NIH资助的大学筛查中心已经发现了300多种化学探针。该集合包括探针结构,目标,预期值,IC50值和其他参考。它还包括各种药物毒性度量,包括Chris Lipinski博士分配的合意分数,如“化学探针专家评估的计算预测和验证”中所述。 Litterman NK,Lipinski CA,Buinin BA,Ekins S.J Chem Inf Model。 (2014年)


卖方:Azepine Ltd.积木的集合

发表者:Azepine Ltd.分子:600

PI:朱莉娅

发表时间:2014年10月8日

600个积木,现货供应,价格具有竞争力。联系我们 [电子邮件 protected]


靶向NEU-CSIC-GSK激酶的HTS

发表者:Pollastri Lab-东北大学分子:78

PI:Michael Pollastri

发表:25/09/2014

该数据集包含东北大学(Pollastri实验室),CSIC(Navarro实验室)和葛兰素史克·特雷斯·坎托斯实验室(发展中国家DPU疾病)合作进行的高通量筛选的公开结果。该文章来自Diaz等人的PLoS-NTD:

 

DOI:10.1371 / journal.pntd.0003253

 

如有任何疑问,请联系 [电子邮件 protected]


卖方:Vitas-M Collection HTS实验室库存

发布者:Vitas-M实验室分子:388375

发表:7/11/2014

维塔斯M实验室有限公司HTS化合物库中包含大约400,000个单个分子。所有产品均可以各种形式快速交付,包括毫克,微摩尔,干粉,DMSO溶液和干膜。 www.vitasmlab.com Irina Ryabushenko: [电子邮件 protected]


卖方:Vitas-M实验室的构造要素

发布者:Vitas-M实验室分子:33297

发表:7/10/2014

维塔斯M实验室有限公司有机建筑元素的集合包含超过33,000个已识别和测试的项目。 www.vitasmlab.com Irina Ryabushenko: [电子邮件 protected]


卖方:Vitas-M实验室支架

发布者:Vitas-M实验室分子:2898

发表:7/8/2014

维塔斯M实验室有限公司脚手架的收藏(Azalée项目)。合成类似毒品的小型图书馆的先进方法。这是获得其他任何供应商都无法提供的全新化合物的最佳选择。 www.vitasmlab.com Irina Ryabushenko: [电子邮件 protected]


卖方:Vitas-M的实验室碎片

发布者:Vitas-M实验室分子:18631

发表:7/8/2014

维塔斯M实验室有限公司收集碎片(通过“ 3条规则”的化学药品和其他特殊过滤器),以发现基于碎片的药物。 www.vitasmlab.com Irina Ryabushenko: [电子邮件 protected]


卖方:生命化学-GPCR库

发表者:生命化学分子:15948

PI:Alexandr Kucherak

发表:6/20/2014

La recherche de similarité/pharmacophore était basée sur la prédiction de recherche de topomères fournie par Sybyl-X. Première étape - une recherche de similarité a supposé une comparaison de composés de stock entier avec des inhibiteurs connus dérivés de BindingeDB et ChemblDB. Deuxième étape - génération de structures 3D d'inhibiteurs connus et leur co-alignement. Cet espace spatial chimique a été utilisé comme modèle pour l'ajustement du reste des composés "similaires". Cependant, cette méthode a été conçue pour le "cherry-picking" et une bibliothèque alternative peut être réalisée avec des méthodes de criblage virtuelles (tous les modèles de criblage sont prêts et éprouvés avec des ensembles d'entraînement) contre de tels récepteurs - adénosine, chimiokine, dopamine, gaba-, histamine, muscarinique, opioïde, sphingosine. http://www.lifechemicals.com/


卖方:活性化学品-相似性激酶

发表者:生命化学分子:62467

PI:Alexandr Kucherak

发表:6/20/2014

Recherche de similarité à l'aide des clés publiques MDL et du seuil de similarité Tanimoto de 90 %. Près de 25K composés de référence qui ont été testés actifs dans 168 essais biologiques (plus de 100 cibles kinases différentes), ont été utilisés pour la recherche de similarité. Tous ces composés ont pu être testés par rapport à des cibles plus spécifiques jusqu'à la commande du client. http://www.lifechemicals.com/


供应商:重要化学品-对接激酶

发表者:生命化学分子:15174

PI:Alexandr Kucherak

发表:6/20/2014

La bibliothèque Kinase a été préparée sur la base d'un docking virtuel dans un environnement Sybyl. À cette fin, un ensemble de sites de liaison de structures kinases (environ 20) a été aligné et analysé. Ces sites superposés ont été utilisés pour la modélisation pharmacophore basée sur la structure via le module Unity de Sybyl-X. Après toute la préparation, un stock 3D entier a été passé au crible de ce modèle multi-pharmacophore et à la fin, un classement de premier ordre a été effectué. http://www.lifechemicals.com/


卖方:生命用化学物质-核受体

发表者:生命化学分子:9896

PI:Alexandr Kucherak

发表:6/20/2014

Life Chemicals. Accostage virtuel et recherche de similarités/pharmacophores. http://www.lifechemicals.com/


卖方:生命化学品-CNS库

发表者:生命化学分子:16535

PI:Alexandr Kucherak

发表:6/20/2014

Les filtres CNS qui sont décrits dans la littérature ont été utilisés comme un tamis pour l'ensemble de notre stock. Comme il a été démontré, les seuls composés présentant de tels paramètres peuvent avoir des caractéristiques appropriées pour la perméabilité des tissus nerveux. Tous les descripteurs ont été obtenus à partir des tableurs et des modules Volsurf de Sybyl. (MW 200 = 350 cLogP =< 3,6 Accepteurs de liaisons H =< 8 Dons de liaisons H =< 5 tPSA =< 120 Liaisons rotatives =< 5 LogBB1 = -3,0 à 1,0) http://www.lifechemicals.com/


卖方:生命化学图书馆-天然产物

发表者:生命化学分子:7808

PI:Alexandr Kucherak

发表:6/20/2014

La première méthode était basée sur l'analyse statistique des descripteurs. Auparavant, une grande base de données de PN était analysée pour étudier les échafaudages de PN en les disposant sous forme d'arbre. Ainsi, l'analyse de la distribution des propriétés de plus de 130 000 structures de PN ainsi que l'identification des sous-structures typiques de certaines classes de composés naturels ont été effectuées pour générer un ensemble de r agments habituellement présents dans les composés naturels. Cette méthode a été testée sur le Dictionnaire des produits naturels (DNP) et les molécules synthétiques (SM) du CRC. Une autre méthode est basée sur l'évaluation de la similarité de l'échafaudage. Le nombre de signatures atomiques (provenant de r agments) générées pour une molécule est égal au nombre d'atomes qui composent la molécule. Chaque signature atomique représente indépendamment un trait/fragment structurel de la molécule, et un score individuel est calculé pour celui-ci. Pour reproduire une telle expérience, nous avons utilisé un module implémenté dans le kit de développement de la chimie de CDK-Taverna 2.0. Il contient un marqueur de vraisemblance NP v1.4.1 qui calcule la similarité d'une molécule avec un produit naturel (NP), c'est-à-dire la similarité de la molécule avec l'espace de structure couvert par les produits naturels connus. Tous les résultats ont été notés et vont de -3 à +3. http://www.lifechemicals.com/


卖方:生命化学品-筛选收集

发表者:生命化学分子:371998

PI:Alexandr Kucherak

发表:6/20/2014

Des petites molécules nouvelles, soigneusement conçues, semblables à des médicaments, avec une règle de Lipinski de 5 et la seule raison de s'écarter de l'ensemble de ces paramètres est un échafaudage unique ou une chimie non standard. Il est prêt pour l'application de filtres de chimie médicinale comme la DOULEUR ou tout autre filtre ciblé (solubilité, perméabilité, BBB). http://www.lifechemicals.com/


供应商:终身使用的化学品-具有保证溶解度的碎片

发表者:生命化学分子:8241

PI:Alexandr Kucherak

发表:6/20/2014

Les composés des r agments ont été sélectionnés par filtrage de l'ensemble du stock de LC avec une "règle de trois" modifiée. La solubilité des r agments a été testée en laboratoire d'analyse. La solubilité est garantie à une concentration de 200 mM dans le DMSO, et 75% des r agments sont solubles dans un tampon de pH 7,5 à une concentration de 1 mM. http://www.lifechemicals.com/


TB:根据文献在小鼠体内的功效

发布者:结核病的体内数据2分子:778

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins),博士

发表于:4/10/2014

展望未来:预测小分子对结核分枝杆菌的体内功效。在疾病的动物模型中将疾病的体外踪迹选择和翻译成具有体内活性的分子是耗时且昂贵的挑战。我们展示了使用包含773种化合物的机器学习分类模型(贝叶斯,支持向量机和递归分区)从体内有活性和无活性的化合物中进行学习。贝叶斯模型预测体内11种其他活性化合物中的8种未作为外部测试集包含在模型中。因此,保存70年的Mtb数据可以提供统计上可靠的计算模型,以将资源集中在体内有活性的小分子抗结核药物上。这突显了在其他疾病中其他地方进行的体内测试的经济有效的预测因子。 PMID:24665947


TB:TB Mobile 2的数据

发表者:TB Mobile 2.0更新分子:79

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins)

发表于:03/19/2014

从最新文章中选择了79种化合物,其中TB具有一个或多个目标。该应用程序的版本2已添加到TB Mobile。另外使用了20个分子作为一组测试。文章已提交。


寄生虫:曼氏血吸虫MMV疟疾筛查箱

发表者:CDIPD金库分子:400

发表:11/6/2013

Le dépistage de Schistosoma mansoni somules (larves post-infectieuses) et des adultes par l'organisme entier avec les 400 composés qui composent la boîte à paludisme MMV (http://www.mmv.org/malariabox). Seuls les composés de la Malaria Box "similaires aux médicaments" présentant les phénotypes les plus graves par rapport aux somules ont été testés sur des adultes. Les données sont également téléchargées sur ChEMBL. Contactez Conor Caffrey, Centre de découverte et d'innovation sur les maladies parasitaires (www.cdipd.org/), UCSF ([电子邮件 protected])。


激酶:激酶的催化活性(Theonie Anastassiadis在《自然生物技术》上发表)

发表者:激酶分子催化活性:178

PI:Theonie Anastassiadis

发布时间:2013年8月30日

激酶的催化活性

Nature Biotechnology 2011年10月30日; 29(11):1039-1045。测试的文库包含178种已知抑制所有主要蛋白激酶亚家族的激酶的化合物。为简单起见,在10种存在的情况下,所有化合物的浓度为0.5 µM µM ATP。尽管报道了这些化合物的平均IC50接近其主要目标66 nM,但仍选择了0.5μM,以捕获较弱的抑制活性。每对激酶抑制剂对进行两次测试,结果表示为平均底物磷酸化,其为溶剂控制反应的百分比(以下称为“剩余激酶活性”)。显示了每对激酶抑制剂的平均剩余激酶活性。激酶活性数据表示为相对于赋形剂(二甲亚砜)反应的测试样品中剩余激酶活性的百分比。


结核病:更新药物和潜在靶点

发表者:结核病:具有靶点的药物和铅-分子更新:38

发表:2013年6月14日

公开了具有已知靶标的最新TB文献中的化合物,也可用作TB移动应用程序的更新

KINASE:GSK(PKIS)发布的一组激酶抑制剂

发表者:Kinome2分子:364

发表:6/6/2013

GSK已发布的激酶抑制剂套装(PKIS)是一套367种蛋白激酶抑制剂,已针对蛋白激酶家族的活性进行了注释,可用于公共筛选工作。有关筛选试剂盒的详细信息,请参见下面的链接。 ChEMBL数据库是该组生物测定数据的参考站点。为了改善对重要数据的访问,我们整理了ChEMBL提供的PKIS数据,并对其进行了处理,以便可以在协作药物发现网站( CDD)(就像我们之前对Kinase SARfari数据库所做的一样)。

转移到CDD可以使“化学药剂师”以更加用户友好的方式使用数据。我们还对所有数据进行了整理。例如,实际上只有364种化合物(某些重复是由于盐的形式或同一分子的替代名称)。我们还尝试尽可能标准化目标名称(例如,针对UNC数据集,IKKA,IKKB和IKKE激酶分别命名为IKK-alpha,IKK-beta,IKK-epsilon )。并不是说我们是完美的...我们也感谢对我们的数据集所做的任何更正!

简而言之,针对225个目标物(0.1和1 µM)测试了364种化合物。在此数据集中,只有一个协议,但同时列出了全部225个目标。浓度也是一种显示,因此很容易将搜索范围限制为1和/或0.1 µM。

连接方式:

1)有关GSK PKIS的更多信息

http://www.maggichurchouseevents.co.uk/bmcs/Downloads/CBDD%20-%20Zuercher%20Bill.pdf

http://www.chordomafoundation.org/wp-content/uploads/2013/04/2013-Flanagan-Drewry.pdf

http://chembl.blogspot.co.uk/2013/05/pkis-data-in-chembl.html

2)CDD上有关ChEMBL激酶的先前数据

//www.aslsw.com.cn/buzz/2013/04/04/kinome-sar-for-collaborative-drug-discoverers/

激酶:SARfari ChEMBL激酶化合物和生物测定数据


发表者:CDD Vault分子:54211

PI:CDD

发表:27/3/2013

ChEMBL上可利用的宝贵资源是Kinase SARfari,“一个以激酶为中心的综合化学基因组学工作台。该系统整合并链接了激酶序列,结构,化合物和筛选数据。”这个非常有用的数据库可为在广泛的分析中针对多种激酶具有活性的化合物提供大量的SAR数据,其中许多是人工提取并保存在文献中。为了使此数据在CDD界面中可用,我们从Kinase SARfari中获取了主表,并将其与ChEMBL数据库中的另一个关键表合并,提供了一个字段,用于描述每个记录中使用的测试,其中包含很多比本机SARfari提供的更多细节。现在,我们可以通过CDD界面使用此合并的数据集。详细的体外数据可用于400种激酶。此外,还显示了体内功能数据以及ADMET数据。


TB:ARRA

发行人:TB ARRA分子:1924

PI:鲍勃·雷诺兹

发表:03/15/2013

来自SRI(Bob Reynolds)和Scott Franzblau小组的数据-Ekins等人提交的文章。

先前的IRS测试结果用于在供应商库中搜索相似的化合物,并在一系列公认的测试小组中进行合并和体外测试,以寻找新的药物发现候选物。这些化合物还用作先前生成的贝叶斯模型的测定集,该模型使用生物活性和细胞毒性信息构建。


TB:GSK

发表者:TB GSK分子:177

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins),博士

发表:2/8/2013

其他数据取自Ballell等人的ChemMedChem 2013年新闻报道“严厉的开放源代码药物发现:177种抗结核的小分子药物”

Les ensembles de données originaux sont hébergés sur //www.ebi.ac.uk/chemblntd. Seules les données M.tb sont présentées ici, mais d'autres données BCG sont disponibles sur ChEMBL


TRYPANOSOME:查加斯病文献中的化合物

发表者:查加斯公共数据分子:531

发表:2012年12月21日

在公开文献中,针对体外或体内针对克鲁氏锥虫测试的531个分子,对该化合物的结构和参考文献进行了处理。


TRYPANOSOME:针对人类非洲锥虫病(HAT)的特定化学系列的优化

发表者:查加斯公共数据分子:5559

发表:12/12/2012

SCYNEXIS Inc, en tant que membre du consortium d'optimisation de la THA de DNDi, a développé et criblé 4926 composés pour leur activité contre T. brucei. Les structures des composés et les données d'activité in vitro contre T. brucei brucei sont incluses. Les données de cytotoxicité et d'activité contre les parasites eucaryotes apparentés T. brucei rhodesiense, L. donavani et P. falciparum pour un sous-ensemble de 34 composés. Toutes les séries de composés signalés ne sont plus en cours de développement pour la THA, car on a constaté qu'ils avaient une faible sélectivité ou des propriétés incompatibles avec l'activité in vivo. http://www.dndi.org/diseases-projects/open-innovation/1011-hat-001


TRYPANOSOME:用于治疗南美锥虫病的苯那莫尔系列的DNDi优化

发表者:查加斯公共数据分子:743

发表:12/9/2012

Le consortium d'optimisation de la direction de DNDi, comprenant Epichem, l'université de Murdoch et CDCO, a développé et examiné une série de DAS basée sur le fongicide végétal fénarimol. Le DNDi a rendu publiques les structures des composés, les données d'activité de T. cruzi et les données de toxicité des cellules L-6 pour 743 composés de cette série dans le ChEMBL-NTD. Les composés et les données des essais biologiques sont inclus ici dans CDD Public. http://www.dndi.org/diseases-projects/open-innovation/1012-chagas-001


TRYPANOSOME:大型初级HRT,可鉴定T. Cruzi复制的抑制剂

发表者:查加斯公共数据分子:303230

发表:2012年12月6日

Le Broad Institute a réalisé un criblage à haut débit de 303 224 composés en double dans la souche recombinante Tulahuen de Trypanosoma cruzi exprimant de manière stable la bêta-galactosidase reporter co-cultivée avec la cellule hôte, le fibroblaste de souris NIH3T3. Sur les 4 394 résultats positifs, 4 063 ont été évalués pour leur activité inhibitrice et leur toxicité sur la cellule hôte. Enfin, 27 composés ont été sélectionnés comme composés sondes potentiels et ont été validés. Les données du criblage primaire et des essais secondaires ultérieurs ont été déposées PubChem. Les composés chimiques et les données des essais biologiques du crible primaire et des six essais secondaires de PubChem sont inclus ici dans le CDD Public. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21634083


TB:Guzman等人,M.tb。 MurE连接酶抑制剂

发表者:CDD-肖恩·埃金斯分子:8

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins)

发表:2012年12月6日

以下TB出版物中的全细胞和靶标筛选数据:Guzman JD,Gupta A,Evangelopoulos D,Basavannacharya C,Pabon LC,Plazas EA,MuñozDR,Delgado WA,Cuca LE,Ribon W, Gibbons S,Bhakta S. J Antimicrob Chemother。 2010年10月; 65(10):2101-7。哥伦比亚植物天然产物的抗结核病筛查:3-甲氧基正十二烷胺,一种来自结核分枝杆菌的MurE连接酶的抑制剂。


卖方:NIH Clinical Collection 2阵列(281个分子)

发表者:NIH Clinical Molecular Collections:281

PI:项目经理:Mei Steele

发表:11/21/2012

NIH Clinical Collection 2由281种镀层小分子组成,这些小分子已用于人类临床试验。该馆藏是由美国国立卫生研究院(NIH)组装的,是分子图书馆路线图计划的一部分,该计划旨在使化合物筛选能够在生物医学研究中使用。


卖方:NIH临床采集网络(446个分子)

发表者:NIH Clinical Molecule Collections:446

PI:项目经理:Mei Steele

发表:11/21/2012

NIH Clinical Collection是一组用于人类临床试验的446个小分子的电镀板。该馆藏是由美国国立卫生研究院(NIH)组装的,是分子图书馆路线图计划的一部分,该计划旨在使化合物筛选能够在生物医学研究中使用。


结核:具有目标的药物和潜在客户-移动应用中使用的数据

发布者:分子和SRI分子目标:707移动应用程序

发表:10/23/2012

具有体内必需性的结核病靶标更新数据

来自TBDB,Biocyc,Metacyc,PDB和Pubmed的信息以及

斯坦福研究所的Malabika Sarker进一步提供了参考。

约翰·霍普金斯大学的Gyanu Lamichhane提供了要点

information.ref.http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22477069

Explorez cet ensemble de données sur le mobile : //itunes.apple.com/app/tb-mobile/id567461644


毒物:按肝毒性分类的药物和化学品

发表者:CDD Vault分子:83072

PI:CDD

发表:2012年7月16日

辉瑞(Hu 2008)编制了基于临床肝毒性数据分类方案的药物和化学品清单,以评估人肝细胞体外成像(HIAT)测试技术,与临床肝毒性达成了75%的协议。该化合物是否会引起药物性肝损伤(DILI)的相同数据集与分子描述符一起用于通过贝叶斯模型进行计算机预测。


TB:具有针对TB的全细胞活性的SRI分子

发表者:SRI Group-保险柜分子:23

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins),博士

发表:24/4/2012

在Pharm Res中评估了分子。 2012年4月4日PMID:22477069

结合跟踪和途径分析方法来鉴定具有针对结核分枝杆菌的全细胞活性的分子。

Sarker M,Talcott C,Madrid P,Chopra S,Buinin BA,Lamichhane G,Freundlich JS,Ekins S.


疟疾:MMV疟疾框

发表者:受众:疟疾盒分子:400

发表:29/3/2012

Molécules de MMV Malaria Box, ChEMBL-NTD (//www.ebi.ac.uk/chemblntd) : MMV Malaria Box, Simon Macdonald, Paul Willis, Paul Kowalczyk, Thomas Spangenberg, Jeremy Burrows et Tim Wells. Medicines for Malaria Venture (MMV), PO Box 1826, 20, rte de Pré-Bois, 1215 Genève 15, Suisse et SCYNEXIS Inc. P.O. Box 12878 Research Triangle Park, Caroline du Nord 27709-2878 USA.

所有Malaria Box化合物均在体外针对3D7(对氯喹(CQ)敏感但对磺胺多辛耐药的恶性疟原虫菌株)进行了测试,并对胚胎肾细胞系进行了细胞毒性测试。人(HEK-293)。对于恶性疟原虫的数据,数据以nM表示为EC 50。


ADME:ADMEdata.com-高质量ADME数据的商业存储库

发布者:G2 Research ADMEdata.com分子:1760

PI:乔治·格拉斯

发表:1/13/2012

例如:Caco-2渗透性,在pH 5时的平衡溶解度,与人的蛋白质结合,与大鼠的蛋白质结合,在兔子中的肠渗透性,人血浆和血细胞比容的分配。有关完整的数据集和模型,请直接联系Pharm.D的George Glass。博士学位 [电子邮件 protected] (通过CDD分发)


卖方:Porse Building Block集合

发表者:CDD Vault分子:29241

PI:CDD

发表:1/13/2012

Porse File Chemical Co.致力于合成用于药物发现的新定制化合物,并以具有竞争力的价格和上乘的质量提供广泛的产品。当前组是1554种新化合物和构建基元的选定子集,这些化合物和基因基在吗啉,哌啶,哌嗪,嘧啶,氨基酸和API家族中各不相同。 www.porsefinechemical.com, [电子邮件 protected] + 86-20-28069055


寄生虫:曼氏血吸虫血吸虫病:微观来源的光谱和杀手的收集

发表者:Brian Suzuki的Sandbox分子:119

发表:10/5/2011


曼氏血吸虫血吸虫:微源和杀手集合的光谱的表型筛选。

PI:Conor R. Caffrey

发表:10/5/2011

CDD:公开数据119个结果

作为在UCSF Sandler药物发现中心发现新的抗寄生虫药物的药物重新定向(重新定位)策略的一部分,我们开发了部分自动化的全生物(表型)筛选用于引起传染性热带病,血吸虫病的流感。我们分析了上述集合中的1,260种化合物,其中包括药物,与药物相关的化合物,天然产物和其他化合物。我们报告了曼氏血吸虫的幼虫阶段(血吸虫)的表型改变,使用简单的描述符来表达寄生虫对复合物侵害的多重和动态反应。表型反应的完整量化正在进行中。给出的数据仅与“命中”化合物有关;可以从Microsource Discovery Systems Inc.获得相应集合中化合物的完整列表。 [电子邮件 protected] 更多细节。血吸虫病的药物发现:通过中期表型筛选在已知药物库中鉴定出的旗舰产品和主要化合物。阿卜杜拉MH,鲁埃拉斯DS,沃尔夫B,Snedecor J,林KC,徐F,伦斯洛AR,威廉姆斯J,麦考罗JH,卡弗里CR。 PLoS内格也可以说。 2009年7月14日; 3(7):e478.PMID:1955971


TB:IRS激酶文库的表型筛选

发表者:CDD Vault分子:23823

PI:CDD

发表:2011年8月29日

在许多疾病中都追求靶激酶

癌症,包括免疫和代谢性癌症以及病毒性和寄生虫性癌症,

真菌和细菌。特别是有一个

对分枝杆菌中激酶和ATP结合靶标的兴趣

结核病以鉴定抑制剂和潜在药物

当前药物方案未靶向的必需蛋白。

在这里,我们介绍了高通量筛选的结果

根据目前的激酶抑制剂支架和已知的激酶结合位点设计的大约26,000种化合物的文库。此处提供的表型数据可作为依据,根据针对结核分枝杆菌的明显活性,针对针对特定激酶或其他ATP结合靶点的酶筛选,选择基质/化合物以进行筛选体外全细菌PMID:21708485

结核病(爱丁堡)。 2011年6月25日。[Epub提前发行]

版权所有©2011 Elsevier Ltd.版权所有。

有关更多详细信息,请联系Melinda Sosa: [电子邮件 protected]

高通量筛选基于激酶抑制剂的文库

抗结核分枝杆菌H37Rv的支架。

雷诺(Reynolds)RC,安南斯坦(Ananthan S),法莱奥莱(Ea Faaleolea E),霍布拉斯(Hobrath)合资,K CD,马多克斯(Maddox)C,拉斯穆森(Rasmussen)L,索萨(Sosa)密西西比(Thammasuvimol E),白EL,张W,塞克莉斯(Secrist)JA第三名。

资料来源:南方研究所,第九大道南2000号,

美国伯明翰市35205。


FDA批准:NCGC药品收藏(NPC)V1.1.0

发布者:NCGC NPC Pharmaceutical Collection V1.1.0分子:14579

PI:Noel Southall

发表:8/8/2011

NCGC药物收藏:全面的临床批准药物资源,可实现重复利用和化学基因组学。 Huang,R.,Southall,N.,Wang,Y.,Yasgar,A.,Shinn,P.,Jadhav,A.,Nguyen,D.,Austin,C.Sci Transl Med 2011年4月27日:第第3期,第80页。 80ps16。

http://stm.sciencemag.org/content/3/80/80ps16.abstract


卖方:带有价格信息的BioBlocks目录

发表者:BioBlocks分子:2971

PI:道格·墨菲

发表:8/3/2011

2989种化合物。

BioBlocks有针对性地收集了超过2200种支架,构建基块和片段,这些支架已被预先鉴定为药物成分。这些化合物中的大多数是由BioBlocks独特提供的,已发现其应用范围从药物开发的中间体到肽化学中的氨基酸替代物。

有关BioBlocks基础知识的最新信息,请访问www.bioblocks.com。


TOX:药物引起的肝损伤数据(DILI)

发表者:BBB分子:519

发表:4/29/2011

药物引起的肝损伤数据-训练集由来自Jim Xu的实验数据组成,而测试集代表来自文献的数据。

发表在《药物代谢研究》上。 2010年12月; 38(12):2302-8。 Epub 2010 Sep 15一种基于贝叶斯配体的模型,可预测药物引起的人类肝损伤。

埃金斯S,威廉姆斯AJ,徐继杰。

TB:体内必需基因数据库


发表者:SRI目标分子数据库结核病:314

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins)

发表:21/4/2011

从TBDB,Biocyc,Metacyc,PDB和Pubmed以及体内的必要性信息收集的针对结核病靶标的数据,以及斯坦福研究所的Malabika Sarker博士汇编的其他参考资料。约翰·霍普金斯大学的Gyanu Lamichhane博士非常感谢您提供有关必需品的信息。

**请注意,没有与该数据集相关的小分子**


卖方:Enamine公司的多元化筛选库

发表者:烯胺分子:200,000

PI:Dmytro Mykytenko

发表:4/12/2011

最初的200K库是专门为协作药物创建的

发现世界上最大的商业筛选化合物库存的用户

(超过170万种)。库包含ADME专有的类药物化合物

属性。我们可以选择高质量的化合物并立即提供

不同的格式。


FDA批准重新定位:使用HTS方法重新定位的药物

发表者:体外再利用分子:109

发表:03/18/2011

使用HTS方法鉴定出新用途的药物。该表是先前发布版本“ Ekins S,Williams AJ,Krasowski MD,Freundlich JS的重要扩展。对已批准用于罕见病和被忽视疾病的药物进行计算机重新定位” Drug Discov Today。2011 March 1. PMID:21376136 doi:10.1016 / j。 drudis.2011.02.016下表列出了分子,旧用途/目标,新用途/目标,发现方式和参考。

缩写:CCR5,趋化因子受体5; DHFR,二氢叶酸还原酶; DOA,滥用药物,FDA,食品和药物管理局; GLT1,谷氨酸转运蛋白1; HSP-90,热激蛋白90; JHCCL,约翰·霍普金斯大学临床化合物图书馆; Mtb,结核分枝杆菌; NK-1,神经激肽1受体; OCTN2。


FDA批准重新定位:指定为孤儿的产品

发表者:重定向分子的罕见疾病:76

发表:03/18/2011

Tableau 2 de la FDA - tiré de la ressource de la FDA, la base de données de recherche sur les maladies rares (RDRD), qui répertorie les produits désignés orphelins (http://www.fda.gov/ForIndustry/DevelopingProductsforRareDiseasesConditions/HowtoapplyforOrphanProductDesignation/ucm216147.htm) ayant obtenu au moins une autorisation de mise sur le marché pour une indication de maladie rare. Ces données ont été analysées par Ekins et Williams (document soumis).


FDA批准重新定位:指定为孤儿的产品

发表者:重定向分子的罕见疾病:105

发表:03/18/2011

Tableau 1 de la FDA - tiré de la ressource de la FDA, la base de données de recherche sur les maladies rares (RDRD), qui répertorie les produits désignés orphelins (http://www.fda.gov/ForIndustry/DevelopingProductsforRareDiseasesConditions/HowtoapplyforOrphanProductDesignation/ucm216147.htm) ayant obtenu au moins une autorisation de mise sur le marché pour une indication de maladie commune.

FDA没有将数据与分子结构相关联。


卖方:科罗拉多州药物发现中心试点图书馆

发布者:C2D2公共分子:2240

PI:Greg Miknis,副总监

发表:3/7/2011

该文库包含各种结构的小分子,其符合与药物相似的标准。显示了几种化学型,并且该文库旨在适用于多种潜在靶标。

有关收藏的信息,请发送请求至 [电子邮件 protected]


LIPID:脂质图结构数据库

发表者:Lipid Maps Database分子:22215

PI:脂质切开术的门户

发表:2/11/2011

Les structures des Lipid Maps (http://www.lipidmaps.org/) ont été annotées avec 5 ions communs (H+,2H++, K+, Na+, NH4+) comprenant des acyles gras de mammifères, des glycérolipides, des glycérophospholipides, des sphingolipides, des lipides stérols et des lipides prénols. Les structures et les ions peuvent être recherchés par structure et MW pour faciliter l'identification de nouveaux lipides.


结核分枝杆菌

发表者:虚拟代谢物分子:274

发表:11/5/2010

由Kinnings等人在《公共科学图书馆·计算生物学》第6卷:e1000976(2010)中发表的274种药物的数据集(已在美国和欧洲批准用于人类)

该数据集可与其他CDD TB筛查数据集一起使用,以确定哪些批准的药物具有抗Mtb活性(基于文献。

TB:文献中不可复制的Mtb抑制剂


发布者:CDD-肖恩·埃金斯分子:26

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins)

发表:10/28/2010

已发表文章的结构和数据:

Darby和Nathan J Antimicrob Chemother 2010:65:1424-1427

Bryk等人,Cell Host and Microbe 2008:3:137-145

Lin等,Arch Biochem Biophys。 2010 501:214-220

Lin et al。,J Biol Chem 2008:283:34423-34431

de Cavalho et al:J Med Chem 2009:52:5789-5792

Lin et al。,Nature 2009:461:621-626


卖方:Astatech,Inc.积木收藏

发布者:Astatech,Inc.分子:6140

发表:10/15/2010

AstaTech,Inc.提供先进和新颖的中间体,以促进药物发现过程。我们的广泛选择包括结构单元,新胺,受保护的胺,非天然氨基酸,酮,醛,杂环,类花生四烯酸酐,硼酸和手性中间体。联系我们 [电子邮件 protected] 用于订购信息。


卖方:目录Chemik 2010

发表者:CDD Vault分子:3889

PI:CDD

发表:10/5/2010

Chemik已成功协助惠氏(Wyeth)等药物开发公司的第一阶段项目。我们为他们提供从几克到几吨的原材料和主要中间体。凭借在该领域十年的经验,我们可以帮助客户在4-6周内以具有竞争力的价格,优质的产品和持续的服务来开发新的中间商。


疟疾:菲和蒽,氨基醇

发表者:CDD金库分子:35

PI:CDD

发布时间:2010年9月21日

N-二-和单-烷基取代的氨基醇盐酸盐与卤素和菲在小鼠中对伯氏疟原虫的抗疟数据。二十七种化合物显示出活性(增加了平均存活时间>6天);八个化合物可治愈(IMST>60天)。该表包含有关详细信息和摘要的PubMed ID。


TB:BCG / MTB活动

发表者:诺华(Novartis):结核病数据分子:283

PI:Srinivasa Rao

发表:09/15/2010

卡介苗(MIC50)的有氧活性-274种化合物

MTB(MIC50)的有氧活性-283种化合物

BCG ATP(IC50)的厌氧活性-283种化合物

MTB ATP(IC50)的厌氧活性-283种化合物

细胞毒性(CC50)-223个复合关键词:结核分枝杆菌,牛分枝杆菌,TB


疟疾:JHU JHCCL抑制恶性疟原虫

发行人:约翰·霍普金斯-沙利文(2008)分子:2693

发表:6/4/2010

以10 microM批准的2663种药物的抑制百分比

TB,疟疾:GSK的贝叶斯疟疾预测是正确的


发布者:GSK数据贝叶斯模型(Ekins等)分子:13355

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins)

发表:05/28/2010

使用贝叶斯模型(由Ekins等发布,Mol BioSyst 6:840-851(2010))预测GSK疟疾结果(由Gamo等人,Nature 465:305-310(2010)发布) 。

活动阈值(220,000个模型>0.31,2,200型号>-1.37在整个单元格屏幕中被归类为有效。

疟疾:来自圣约翰的全细胞疟疾数据集。


发布者:圣裘德-疟疾/锥虫生物活性分子:1524

PI:Kip Guy

发表:26/05/2010

St. Jude CRH(Guiguemde,W等人,《恶性疟原虫的化学遗传学》,自然465,311-315(2010年5月20日))发表的《自然》杂志的其他数据,包括在主屏幕中测试的1524个结构八种方案中的其他数据:Altman空白分析,ADMET性质的计算,分子遗传筛选,敏感性,协同作用和酶含量测定以及热融合分析。


疾病:Novartis GNF-Pf数据集

发表者:诺华疟疾分子:5695

发表:21/5/2010

从MR4获得的恶性疟原虫3d7(对药物敏感)和W2(对氯喹,奎宁,乙胺嘧啶,环鸟嘌呤和磺胺多辛具有抗性)菌株在基于红细胞以确定它们对所选化合物抑制增殖的敏感性。


卖方:ASINEX-新型疟疾筛查设备

发表者:ASINEX分子:1

PI:Mark Parisi

发表:5/20/2010

机密数据集:594个ASINEX中的新化合物。请参阅附件,其中详细说明了ASINEX的设计。

访问:新的CDD用户-您的注册将在批准访问数据集之前经过批准过程。现有CDD用户-请联系 [电子邮件 protected]


卖家:ASINEX Tres Cantos(GSK)抗疟组件

发表者:ASINEX分子:278

PI:Mark Parisi

发表:5/20/2010

278 ASINEX有效的抗疟疾数据与GSK数据匹配。

可供立即审查。相应的数据集是ASINEX的属性。有关更多信息,请联系Mark Parisi:电子邮件: [电子邮件 protected]

电话:1-877-ASINEX1

传真:1-336-721-1618


疟疾:Tres Cantos抗疟疾套装(TCAMS)

发表者:GSK反疟疾数据分子:13471

PI:哈维尔·加莫

发表:19/05/2010

在葛兰素史克(GlaxoSmithKline)筛选库中筛选了大约200万种化合物,已鉴定出超过13,500种人红细胞中恶性疟原虫增殖的抑制剂。这项工作是在28760 Tres Cantos的Severa Ochoa 2的GlaxoSmithKline的Tres Cantos医学发展校区进行的。

结核病:Sacchettini等的评论。等-其他抗结核药

发表者:PK分子:18

发表:2/5/2010

Sacchettini J.C.,Rubin E.J.和Freundlich J.S.药物与臭虫的图1未经批准的抗结核药物:追求持久的掠食性结核分枝杆菌,Nature Reviews Microbiology,6,41-52,(2008)。


结核:小分子专利数据

发表者:结核专利数据分子:20,775

PI:协作药物发现

发表:2010年1月27日

结核病研究的专利结构和信息来自美国专利商标局,欧洲专利局和世界知识产权组织。


TB:Makarov等人,NM4TB联盟

发布者:CDD-肖恩·埃金斯分子:32

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins)

发表:2010年1月1日

构建1,3-苯并噻嗪-4-酮(BTZ)的活性关系数据。数据取自Makarov等人于2009年在《科学》杂志上发表的文章“苄硫噻嗪酮类药物通过阻断阿拉伯合成来杀死结核分枝杆菌”以及来自NM4TB财团的同事(PMID:19299584)。


卖方:TimTec多样性集

发表者:TimTec分子:9998

PI:供应商

发布时间:2010年1月5日

10,000种不同药物化合物的筛选库


卖家:TimTec OGT抑制剂类似物SET

发表者:TimTec分子:334

PI:供应商

发布时间:2010年1月5日

O-GlcNAc SET转移酶抑制剂的类似物


卖方:TimTec ActiTarg-K,激酶调节剂

发表者:TimTec分子:6212

PI:供应商

发布时间:2010年1月5日

ActiTarg-K具有6,000多种化合物,可提供有价值的药物样分子筛选库,以鉴定新型蛋白激酶抑制剂的合成方向

卖方:TimTec天然产物衍生物库

发表者:TimTec分子:3001

PI:供应商

发布时间:2010年1月5日

TimTec的NDL-3000天然衍生物


卖家:TimTec天然产品图书馆

发表者:TimTec分子:479

PI:供应商

发布时间:2010年1月5日

TimTec NPL纯天然产品


卖方:投影库

发表者:AsisChem分子:43121

发表:26/10/2009

超过40,000种小分子类药物化合物的集合可用于您的个性化选择。所有化合物的库存量最高为25 mg。


卖方:基本要素

发表者:AsisChem分子:176

发表:26/10/2009

可用于药物发现的化合物的集合。如果没有库存,则所有化合物都可在数周内获得,最大量为10克。


TB:TAACF-NIAID CB2库

发言者:南方研究院的分子:102634

PI:Robert Goldman

发行时间:09/30/2009

筛选具有抑制结核分枝杆菌H37Rv菌株生长能力的商业化合物库(ChemBridge)的结果。参见PMID:19758845


TB:EthR抑制剂(Willand等)

发布者:CDD-肖恩·埃金斯分子:5

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins)

发行时间:09/28/2009

转录抑制因子EthR的药物类型抑制剂。分子和数据来自Willand et al Nature Medicine 15:537-544(2009)PMID:19412174


VENDOR,ADME:来自一组结构多样的商业药物的基准数据。

发表者:NM4TB:卡伦集团网站分子:24

PI:安德斯·卡伦(Anders Karlen)

发表:2009年6月11日

瑞典市场上药品的多变量分析被用作选择少量24种化合物的基础,这些化合物具有很大的理化多样性。选择时要考虑诸如结构多样性,商业可用性,价格和合适的定量分析技术等因素。对于收集的所有数据,测量了通过人Caco-2细胞单层的亲脂性,pKa,溶解度和通透性。我们期望该数据集可以作为验证新实验技术或计算机模型的参考。它也可以用作开发新计算模型的各种初始数据集。

数据取自:

介绍结构多样的可商购药物数据集,以进行相关性和基准研究。

SköldC,Winiwarter S,Wernevik J,BergströmF,EngströmL,Allen R,Box K,Comer J,Mole J,Hallberg A,LennernäsH,Lundstedt T,Ungell AL,KarlénA.

J Med化学2006年11月16日; 49(23):6660-71。


TB:已发表文献的吸收数据

发布者:CDD:结核病中的分子治疗文献:24

发表:2009年5月28日

参考文献中的结核吸收数据

被2-三唑取代的5'-O- [N-(水杨酰基)氨磺酰基]腺苷类似物抑制铁载体的生物合成:对结核分枝杆菌有效的抗菌核苷。

Gupte,A .; Boshoff,H. I .;威尔逊D.J. Neres,J .; N.P. Labello; Somu,R.V .;邢C;巴里(C. E.); Aldrich,C. C.

J Med Chem(2008)第51卷,第23期,第7495-7507页渗透性数据。


TB:已发表文献的药代动力学数据

发布者:CDD:结核病中的分子治疗文献:28

发表:2009年5月28日

来自已出版书目来源的关于结核的药代动力学数据。 28种独特化合物以及常见化合物的SAR数据。

数据包括PubMed引文,目标,测试的细胞和生物,生物利用度,Vm,Vd,Cmax等。


TB:已发表文献的毒性数据

出版者:CDD:结核病治愈分子:638

发表:2009年5月28日

结核毒性数据来自已出版的书目来源。 638种独特化合物以及PubMed参考文献中的常见化合物的SAR数据。

数据包括PubMed引文,靶标,睾丸细胞和生物,细胞生存力,LD50,CC50,MNTD等。


结核病:已发表文献的疗效数据

出版者:CDD:结核病治愈分子:6768

发表:2009年5月28日

结核病疗效数据来自已发表的文献资料。 6 771种独特化合物以及300多种PubMed参考文献中的常见化合物的SAR数据。

数据包括PubMed引文,靶标,睾丸细胞和生物,MIC,%抑制,EC50-EC100,IC50等。


TB:MLSMR

发表者:南方研究所分子:214507

PI:Robert Goldman

发表:2009年5月8日

由分子图书馆小分子知识库(MLSMR)收集的200,000种化合物的多样化集合已于2008年春季提供给Southern Research分子图书馆筛选中心,以进行针对Mtb H37Rv的初步测试。从该初次筛选中选择最具活性的化合物,并在针对H37Rv的剂量反应分析以及使用Vero细胞的细胞毒性计数器筛选中以10种浓度进行测试。


疟疾:约翰霍普金斯大学临床化合物图书馆

出版者:约翰·霍普金斯-沙利文(2008)分子:1878

发表:28/04/2009

测试的药物浓度为10μM。在10%人血清的RPMI 1640培养基中培养来自对氯喹敏感的3D7或耐多药的Dd2的环形同步寄生虫,并在存在药物的情况下孵育48或96小时。 3H]-次黄嘌呤。一个96孔板,每孔含0.2 ml培养物,寄生虫血药浓度为0.2%,血细胞比容为2-4%,在48小时和20小时时发出的放射性掺入信号约为10,000 cpm 96小时时000 cpm,背景计数小于500 cpm。筛选实验一式两份进行,抑制百分比显示为两次实验的平均值。


TB:文献综述

发布者:结核病书目数据分子:49

PI:Ballel等。

发表:2009年4月17日

结核SAR数据汇总在对结核分枝杆菌有活性的药物的调查中,包括具有已知或未知作用方式的药物(Ballel等人,抗菌药物中的“新型小分子合成抗分枝杆菌”和化学疗法,2005年6月)。使用TubercuList / TBDB /其他目标链接和改进的参考更新4/17。


TB:Sacchettini等。

发布者:CDD-肖恩·埃金斯分子:14

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins)

发表:02/18/2009

Sacchettini J.C.,Rubin E.J.和Freundlich J.S.表1和表2的一线和二线抗结核药药与虫子:追求持久的掠食性结核分枝杆菌,《自然评论微生物学》(Nature Reviews Microbiology)6,6,41-52,(2008)。


卖家:IUPUI-分布式药物发现(D3)公共数据

发布者:IUPUI-D3枚举73K N-酰基AA-OH,-OMe,-NH2分子:48818

PI:M. J. O'Donnell和W. L. Scott

发布时间:2009年1月1日

非天然酰化氨基酸及其甲酯的开放式虚拟目录。我们鼓励我们的同事分享他们对“分布式药物发现”项目和合成方法的兴趣,这在《组合化学杂志》(印刷中)的三篇系列文章中进行了介绍。


卖方:ASINEX的基本要素

发表者:ASINEX分子:6745

PI:Mark Parisi

发表:23/12/2008

诸如Building Blocks之类的药物,如果您正在考虑进行潜在客户优化计划,那么我们的Building Blocks可能正是您想要的。


寄生虫:气味

发布者:CDD-肖恩·埃金斯分子:228

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins)

发表:21/12/2008

有关香水分子名称和结构的数据,摘自Roman Kaiser所著的一本书,这是Wiley-VCH在2006年出版的“世界各地有意义的香气”。该分子的编号与书中的编号相对应。


毒物:毒理学

发布者:CDD-肖恩·埃金斯分子:306

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins)

发表:18/12/2008

La bibliothèque de toxiccast de l'EPA sur les composés (principalement des pesticides) est disponible sur http://www.epa.gov/ncct/dsstox/DataFiles.html

http://www.epa.gov/ncct/toxcast/


FDA批准的TOX:建议的最大每日摄入量

发布者:CDD-肖恩·埃金斯分子:1215

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins)

发表:12/10/2008

FDA数据库包含建议的1200多种药品的最大日剂量值。该数据集代表以下出版物Matthews,E.J.等人,Current Drug Discovery Technologies,1(1):61-76中使用的一些分子。 (2004年)


卖家:面对当今健康和保健需求的印度草药传统

发布者:Falguni Dasgupta:个人数据编译分子:37

PI:Falguni Dasgupta

发表:10/30/2008

结合现代观点对印度草药及其提取物的传统用法进行了讨论,以期找到共同点,重新评估主张并根据健康和保健领域创造机会符合法规要求,以及寻找新药的“潜在客户”。


寄生虫:Celera半胱氨酸蛋白酶抑制剂的Sandler-UCSF文库

发表者:McKerrow集团分子:1860

PI:Jim McKerrow

发表:23/10/2008

体外筛选克氏锥虫和布氏锥虫寄生虫,并筛选特定的酶。


FDA批准:药物批准

发布者:约翰霍普金斯大学临床化合物库分子:2815

PI:David Sullivan

发表:10/16/2008

FDA已经批准了具有明确分子结构的药物,包括Physicians'Desk Desk Reference中的763个分子,DrugBank中的780个分子,Orange Book 2007中的1151个以及FDA的Chris Lipinski博士列表中的1007个。


卖方:库以ASINEX GPCR为中心

发表者:ASINEX分子:3502

PI:Mark Parisi

发表:10/2/2008

一套针对GPCR的高质量药物,以低价出售给CDD社区。该库整合了我们在药物化学领域的专业知识以及我们在文献中鉴定特权片段并以前所未有的方式组装它们的能力。


GPCR:PDSP Ki数据库

发表者:PDSP Ki数据库分子:20026

PI:布莱恩·罗斯(Bryan Roth)

发表:09/16/2008

来自NIMH精神药物测试计划(PDSP)数据库的699个GPCR目标的超过47,000 Ki值


卖方:ASINEX Synergy库

发表者:ASINEX分子:25008

PI:Mark Parisi

发表:26/04/2008

ASINEX开发了一个新的高多样性文库,其中包含诸如药效基团之类的药物片段。库的设计基于两种协同形式。第一个是各种技术与目标技术之间的相互关系,第二个涉及关键中间体在多个阶段(6至9个阶段)的融合,以创建复杂的化合物。有关更多详细信息,请参见下面的PDF。


TOX:具有已知毒性概况的公共数据的结构

发表者:具有已知毒性分子的结构135

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins),博士

发表:28/03/2008

已知化合物的组织特异性毒性概况与参考文献


滥交抑制剂:Shoichet发布了滥交抑制剂

发布者:Shoichet发布了滥交分子抑制剂:111

PI:Brian Shoichet

发表:03/26/2008

聚集体通过水溶液中有机分子的自缔合产生“假阳性”


TOX:加州大学戴维斯分校-吊床公共数据

发表者:加州大学戴维斯分校-吊床分子:714

PI:布鲁斯·汉莫克

发表:03/17/2008

可溶性环氧水解酶(sEH)抑制剂-这些酶具有3个主要功能:解毒,分解代谢和调节信号分子。


马拉喀什(TRYPANOSOMA):圣裘德的公共数据

发布者:圣裘德-疟疾/锥虫生物活性分子:2426

PI:Kip Guy

发表:3/5/2008

圣裘德儿童研究医院Kip Guy实验室的开放获取结果,包括HTS关于疟疾生物活性物质和布鲁氏杆菌的研究结果


疟疾:Drexel公共数据

发表者:德雷克塞尔大学分子:195

PI:让-克洛德·布拉德利

发表:2/3/2008

之间开放数据协作的结果

Drexel(Ugi-4CC产品)和UCSF(动物筛查)。该数据集代表研究人员如何选择公开发布选定结果的示例。 (但是,默认情况下,所有组都是私有的)。


疟疾:美国陆军调查

发布者:美国陆军疟疾文献调查分子:12318

 

发表:2/29/2008

关于动物抗疟药SAR的大量数据,包括化学结构,生物活性数据,药理学数据和毒性数据(最初由美国陆军于1946年发布,标题“疟疾药物调查”)


疟疾:PlasmoDB

发表者:UPenn-疟疾文献数据分子:120

PI:David Roos

发表:19/02/2008

从文献中汇编的PlasmoDB疟疾抑制剂包括化学结构,PlasmoDB基因标识符,目标基因名称以及针对恶性疟原虫,间日疟原虫,伯氏疟原虫,约氏疟原虫,查巴迪(P. chabaudi),文凯(P. vinckei petteri)


疟疾:天然产物(NPPDB)

发布者:国家天然产物分子研究中心:426

PI:Babu Tekwani

发表:02/15/2008

天然黄酮产品数据库,包括疟疾和细胞毒性数据(密西西比大学,国家天然产品研究中心)


TB:TAACF测试结果

发表者:结核病早期药物发现分子:812

PI:Bernard Munos

发表:2/12/2008

Alamar蓝全细胞测定中812种化合物对结核分枝杆菌(H37Rv)的公共文库的抗菌活性


FDA批准:孤儿药

发表者:已知药物分子:1721

PI:Christopher Lipinski

发表:10/26/2007

FDA批准的带有指定适应症,保荐人名称和化学结构的药物(如果有)