公共访问

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EDASA COVID-19 Composite资源库可用于协作

作者:Andrea Altieri,博士3d捕鱼达人:2733

发表于:12/5/2020

EDASA Scientific,小型MedChem组织(http://www.edasascientific. com )正在COVID-19区域寻找生物伙伴。 EDASA拥有大约2700种化合物,愿意免费提供化合物(装运是收件人的责任),如果有任何阳性结果,则准备指派化学家对活性化合物进行优化。进一步的进步。 EDASA愿意探索对这些化合物中的任何一种进行计算机内修饰,并合成(免费)有限数量的修饰化合物作为概念验证。接收到的全部或部分数据将与金融机构联合提交给科学期刊>3.请注意,所有这些化合物均为EDASA Scientific专有,我们已经为所有化合物开发了经过验证的合成方案。


COVID-19 Mpro活性片段

发表者:亚历克斯·克拉克3d捕鱼达人:1003

发布时间:2020年3月28日

由英国国家同步加速器科学机构Diamond Light Source与Dectris合作提供的晶体结构发现了对Mpro / COVID19有活性的碎片(Diamonds的所有MX实验均使用了其检测器) 。有关原始数据,请参见: //www.diamond.ac.uk/covid-19/for-scientists/Main-protease-structure-and-XChem/Downloads.html


佩拉拉方舟

发布者:Perlstein实验室3d捕鱼达人:56756

PI:Ethan Perlstein

发行:10/27/2019

基于开放源代码模型的表型选择数据集,包括药物筛选和铅,酵母,蠕虫,果蝇和人类细胞模型中先天性代谢错误(如溶酶体疾病和先天性糖基化疾病。这些数据已在G3期刊的三个案例研究中发表(Lao等,2019 //www.g3journal.org/内容/ 9/2 / 413.long)和疾病模型与机制(Iyer等,2019a //dmm.biologists.org/内容/早期/ 2019/09/18 / dmm。 040576.长 Iyer等人,2019b //dmm.biologists.org/内容/早期/ 2019/10/19 / dmm。 040584.long )。


血清素受体的体外和体内活性

发表者:尼科尔斯3d捕鱼达人:84

PI:Dave Nichols

发行:10/14/2019

数据集中在使用多巴胺或5-羟色胺作为神经递质的大脑系统上。这包括仅对五种通用类型的多巴胺受体(D1-D5)之一具有特异性的3d捕鱼达人探针,以及对5-HT1A,5-HT2A和5-HT2C血清素受体的数据集。这些项目包括系统的结构修饰以及药理学测试,以鉴定这些受体上配体结合域的结构决定因素。这项工作的主题之一是确定不同化学类别的3d捕鱼达人如何全部适合同一受体结合位点。


多发性硬化症:OL分化

发表者:Myelin Repair Foundation3d捕鱼达人:710

PI:塔西·柯林斯(Tassie Collins)

发布时间:2016年10月21日

将OPC免疫纯化的O4急性少突胶质细胞分化测定以5k /孔接种。铺板后1小时,加入测试物品并将细胞温育4天,之后将细胞固定并免疫MBP和总核(DAPI)。通过对MBP染色/细胞数量(通过DAPI核染色确定)进行定量,确定OL中OPC的差异。以2种浓度(10和2 uM; 2和0.4 uM; 0.4和0.08 uM)一式四份进行化合物筛选。将数据标准化为DMSO(0%差异)和40 ng / ml T3(100%差异)。相对于测试物品的EMax确定EC50。有关技术细节,请参见Lariosa-Willingham等。等BMC Res Notes。 2016 Sep 5; 9(1):419或联系 [电子邮件 protected] 有关详细的协议。


多发性硬化症:OL保护

发表者:髓磷脂修复基金会3d捕鱼达人:723

PI:塔西·柯林斯(Tassie Collins)

发布时间:2016年10月21日

少突胶质细胞保护测定-生存力(TNF + IFNg)将扩增的OPCs以10K /孔接种。电镀后24小时,添加测试物品,添加测试物品1小时后,向污物添加10U / mlIFN​​-γ/ 1ng / mlTNF-α。孵育2天,添加AlamarBlue并孵育4小时。定量AlamarBlue的荧光以读取细胞活力。数据按DMSO(0%活性)和1.1 uM喹硫平(100%活性)定标。有关技术细节,请参阅Rosler等。等BMC Res Notes。 2016年9月5日; 9(1):444联系 [电子邮件 protected] 有关详细的协议。


多发性硬化症:髓鞘形成测定

发表者:髓磷脂修复基金会3d捕鱼达人:715

PI:塔西·柯林斯(Tassie Collins)

发布时间:2016年10月21日

制备来自E18大脑皮层髓鞘化测定的细胞,并将其置于神经基础培养基中。四天后,媒体已切换为MyM媒体。在第5天,添加测试项目,并使髓鞘化进行八天。在第13天,将细胞固定并免疫MBP和Olig2。通过量化MBP / Olig2 +核染色和MBP形态变化(连续的MBP染色比对-纤维长度)来确定髓鞘形成。通过定量MBP x面积/ Olig2 +细胞核的密度来确定OL分化。以2个浓度(5和1 uM)以每孔4张图像一式两份检查化合物。将数据归一化为DMSO(0%分化/细化)和DAPT(100%分化/细化)。相对于对1 uM DAPT的反应确定的EC50。有关技术细节,请参见Lariosa-Willingham等。等,BMC Neurosci。 2016 Apr 22; 17:16或联系 [电子邮件 protected] 有关详细的协议。


多发性硬化:HEK293衣霉素保护试验

发表者:髓磷脂修复基金会3d捕鱼达人:740

PI:塔西·柯林斯(Tassie Collins)

发布时间:2016年7月10日

HEK-293防护测试

 

将HEK-293细胞(10K /孔)孵育24小时,然后添加测试物品。 1小时后,加入100ng / ml衣霉素。再孵育48小时后,添加AlamarBlue,并在4小时后对荧光进行定量。数据以DMSO(0%活性)和5 uM guanabenz(100%活性)标准化。相对于测试物品的EMax确定EC50。联系方式 [电子邮件 protected] 有关详细的协议。


多发性硬化症:OL毒性试验

发表者:髓磷脂修复基金会3d捕鱼达人:709

PI:塔西·柯林斯(Tassie Collins)

发布时间:2016年7月10日

少突胶质细胞毒性试验(TNF + IFNg)

 

过去的大鼠OPC毒性试验,以10k /孔接种,与药物孵育2天。孵育4小时后,读数为AlamarBlue荧光。数据显示为相对于DMSO(100%)的存活百分比。最大杀伤力是5 ng / ml衣霉素,使约15%的细胞存活。有关技术细节,请参见Lariosa-Willingham等人,BMC Res Notes。 2016 Sep 5; 9(1):419或联系 [电子邮件 protected] 有关详细的协议。


绿色溶剂

发表者:亚历克斯·克拉克(Alex Clark)的沙盒3d捕鱼达人:117

发布时间:2016年9月20日

Datos de disolventes verdes, utilizados por la aplicación móvil homónima (http://molmatinf.com/greensolvents.html). Compilados a partir de la información publicada por el Instituto Químico Verde de la ACS y la Guía de Disolventes de GSK. Publicado en http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/sc3000509.


寄生虫:GSK Kineto Box搭配pIC50

发表者:GSK Kineto盒式项目3d捕鱼达人(TCAKS):592

PI:皮拉尔·曼萨诺(Pilar Manzano)

发布时间:2016年6月16日

Mediante ensayos fenotípicos de células enteras, se examinó el conjunto de diversidad de detección de alto rendimiento (HTS) de GlaxoSmithKline, de 1,8 millones de com puestos, contra los tres aminoácidos más importantes para las enfermedades humanas, a saber, Leishmania donovani, Trypanosoma cruzi y Trypanosoma brucei. Se realizaron ensayos confirmatorios secundarios y antiparasitarios intracelulares ortogonales, y se determinó el potencial de citotoxicidad no 是 pecífica. Se agruparon químicamente los com puestos de impacto y se los clasificó por propiedades fisicoquímicas deseables. El hipotético 是 pacio objetivo biológico cubierto por 是 tos conjuntos de diversidad se investigó mediante metodologías bioinformáticas. En consecuencia, se ensamblaron tres cajas químicas anticinetoplásticas de aproximadamente 200 com puestos cada 一种 . Este conjunto de datos incluye los com puestos de éxito y todos los resultados de selección asociados. http://www.nature.com/articles/srep08771


卖方:ASINEX PPI库

发表者:ASINEX3d捕鱼达人:8400

PI:Mark Parisi

发表:3/3/2016

自2008年以来,ASINEX一直致力于蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)库的设计和合成。最新一代的ASINEX PPI库包含从片段状实体到大环衍生物的各种大小,结构和形状的3d捕鱼达人。设计为二级结构模拟物或表位模拟物。


卖家:ASINEX Elite库

发表者:ASINEX3d捕鱼达人:12960

PI:Mark Parisi

发表:3/3/2016

最初的“打击”之后有什么问题? Asinex通过广泛的ADME配置文件,易于药物修饰的最佳设计以及可确保新颖性的IP评估解决了这些问题。


卖家:ASINEX表型库

发表者:ASINEX3d捕鱼达人:9840

PI:Mark Parisi

发表:3/3/2016

Asinex在其设施中进行表型和基于靶标的测定,并使用所收集的实验信息来创建其基于靶标的多样化筛选测试集。通过这种经验,Ainex创建了一个表型检测套件。该集合的过滤器如下:

MW:200-450,clogP:-1.0-7.0,clogD(pH 7.4):-5.0-4.0,Rot.Bond:0-10,HA:1-10,HD:1-5,TPSA:15-135 A ,N + O:2-10,HAC:19-34,偶极子:0.3-3.30,SHP2:0.240-0.450。


卖方:ASINEX多样性库

发表者:ASINEX3d捕鱼达人:9968

PI:Mark Parisi

发表:3/3/2016

多样性仍然是一种强大的筛选工具,尤其是在药物发现的早期“研究”阶段。在创建此集合时,Ainex应用了计算工具来确保化学空间正确表示,同时结合了其“精英”和“生物设计”概念的元素。


卖家:ASINEX BioDesign

发表者:ASINEX3d捕鱼达人:8041

PI:Mark Parisi

发表:3/3/2016

ASINEX BioDesign方法将已知和与药理相关的天然产物(例如生物碱和其他次生代谢产物)的关键结构特征整合到可合成的药用化学支架中。


目录:发现分布式药物(D3)-IUPUI

发布者:IUPUI-D3枚举73K N-AcylAA-OH,-OMe,-NH23d捕鱼达人:73234

PI:M. J. O'Donnell和W. L. Scott

发布时间:2016年2月24日

免费开放的虚拟目录/库>73,000个3d捕鱼达人:a)N-酰基非天然α-氨基酸,b)N-酰基非天然α-氨基酸的甲基酯,和c)N-酰基非天然α-氨基酸的伯酰胺。目录中的3d捕鱼达人是通过基于当量甘氨酸阴离子与100 R1X的固相结合烷基化,然后与100 R2CO2H进行N-酰化以及树脂的分离(TFA,MeOH / Et3N或TFA,分别)。 2009年1月1日发布了48,818个3d捕鱼达人的遗留数据集(在a和b之上,加上R1X和R2CO2H条目)。我们鼓励同事就D3项目的兴趣与我们联系(电子邮件: [电子邮件 protected]<mailto:[电子邮件 protected]>o<mailto:[电子邮件 protected]>[电子邮件 protected])。参考文献:J. Comb。化学,2009,11,3-13,14-33,34-43; J.Org。化学,2014,79,3140-51; J.化学教育.2015,92,819-26。</mailto:[电子邮件 protected]></mailto:[电子邮件 protected]>


5种恶性疟原虫激酶与。 GSK TCAMS

发表者:Gregory J. Crowther3d捕鱼达人:13451

PI:Gregory J. Crowther

发表:2/3/2016

筛选了约13,500种细胞活性化合物对五种不同蛋白激酶的活性。在恶性疟原虫钙依赖性蛋白激酶1和4(CDPK1 / PF3D7_0217500和CDPK4 / PF3D7_0717500),促分裂原相关蛋白激酶2(MAP711D_P13)的生化分析中分析了GlaxoSmithKline三个Cantos抗疟疾组合(TCAMS) ,蛋白激酶6(PK6 / PF3D7_1337100)和蛋白激酶7(PK7 / PF3D7_0213400)。新型有效抑制剂(IC50<三种激酶:CDPK1,CDPK4和PK6:1 µM)。 PK6抑制剂是针对该酶发现的最有效的抑制剂,值得进一步研究。


公共暗物质化合物

发表者:暗物质3d捕鱼达人:139352

PI:吉列尔莫·莫拉莱斯(Guillermo Morales)

发布时间:2015年7月12日

诺华发现,至少在100次诺华试验中已经测试了803,990种化合物,其中112,872种化合物没有活性(占14.0%)。 NIH数据分析表明,至少在100个试验中测试了363,598种化合物,其中131,726种化合物无效(36.2%)。

安妮·迈·瓦瑟曼(Anne Mai Wassermann),尤金·伦肯(Eugen Lounkine),多米尼克·霍普夫纳(Dominic Hoepfner),盖勒·勒高夫(Gaelle Le Goff),弗雷德里克·金(Frederick J King),克里斯蒂安·斯图德尔(Christian Studer),约翰·佩尔帖(John M Peltier),梅利莎·L·格里波(Melissa L Grippo),薇薇安·普林德尔(Vivian Prindle),陶剑石,安斯加·舒芬豪尔(Ianin M Wallace),陈妮(Shanni Chen),菲利普·克拉斯特(Philipp Krastel),阿曼达·科沃斯(Amanda Cobos) -Correa,Christian N Parker,John W Davies &梅尔·格里克(Meir Glick)。暗化学物质是发现药物中铅的有前途的起点。 Nature Chemical Biology 2015,第11卷,第pp。 958至966(doi:10.1038 / nchembio.1936)


ADME:AZ ChEMBL公共数据

发布者:AZ Public ChEMBL数据3d捕鱼达人:5799

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins)

发表:5/10/2015

在阿斯利康测定的一组公开披露的化合物的体外DMPK和理化实验数据。为测试提供的参考举例说明了生成数据所使用的实验程序。

//www.ebi.ac.uk/chembl/doc/inspect/CHEMBL3301361% unidos al plasma por 一种 diálisis de equilibrio. El com puesto se incuba con plasma de conejillo de indias entero a 37C durante >5 horas. Método descrito en B. Testa et al (Eds.), Pharmacokinetic Profiling in Drug Research: Biological, Physicochemical, and Computational Strategies, Wiley-VCH, Weinheim, 2006, págs. 119 a 141. Rango experimental 10% a 99,95% ligado al plasma por diálisis de equilibrio. El com puesto se incuba con plasma entero de perro a 37C durante >5 horas. Método descrito en B. Testa et al (Eds.), Pharmacokinetic Profiling in Drug Research: Biological, Physicochemical, and Computational Strategies, Wiley-VCH, Weinheim, 2006, pp.119-141. Rango experimental 10% a 99,95% ligado al plasma por diálisis de equilibrio. El com puesto se incuba con plasma entero de rata a 37C durante >5 horas. Método descrito en B. Testa et al (Eds.), Pharmacokinetic Profiling in Drug Research: Biological, Physicochemical, and Computational Strategies, Wiley-VCH, Weinheim, 2006, págs. 119 a 141. Rango experimental 10% a 99,95% ligado al plasma por diálisis de equilibrio. El com puesto se incuba con el plasma com pleto del ratón a 37C durante >5 horas. Método descrito en B. Testa y otros (Eds.), Pharmacokinetic Profiling in Drug Research: Biological, Physicochemical, and Computational Strategies, Wiley-VCH, Weinheim, 2006, págs. 119 a 141. Rango experimental de 10% a 99,95% de límite. Aclaración intrínseca medida en los hepatocitos humanos después de la incubación a 37C. Rango experimental <3 a >150 microL/min/1E6 células. Comunicación rápida. Espectrometría de masas. 2010, 24, 1730-1736.Valor pKa más básico (pKa B1) determinado por absorción y titulación potenciométrica usando la metodología 是 tándar de Sirius Analytical. Bases de rango experimental: >= 2.Segundo valor pKa más ácido (pKa A2) determinado por absorción y titulación potenciométrica usando la metodología 是 tándar de Sirius Analytical. Rango experimental Ácidos: <= 11.

使用标准Sirius分析方法通过吸收和电位滴定确定的第三最基本的pKa值(pKa B3)。实验范围的依据:>= 2.

使用标准Sirius分析方法通过吸收和电位滴定确定的第二个最基本的pKa值(pKa B2)。实验范围的依据:>= 2.

使用标准Sirius分析方法通过吸收和电位滴定法确定的最酸性pKa值(pKa A1)。实验范围酸:<= 11.


PDB配体

发布者:Protein Data Bank(PDB)3d捕鱼达人:16826

PI:Dale R. Cameron,哲学博士,M.C.I.C。,化学家。

发表时间:2015年3月8日

从PDB中提取配体信息,进行过滤以除去“聚合物”和其他相关的“非游离”配体,以及金属或与金属结合的配体。筛选过程可能会更新,恕不另行通知。数据按原样提供,没有任何其他管理或错误纠正。到PDB的链接由RCSB PBD提供,可以引用为

H.M. Berman,J.Westbrook,Z.Feng,G.Gilliland,T.N。 Bhat,H.Weissig,I.N.辛达洛夫(PE) Bourne(2000),蛋白质数据库核酸研究,28:235-242。

请告知Vault管理员有关断开的链接,请求其他数据等的信息。


埃博拉病毒:埃博拉病毒的小抑制3d捕鱼达人

发表者:纳迪亚的沙盒3d捕鱼达人:55

PI:Nadia Litterman博士

发表:2/2/2015

该共享数据集包含来自文献(截至2015年1月)的55个小3d捕鱼达人,这些3d捕鱼达人在体外和/或体内对埃博拉病毒和多种疾病模型具有活性。我们包括了由经验丰富的药物化学家进行的评估,以及DOLORES过滤的结果。 (这项工作已由Nadia Litterman,Christopher Lipinski和Sean Ekins提交给F1000Research出版)。


卖方:Synthonix-建立更好的债券

Publicado por: http://www.synthonix.com Molecules: 10286

发表于:1/2/2015

Synthonix通过提供10,286个构建基块的目录,帮助药物化学家突破药物发现的局限,使他们能够探索更具挑战性的化学空间,并扩大治疗慢性和可治愈疾病的潜在重要治疗靶点的范围世界。 Synthonix,Inc:919-875-9277;一般电子邮件: [电子邮件 protected]; Synthonix Ltd(欧洲办事处):办公室:+44 1223 597934;电子邮件: [电子邮件 protected]


问题:NIH化学探针

发表者:地下室的探测3d捕鱼达人:319

PI:Christopher Lipinski

发表于:12/11/2014

美国国立卫生研究院(NIH)已在壁画内和学术中心资助了HTS的广泛研究工作,估计超过5.76亿美元,用于通过美国国家卫生研究中心网络识别小3d捕鱼达人化学探针或工具化合物。3d捕鱼达人库检测(MLSCN)和3d捕鱼达人库探针生产中心网络(MLPCN)。为了选择化合物作为探针,已经基于效价,选择性,溶解性和可利用性的组合使用了各种定义。迄今为止,NIH资助的学术研究中心已经发现了300多种化学探针。该集合包括探针结构,靶标,抗靶标,IC50值和其他参考。它还包括各种药物概率测度,包括Chris Lipinski博士分配的合意性得分,如“化学探针的专家预测的计算预测和验证”中所述。 Litterman NK,Lipinski CA,Buinin BA,Ekins S.J Chem Inf Model。 (2014年)


卖方:Azepine Ltd. Building Block Collection

出版者:Azepine Ltd.3d捕鱼达人:600

PI:朱莉娅

发布时间:2014年8月10日

600个构建块,以有竞争力的价格现货供应。联系方式 [电子邮件 protected]


NEU-CSIC-GSK激酶靶向的HTS

发布者:Pollastri实验室-东北大学3d捕鱼达人:78

PI:Michael Pollastri

发布时间:2014年9月25日

该数据集包含东北大学(Pollastri实验室),CSIC(Navarro实验室)和葛兰素史克·特雷斯·坎托斯实验室(发展中世界疾病的DPU)合作产生的高通量筛选结果。该文章由Diaz等人撰写,PLoS-NTD:

 

DOI:10.1371 / journal.pntd.0003253

 

请联系 [电子邮件 protected] 有问题


卖方:来自Vitas-M实验室库存的HTS系列

发表者:Vitas-M实验室3d捕鱼达人:388375

发表于:11/7/2014

维塔斯M实验室有限公司HTS化合物库存中大约有40万个单个3d捕鱼达人。它们都可以以各种形式快速交付,包括毫克,微摩尔,干粉,DMSO溶液和干膜。 www.vitasmlab.com Irina Ryabushenko: [电子邮件 protected]


卖方:Vitas-M实验室的组成部分

发表者:Vitas-M实验室3d捕鱼达人:33297

发表于:10/7/2014

维塔斯M实验室有限公司有机块收集包含超过33,000个已识别和测试的项目。 www.vitasmlab.com Irina Ryabushenko: [电子邮件 protected]


卖方:Vitas-M实验室支架

发表者:Vitas-M实验室3d捕鱼达人:2898

发布时间:2014年8月7日

维塔斯M实验室有限公司脚手架系列(杜鹃花项目)。合成类似毒品的小型图书馆的先进方法。这是获得其他任何卖方都无法提供的全新化合物的最佳选择。 www.vitasmlab.com Irina Ryabushenko: [电子邮件 protected]


卖方:Vitas-M实验室碎片

发表者:Vitas-M实验室3d捕鱼达人:18631

发布时间:2014年8月7日

维塔斯M实验室有限公司碎片的收集(通过“ 3条规则”的化学物质和其他特殊的过滤器),以便从碎片中发现药物。 www.vitasmlab.com Irina Ryabushenko: [电子邮件 protected]


供应商:生命化学-GPCR库

发表者:生命化学3d捕鱼达人:15948

PI:Alexandr Kucherak

发布时间:2014年6月20日

La búsqueda de similitudes/farmacósforos se basó en la predicción de la Búsqueda de Topómeros proporcionada por Sybyl-X. Primer paso: 一种 búsqueda de similitud asumió 一种 com paración de los com puestos com pletos de la cepa con los inhibidores conocidos derivados de BindingeDB y ChemblDB. Segundo paso - generación de 是 tructuras tridimensionales de inhibidores conocidos y su coalineación. Este 是 pacio 是 pacial químico se utilizó com o plantilla para el ajuste del resto de los com puestos "similares". Sin embargo, 是 te método fue diseñado para la "selección" y se puede hacer 一种 biblioteca alternativa con métodos de selección virtual (todos los modelos de selección 是 tán listos y probados con juegos de entrenamiento) contra tales receptores - adenosina, quimiocina, dopamina, gaba-, histamina, muscarínico, opiáceo, 是 fingosina. http://www.lifechemicals.com/


卖方:生命的化学物质-激酶的相似性

发表者:生命化学3d捕鱼达人:62467

PI:Alexandr Kucherak

发布时间:2014年6月20日

Búsqueda de similitudes usando las claves públicas MDL y el límite de similitud de Tanimoto del 90%. Para la búsqueda de similitudes se utilizaron casi 25K com puestos de referencia que se probaron activos en 168 ensayos biológicos (más de 100 objetivos de cinasas diferentes). Todos 是 tos com puestos pudieron ser examinados contra objetivos más 是 pecíficos hasta el pedido del cliente. http://www.lifechemicals.com/


卖方:生命化学物质-耦合激酶

发表者:生命化学3d捕鱼达人:15174

PI:Alexandr Kucherak

发布时间:2014年6月20日

La biblioteca de Kinase se preparó basándose en el acoplamiento virtual en un entorno Sybyl. Para 是 te propósito un conjunto de sitios de unión de 是 tructuras de kinasa (alrededor de 20) fueron alineados y analizados. Esos sitios superpuestos se utilizaron para la modelización farmacológica basada en 是 tructuras mediante el módulo Unity de Sybyl-X. Después de toda la preparación se examinó toda 一种 reserva tridimensional contra 是 te modelo multifacético y al final se realizó 一种 clasificación de primer orden. http://www.lifechemicals.com/


卖方:生命化学物质-核受体

发表者:生命化学3d捕鱼达人:9896

PI:Alexandr Kucherak

发布时间:2014年6月20日

Químicos para la vida. Acoplamiento virtual y búsqueda de similitudes/farmacéuticas. http://www.lifechemicals.com/


卖方:生命中的化学物质-CNS库

发表者:生命化学3d捕鱼达人:16535

PI:Alexandr Kucherak

发布时间:2014年6月20日

Los filtros del SNC que se describen en la literatura se usaron com o un tamiz para todo nuestro stock. Como se demostró, los únicos com puestos con tales parámetros pueden tener características apropiadas para la permeabilidad del tejido nervioso. Todos los descriptores se obtuvieron de las hojas de cálculo y los módulos de Volsurf de Sybyl. (MW 200 = 350 cLogP =< 3.6 Aceptadores de H-Bond =< 8 Donantes de H-Bond =< 5 tPSA =< 120 Bonos Rotatorios =< 5 LogBB1 = -3.0 a 1.0) http://www.lifechemicals.com/


卖方:生命用化学物质-天然产物图书馆

发表者:生命化学3d捕鱼达人:7808

PI:Alexandr Kucherak

发布时间:2014年6月20日

El primer método se basó en el análisis 是 tadístico de los descriptores. Anteriormente se analizó 一种 gran base de datos de PN para 是 tudiar los andamios de PN ordenándolos en forma de árbol. Así pues, el análisis de la distribución de las propiedades de más de 130.000 是 tructuras de PN, así com o la identificación de las subestructuras típicas de determinadas clases de com puestos naturales, se llevaron a cabo para generar un conjunto de fragmentos que suelen 是 tar presentes en los com puestos naturales. Este método se probó en el Diccionario de Productos Naturales (DNP) del CRC y en las moléculas sintéticas (SM). Otro método se basa en la evaluación de la similitud del andamiaje. El número de firmas de átomos (de fragmentos) generados para 一种 molécula 是 igual al número de átomos que com ponen la molécula. Cada firma de átomo representa independientemente un rasgo/fragmento 是 tructural de la molécula, y se calcula 一种 puntuación individual para ella. mayor número de átomos al obtener 一种 mayor puntuación. Para reproducir tal experimento usamos un módulo implementado en el Kit de Desarrollo Químico de CDK-Taverna 2.0. Contiene un anotador de semejanza de NP v1.4.1 que calcula la semejanza de los productos naturales (NP) de 一种 molécula, 是 decir, la semejanza de la molécula con el 是 pacio de la 是 tructura cubierto por los productos naturales conocidos. Todos los resultados se puntuaron y oscilaron entre -3 y +3. http://www.lifechemicals.com/


卖方:生命的化学物质-探索宝藏

发表者:生命化学3d捕鱼达人:371998

PI:Alexandr Kucherak

发布时间:2014年6月20日

Pequeñas moléculas cuidadosamente diseñadas, novedosas, parecidas a las drogas, con la regla Lipinski de 5 y la única razón para desviarse del conjunto de 是 tos parámetros 是 un andamiaje único o 一种 química no 是 tándar. Está listo para la aplicación de filtros de química medicinal com o el PAIN o cualquier filtro enfocado a un objetivo (solubilidad, permeabilidad, BBB). http://www.lifechemicals.com/


卖方:生命化学品-具有保证溶解度的碎片

发表者:生命化学3d捕鱼达人:8241

PI:Alexandr Kucherak

发布时间:2014年6月20日

Los com puestos de los fragmentos se seleccionaron mediante el filtrado de todo el material de LC con la "Regla de tres" modificada. Los fragmentos han sido probados para su solubilidad en el laboratorio analítico. La solubilidad 是 tá garantizada a 一种 concentración de 200mM en DMSO, y el 75% de los fragmentos son solubles en tampón de pH 7,5 a 一种 concentración de 1mM. http://www.lifechemicals.com/


TB:根据文献,小鼠在体内的功效

发表者:TB2体内数据3d捕鱼达人:778

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins),博士

发表于:10/4/2014

展望未来:预测小3d捕鱼达人抗结核分枝杆菌的体内功效。在疾病的动物模型中将疾病线索的选择和体外翻译成具有体内活性的3d捕鱼达人是一项挑战,需要大量的时间和金钱。我们演示了使用包含773种化合物的机器学习分类模型(贝叶斯,支持向量机和递归分区)来学习体内活性和非活性化合物。贝叶斯模型预测该模型中未包含的11种其他体内活性物质中的8种作为外部测试集。因此,保存70年的Mtb数据可以提供统计上可靠的计算模型,以将资源集中在活跃的体内小3d捕鱼达人抗结核病上。这突显了用于其他疾病体内测试的经济有效的预测因子。 PMID:24665947


TB:TB Mobile 2的数据

发表者:TB Mobile 2.0更新3d捕鱼达人:79

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins)

发表:3/19/2014

从最新文档中选择了79种化合物,其中TB具有一个或多个目标,已添加到TB Mobile的应用程序版本2。另外的20个3d捕鱼达人用作测试集。提出了文件。


寄生虫:曼氏血吸虫MMV疟疾盒试验

发言者:CDIPD保险柜3d捕鱼达人:400

发布时间:2013年6月11日

Análisis de todo el organismo de Schistosoma mansoni somules (larvas posinfecciosas) y de adultos con los 400 com puestos que com ponen la Caja del Paludismo MMV (http://www.mmv.org/malariabox). Sólo se probaron contra los adultos los com puestos "similares a las drogas" de la Caja de la Malaria que producen los fenotipos más severos frente a los somules. Los datos también se suben a ChEMBL. Contacte con Conor Caffrey, Centro para el Descubrimiento e Innovación en Enfermedades Parasitarias (www.cdipd.org/), UCSF ([电子邮件 protected] )。


激酶:催化激酶活性(Theonie Anastassiadis出版于《自然生物技术》)

发表者:激酶催化活性3d捕鱼达人:178

PI:Theonie Anastassiadis

发布时间:2013年8月30日

催化激酶活性

Nature Biotechnology 2011年10月30日; 29(11):1039-1045。测试的文库包含178种已知抑制蛋白激酶所有主要亚家族激酶的化合物为了简单起见,所有化合物在10 µM ATP存在下的浓度为0.5 µM 。即使已报道这些化合物的平均IC50接近其主要目标66 nM,也选择了0.5 µM的浓度,以捕获较弱的脱靶抑制活性。每对激酶抑制剂对进行一式两份测试,结果表示为以溶剂控制反应的百分比表示的平均底物磷酸化(以下称为“剩余激酶活性”)。给出了每对激酶抑制剂的平均剩余激酶活性。激酶活性数据表示为测试样品中与媒介物反应(二甲亚砜)相比剩余的激酶活性的百分比。


结核病:以目标更新药物和线索

发表者:结核病:靶向药物和线索-更新3d捕鱼达人:38

发布时间:2013年6月14日

TB的最新文献中发布的具有已知目标的化合物也可用作TB移动应用程序的更新

KINASE:GSK(PKIS)发布的一组激酶抑制剂

发表者:Kinome23d捕鱼达人:364

发布时间:2013年6月6日

GSK已发布的激酶抑制剂库(PKIS)是367种蛋白激酶抑制剂的库,其注释有蛋白激酶家族活性,可用于公共筛查活动。有关检测套件的详细信息,请参见下面的链接。 ChEMBL数据库一直是该库中生物测定数据的参考站点。本着改善对重要数据的访问的精神,我们收集了ChEMBL足以提供的PKIS数据,并对其进行了处理,以便可以在协作药物发现(CDD)站点上进行访问。 )(非常类似于我们之前对Kinase SARfari数据库所做的操作)。

转移到CDD可以使数据以更“医学化学”的方式可用。我们还清理了数据集。例如,实际上只有364种化合物(某些重复是由于盐的形式或同一3d捕鱼达人的替代名称)。我们还尝试在可能的情况下标准化目标的名称(例如,对于UNC数据集,IKKA,IKKB和IKKE激酶分别命名为IKK-alpha,IKK-beta,IKK-epsilon)。并不是说我们是完美的……我们也感谢对我们的数据集的任何更正!

总而言之,已经针对225个目标(0.1和1 uM)测试了364种化合物。在此数据集中,只有一个协议,但是所有225个目标都在一次读取中列出。浓度也是一个读数,因此很容易将搜索限制在运行1和/或0.1uM的屏幕上。

链接:

1)有关GSK PKIS的更多信息

http://www.maggichurchouseevents.co.uk/bmcs/Downloads/CBDD%20-%20Zuercher%20Bill.pdf

http://www.chordomafoundation.org/wp-content/uploads/2013/04/2013-Flanagan-Drewry.pdf

http://chembl.blogspot.co.uk/2013/05/pkis-data-in-chembl.html

2)CDD中以前的ChEMBL激酶数据

//www.aslsw.com.cn/buzz/2013/04/04/kinome-sar-for-collaborative-drug-discoverers/

激酶:ChEMBL激酶SARfari化合物和生物测定数据


发表者:CDD保险库的3d捕鱼达人:54211

PI:CDD

发表:3/27/2013

ChEMBL上可利用的宝贵资源是Kinase SARfari,“一种专注于激酶的整合化学基因组学工作台”。该系统整合并链接了序列,结构,化合物和激酶检测数据。“该数据库是非常有用的资源,可为活性激酶化合物提供大量的SAR数据。针对各种测定中的多种激酶,其中许多是手工绘制并从文献中治愈的为了使这些数据在CDD界面中可用,我们采用了中央SARfari激酶表并将其与另一个表合并ChEMBL数据库的关键,它提供了一个字段,用于描述每条记录中使用的检测方法,而该字段比本地SARfari中的描述要详细得多。我们现在可以通过CDD界面使用此合并的数据集。详细的体外激酶可用于400。此外,体内功能数据以及ADMET数据也已公开。


TB:ARRA

发布者:ARRA TB3d捕鱼达人:1924

PI:鲍勃·雷诺兹

发表于:3/15/2013

来自SRI(Bob Reynolds)和Scott Franzblau小组的数据-Ekins等人提供的文件。

先前MRI测试的结果用于在供应商库中搜索相似的化合物,合并并在一系列公认的新药发现筛选试验板上进行体外测试。这些化合物还用作先前生成的贝叶斯模型的测试套件,该模型使用生物活性和细胞毒性信息构建。


TB:GSK

发表者:TB GSK3d捕鱼达人:177

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins),博士

发布时间:2013年8月2日

Ballell等人在ChemMedChem 2013年出版的文章“ Fueling开源药物发现:177条小3d捕鱼达人抗结核药物”中对该文章的补充数据。

Los conjuntos de datos originales 是 tán alojados en //www.ebi.ac.uk/chemblntd. Aquí sólo se muestran los datos de M.tb, pero hay más datos de BCG disponibles en ChEMBL.


TRYPANOSOME:查加斯病文献中的化合物

发表者:查加斯公共数据3d捕鱼达人:531

发表于:12/21/2012

已发表的文献中已针对体外或体内针对克鲁氏锥虫测试的531个3d捕鱼达人的复合结构和书目参考文献进行了固化。


TRYPANOSOME:针对人类非洲锥虫病(HAT)的特定化学系列的优化

发表者:查加斯公共数据3d捕鱼达人:5559

发表于:12/12/2012

SCYNEXIS Inc, com o miembro del Consorcio de Optimización de Plomo de DNDi HAT desarrolló y analizó 4926 com puestos para la actividad contra T. brucei. Se incluyen las 是 tructuras de los com puestos y los datos de actividad in vitro contra T. brucei brucei. Datos de citotoxicidad y actividad contra los parásitos eucarióticos relacionados T. brucei rhodesiense, L. donavani, y P. falciparum para un subconjunto de 34 com puestos. Todas las series de com puestos com unicadas ya no se 是 tán desarrollando para la HAT, ya que se descubrió que tenían 一种 selectividad deficiente o propiedades incompatibles con la actividad in vivo. http://www.dndi.org/diseases-projects/open-innovation/1011-hat-001


TRYPANOSOME:芬那莫尔系列的DNDi优化治疗南美锥虫病

发表者:查加斯公共数据3d捕鱼达人:743

发表于:9/12/2012

El Consorcio de Optimización de Plomo de DNDi, que incluye a Epichem, la Universidad de Murdoch y CDCO, desarrolló y analizó 一种 serie de SAR basada en el fungicida vegetal fenarimol. DNDi hizo públicas las 是 tructuras de los com puestos, los datos de actividad de T. cruzi y los datos de toxicidad de las células L-6 para 743 com puestos de 是 ta serie en ChEMBL-NTD. Los com puestos y los datos de ensayos biológicos 是 tán incluidos aquí en CDD Public. http://www.dndi.org/diseases-projects/open-innovation/1012-chagas-001


TRYPANOSOME:广泛的主要HTS,以鉴定T. Cruzi复制的抑制剂

发表者:查加斯公共数据3d捕鱼达人:303230

发表:6/12/2012

El Instituto Broad realizó un análisis de alto rendimiento de 303.224 com puestos por duplicado en la cepa recombinante Tulahuen de Trypanosoma cruzi que expresa 是 tablemente la beta-galactosidasa reportera co-cultivada con la célula huésped, el fibroblasto de ratón NIH3T3. De los 4.394 aciertos, 4.063 fueron evaluados más a fondo para la actividad inhibitoria y la toxicidad de la célula huésped. Por último, se seleccionaron 27 com puestos com o posibles com puestos de sonda y se validaron más a fondo. Los datos de la pantalla primaria y de los posteriores ensayos secundarios se depositaron en PubChem. Los datos de los com puestos químicos y los ensayos biológicos de la pantalla primaria y los seis ensayos secundarios de PubChem se incluyen aquí en CDD Public. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21634083


TB:Guzmán和其他人,M.tb。 MurE连接酶抑制剂

发表者:CDD-肖恩·埃金斯3d捕鱼达人:8

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins)

发表:6/12/2012

来自以下结核病出版物的全细胞筛查数据和目标:古兹曼JD,古普塔A,伊万杰洛普洛斯D,巴萨瓦那查里亚C,巴蓬LC,EA广场,穆尼奥斯·DR,德尔加多WA,库卡LE,里蓬W,吉本斯S,巴克塔S.J抗菌剂。 2010年10月; 65(10):2101-7。哥伦比亚植物天然产物的抗结核试验:3-甲氧基降钙素,一种结核分枝杆菌MurE连接酶的抑制剂。


卖方:NIH 2阵列临床样本(281个3d捕鱼达人)

发表者:NIH Clinical Collections3d捕鱼达人:281

PI:项目经理:Mei Steele

发表于:11/21/2012

NIH Clinical Collection 2是由281个小3d捕鱼达人组成的银阵列,这些小3d捕鱼达人在人类临床试验中已有使用史。该馆藏是由美国国立卫生研究院(NIH)通过3d捕鱼达人图书馆路线图倡议组织的,作为其使命的一部分,以使化合物展示能够在生物医学研究中使用。


卖方:NIH Clinical Collection(446个3d捕鱼达人)

发表者:NIH Clinical Collections3d捕鱼达人:446

PI:项目经理:Mei Steele

发表于:11/21/2012

NIH Clinical Collection是446个在人类临床试验中有使用历史的小3d捕鱼达人的集合。该馆藏是由美国国立卫生研究院(NIH)通过3d捕鱼达人图书馆路线图倡议组织的,作为其使命的一部分,以使化合物展示能够在生物医学研究中使用。


TB:具有目标的毒品和线索-移动应用中使用的数据

发布者:SRI3d捕鱼达人和移动应用3d捕鱼达人的目标:707

发表于:10/23/2012

为体内必需的结核病目标策划了更新的数据

来自TBDB,Biocyc,Metacyc,PDB和Pubmed的信息以及

斯坦福研究所的Malabika Sarker的其他参考。

约翰·霍普金斯大学的Gyanu Lamichhane提供了必要性

information.ref.http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22477069

Explora 是 te conjunto de datos en el móvil: //itunes.apple.com/app/tb-mobile/id567461644


TOX:药物和化学药品按其肝毒性分类

发布者:CDD保险库的3d捕鱼达人:83072

PI:CDD

发表于:7/16/2012

辉瑞(Hu 2008)先前使用基于临床数据的肝毒性分类方案汇编了一系列药物和化学药品,以评估体外人肝细胞成像测定(HIAT)技术,结果与临床肝毒性的一致性为75%。使用贝叶斯模型,将导致或不引起药物诱发的肝损伤(DILI)的相同数据集与3d捕鱼达人描述符一起用于计算机预测中的计算机模拟。


TB:具有针对TB的全细胞活性的SRI3d捕鱼达人

发表者:SRI Group Vault3d捕鱼达人:23

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins),博士

发表:4/24/2012

3d捕鱼达人在Pharm Res.2012年4月4日评估。 PMID:22477069

化学信息学方法与途径分析相结合,以鉴定具有针对分枝杆菌结核的全细胞活性的3d捕鱼达人。

Sarker M,Talcott C,Madrid P,Chopra S,Buinin BA,Lamichhane G,Freundlich JS,Ekins S.


疟疾:MMV疟疾框

发表者:公众:疟疾框3d捕鱼达人:400

发表:3/29/2012

Moléculas de MMV Malaria Box, ChEMBL-NTD (//www.ebi.ac.uk/chemblntd) : MMV Malaria Box, Simon Macdonald, Paul Willis, Paul Kowalczyk, Thomas Spangenberg, Jeremy Burrows y Tim Wells. Medicines for Malaria Venture (MMV), PO Box 1826, 20, rte de Pré-Bois, 1215 Ginebra 15, Suiza y SCYNEXIS Inc. P.O. Box 12878 Research Triangle Park, Carolina del Norte 27709-2878 EE.UU.

疟疾箱中的所有化合物均经过体外抗3D7(对氯喹(CQ)敏感但对磺胺多辛具有抗药性的恶性疟原虫菌株)的测试,并在人类胚胎肾细胞系中进行了细胞毒性试验(HEK-293 )。数据以恶性肿瘤数据的nM EC50表示。


ADME:ADMEdata.com-ADME的高质量商业数据存储库

发布者:G2 Research ADMEdata.com3d捕鱼达人:1760

PI:乔治·格拉斯

发表于:1/13/2012

例如:Caco-2渗透性,在5pH值下的平衡溶解度,人蛋白结合,大鼠蛋白结合,兔肠道通透性,人血浆分裂和血细胞比容。有关完整的数据集和模型,请直接联系Pharm.D的George Glass。博士在 [电子邮件 protected] (通过CDD分发)


卖方:Porse Building Block集合

发表者:CDD保险库的3d捕鱼达人:29241

PI:CDD

发表于:1/13/2012

Porse File Chemical Co.致力于合成用于药物发现的定制新型化合物,提供具有竞争力的价格和高质量的多种产品。当前组是吗啉,哌啶,哌嗪,嘧啶,氨基酸和API系列中1,554种新的不同化合物和结构单元的选定子集。 www.porsefinechemical.com, [电子邮件 protected] + 86-20-28069055


曼氏血吸虫血吸虫病:微量来源和杀手集合的光谱

作者:Brian Suzuki的Sandbox3d捕鱼达人:119

发表于:5/10/2011


曼氏血吸虫血吸虫:微源和杀手集合的表型显示。

PI:Conor R. Caffrey

发表于:5/10/2011

CDD :公开数据119次访问

作为在UCSF的桑德勒药物发现中心发现新的抗寄生虫药物的药物重新定位策略的一部分,我们开发了一种用于引起疾病的流感的部分自动化全生物(表型)测试。热带传染病,血吸虫病。我们已经分析了上述集合中的1,260种化合物,其中包括药物,类药物化合物,天然产物和其他化合物。我们报告使用简单的描述符来表达曼氏血吸虫幼虫(血吸虫)阶段的表型改变,以传达寄生虫对复合物侵害的多重和动态响应。表型反应的全面量化正在进行中。给出的数据仅涉及“受攻击的”化合物;可以从Microsource Discovery Systems Inc.获得相应集合中化合物的完整列表。 [电子邮件 protected] 更多细节。血吸虫病药物发现:通过中等通量表型筛选在已知药物库中鉴定出成功和领先的化合物。阿卜杜拉MH,鲁埃拉斯DS,沃尔夫B,Snedecor J,林KC,徐F,伦斯洛AR,威廉姆斯J,麦考罗JH,卡弗里CR。 PLoS Negl Trop Dis。 2009年7月14日; 3(7):e478.PMID:1955971


TB:SRI激酶库表型筛选

发布者:CDD保险库中的3d捕鱼达人:23823

PI:CDD

发表于:8/29/2011

激酶靶点已被广泛应用于多种疾病中

癌症,包括免疫和代谢以及病毒,寄生虫,

...真菌和细菌。特别是最近

对分枝杆菌中激酶和ATP结合靶标的兴趣

结核病,以确定抑制剂和可能的药物

当前药物方案未靶向的必需蛋白。

在这种情况下,我们报告了一个项目的高性能测试结果

基于当前激酶抑制剂支架和已知激酶结合位点设计的大约26,000种化合物的文库该文件中提供的表型数据可作为基础,用于选择支架/化合物以进一步针对结核分枝杆菌中的特定激酶或其他ATP结合靶标进行酶促筛选,基于对所有细菌的体外表观活性。 21708485

结核病(爱丁堡)。 2011年6月25日。[Epub提前发行]

版权所有©2011 ElsevierLtd。保留所有权利。

有关更多详细信息,请联系Melinda Sosa: [电子邮件 protected]

高通量筛选基于激酶抑制剂的文库

抗结核分枝杆菌H37Rv的支架。

雷诺(Reynolds)RC,安南斯坦(Ananthan S),法莱奥莱(Ea Faaleolea E),霍布拉斯(Hobrath)合资,K CD,马多克斯(Maddox)C,拉斯穆森(Rasmussen)L,索萨(Sosa)密西西比(Thammasuvimol E),白EL,张W,塞克莉斯(Secrist)JA第三名。

资料来源:南方研究所,第九大道南2000号,

伯明翰,美国35205


FDA批准:NCGC药品收藏(NPC)V1.1.0

发布者:NCGC NPC Pharmaceutical Collection V1.1.03d捕鱼达人:14579

PI:Noel Southall

发表于:8/8/2011

NCGC药品收藏:有关经过临床批准的药物的全面资源,这些药物可实现重新编程和化学基因组学。 Huang,R.,Southall,N.,Wang,Y.,Yasgar,A.,Shinn,P.,Jadhav,A.,Nguyen,D.,Austin,C.Sci Transl Med 2011年4月27日:第3,第80期,p。 80ps16。

http://stm.sciencemag.org/content/3/80/80ps16.abstract


卖方:带有价格信息的BioBlocks目录

发表者:BioBlocks3d捕鱼达人:2971

PI:道格·墨菲

发表于:3/8/2011

2989种化合物。

BioBlocks提供了集中收集的2200多个预先被鉴定为药物成分的支架,构件和片段。这些化合物大多数是由BioBlocks独特提供的,并已发现其应用范围从药物开发的中间体到肽化学中的氨基酸替代物。

有关BioBlocks构建块的更新详细信息,请访问www.bioblocks.com。


TOX:药物引起的肝损伤数据(DILI)

发表者:BBB3d捕鱼达人:519

发表:4/29/2011

药物性肝损伤数据。该培训工具包是Jim Jim Xu的实验,该测试工具包代表了来自文献的数据。

发表于《药物代谢处​​置》。 2010年12月; 38(12):2302-8。 Epub 2010年9月15日。基于贝叶斯配体的人类药物性肝损伤预测模型。

埃金斯S,威廉姆斯AJ,徐继杰。

TB:体内必需基因靶向数据库


发表者:SRI结核目标数据库3d捕鱼达人:314

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins)

发表:4/21/2011

针对结核病靶标的数据具有来自TBDB,Biocyc,Metacyc,PDB和Pubmed的体内必需性信息,以及斯坦福研究所的Malabika Sarker博士汇编的其他参考资料。约翰·霍普金斯大学的Gyanu Lamichhane博士因提供基本信息而受到认可。

**请注意,没有与该数据集相关的小3d捕鱼达人**


供应商:Enamine代表的多元化选择库

发表者:烯胺3d捕鱼达人:200,000

PI:Dmytro Mykytenko

发表于:12/4/2011

最初生成了20万种不同测试的库,尤其是用于药物合作

来自世界上最大的商业检测化合物库中发现的用户

(超过170万个物种)。库具有独特的类药物化合物和精制的ADME

属性。我们可以选择高质量的化合物并立即提供给您

不同的格式。


FDA批准重新定位:使用HTS方法重新定位的药物

发表者:体外重用3d捕鱼达人:109

发表于:3/18/2011

使用HTS方法鉴定出新用途的药物。该表大大扩展了以前发布的版本“ Ekins S,Williams AJ,Krasowski MD,Freundlich JS。对已批准的罕见和被忽视疾病的药物进行计算机重新定位的方法Drug Discov Today。2011 Mar 1. PMID:21376136 doi:10.1016 / j .drudis.2011.02.016该表列出了3d捕鱼达人,旧的/目标用途,新的/目标用途,如何发现和引用。

缩写:CCR5,趋化因子受体5; DHFR,二氢叶酸还原酶; DOA,滥用药物,FDA,食品和药物管理局; GLT1,谷氨酸转运蛋白1; HSP-90,热激蛋白90; HSP-90。 JHCCL,约翰·霍普金斯大学临床化合物图书馆; Mtb,结核分枝杆菌; NK-1,神经激肽受体1; OCTN2。


FDA批准重新分配:孤儿指定产品

发表者:复发性罕见疾病3d捕鱼达人:76

发表于:3/18/2011

Tabla 2 de la FDA - del recurso de la FDA, la base de datos de investigación de enfermedades raras (RDRD), que enumera los productos designados com o huérfanos (http://www.fda.gov/ForIndustry/DevelopingProductsforRareDiseasesConditions/HowtoapplyforOrphanProductDesignation/ucm216147.htm) con al menos 一种 aprobación de com ercialización para 一种 indicación de enfermedad rara. Estos datos fueron analizados por Ekins y Williams (documento presentado).


FDA批准重新分配:孤儿指定产品

发表者:复发性罕见疾病3d捕鱼达人:105

发表于:3/18/2011

Tabla 1 de la FDA - del recurso de la FDA, la base de datos de investigación de enfermedades raras (RDRD), que enumera los productos designados com o huérfanos (http://www.fda.gov/ForIndustry/DevelopingProductsforRareDiseasesConditions/HowtoapplyforOrphanProductDesignation/ucm216147.htm) con al menos 一种 aprobación de com ercialización para 一种 indicación de enfermedad com ún.

FDA没有将数据与3d捕鱼达人结构相关联。


卖方:科罗拉多州药物发现中心试验图书馆

发表者:C2D2公共3d捕鱼达人:2240

PI:Greg Miknis,副总监

发表于:7/3/2011

该文库包含符合药物标准的结构多样的小3d捕鱼达人。代表了各种化学型,并且该文库旨在适用于多种潜在靶标。

要请求有关收藏的信息,请发送请求至 [电子邮件 protected]


LIPID:脂质图结构数据库

发表者:3d捕鱼达人脂质地图数据库:22215

PI:Lipidomia门户

发表于:11/2/2011

Las 是 tructuras de los mapas de lípidos (http://www.lipidmaps.org/) fueron anotadas con 5 iones com unes (H+,2H++, K+, Na+, NH4+) incluyendo los acilos grasos de los mamíferos, glicerolípidos, glicerofosfolípidos, 是 fingolípidos, lípidos 是 teroles y lípidos prenoles. Las 是 tructuras e iones se pueden buscar por 是 tructura y MW para facilitar la identificación de nuevos lípidos.


结核分枝杆菌

发表者:虚拟代谢物3d捕鱼达人:274

发表于:5/11/2010

由Kinnings等人在《公共科学图书馆·计算生物学》(Vol.6:e1000976)(2010)的出版物中提供的274种药物的数据集(已在美国和欧洲批准用于人类)

药物在PDB中与至少一种结构共结晶。该数据集可与CDD的其他TB筛查数据集一起使用,以确定这些批准的药物中的哪些具有抗Mtb活性(来自文献。

TB:文献中非复制型Mtb抑制剂


发表者:CDD-肖恩·埃金斯3d捕鱼达人:26

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins)

发表于:10/28/2010

已发布文件的结构和数据:

Darby和Nathan J抗菌化学2010:65:1424-1427

Bryk等人,《细胞宿主与微生物》,2008年:3:137-145

Lin等人,Arch Biochem Biophys。 2010 501:214-220

Lin et al。,J Biol Chem 2008:283:34423-34431

de Cavalho et al:J Med Chem 2009:52:5789-5792

林等人,《自然》 2009:461:621-626


卖方:Astatech,Inc.积木收藏

发布者:Astatech,Inc.3d捕鱼达人:6140

发表于:10/15/2010

AstaTech,Inc.提供最先进的技术和高级中介,以促进药物发现过程。我们的广泛选择包括结构单元,新胺,受保护的胺,非天然氨基酸,酮,醛,杂环,同位素酸酐,硼酸和手性中间体。联系方式 [电子邮件 protected] 获取订单信息。


卖方:Chemik Catalogue 2010

发言者:CDD避难所的3d捕鱼达人:3889

PI:CDD

发表于:5/10/2010

Chemik成功地帮助了惠氏(Wyeth)等药物发现公司的早期项目。我们为他们提供从克到数吨的原材料和关键中间产品。凭借在该领域10年的经验,我们可以帮助客户在4到6周内以具有竞争力的价格,优质的产品和持续的服务来开发新的经纪人。


疟疾:菲和蒽的氨基醇

发言者:CDD避难所的3d捕鱼达人:35

PI:CDD

发表于:9/21/2010

小鼠中针对伯氏疟原虫的抗疟数据,涉及卤素取代的蒽和N-二菲和单烷基取代的氨基醇盐酸盐。二十七种化合物显示出活性(增加了平均存活时间>6天);八个化合物可治愈(IMST>60天)。该表包含有关详细信息和综合的PubMed ID。


TB:BCG / MTB活动

发表者:诺华公司:TB数据3d捕鱼达人:283

PI:Srinivasa Rao

发表于:9/15/2010

有氧BCG活性(MIC50)-274种化合物

有氧山地车活动性(MIC50)-283种化合物

BCG ATP(IC50)的厌氧活性-283种化合物

MTB ATP无氧活性(IC50)-283种化合物

细胞毒性(CC50)-223个复合关键词:结核分枝杆菌,牛分枝杆菌,TB


JHU JHCCL对恶性疟原虫的抑制作用

发行人:约翰·霍普金斯-沙利文(2008)3d捕鱼达人:2693

发表于:4/6/2010

10 microM下2663种批准药物的抑制百分比

TB,疟疾:GSK对疟疾的贝叶斯预测


发布者:GSK数据贝叶斯模型(Ekins等)3d捕鱼达人:13355

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins)

发表:5/28/2010

使用贝叶斯模型(由Ekins等人,Mol BioSyst 6:840-851(2010))预测GSK疟疾影响(由Gamo等人,Nature 465:305-310(2010)发布)。

活动削减(22万个型号>0,31, 2.200 modelo >-1.37在整个单元格屏幕上被分类为“活动”。

裘德儿童研究医院全细胞疟疾数据集


发表者:圣裘德-生物活性疟疾/锥虫3d捕鱼达人:1524

PI:Kip Guy

发表于:5/26/2010

由St. Jude CRH(Guiguemde,W等人,恶性疟原虫的化学遗传学,自然465,311-315(2010年5月20日))发表的《自然》杂志的补充数据,其中包括在一个屏幕上测试的1524个结构主要数据,另外还有八种方案的数据:Bland-Altman分析,计算的ADMET属性,系统化学筛选,敏感性,协同作用和酶分析以及热融合分析。


疟疾:诺华GNF-Pf数据集

发表者:诺华疟疾3d捕鱼达人:5695

发表于:5/21/2010

在基于红细胞的感染检测中测试了源自MR4的恶性疟原虫菌株3d7(对药物敏感)和W2(对氯喹,奎宁,乙胺嘧啶,环鸟嘌呤和磺胺多辛耐药)确定其抑制某些化合物增殖的敏感性。


卖家:ASINEX新型抗疟疾筛查仪

发表者:ASINEX3d捕鱼达人:1

PI:Mark Parisi

发表于:5/20/2010

机密数据集:来自ASINEX的594种新化合物。请参阅说明ASINEX设计的附件。

访问:新的CDD用户-您的注册将在批准访问数据集之前经过批准过程。现有的DDC用户-请联系 [电子邮件 protected]


卖家:ASINEX Tres Cantos(GSK)抗疟亚种

发表者:ASINEX3d捕鱼达人:278

PI:Mark Parisi

发表于:5/20/2010

来自ASINEX的278份抗疟疾数据与来自GSK的数据一致。

立即提供的屏幕相应的数据集是ASINEX的属性和更多信息,请联系Mark Parisi:电子邮件: [电子邮件 protected]

电话:1-877-ASINEX1

传真:1-336-721-1618


疟疾:特雷斯·坎托斯抗疟综合症(TCAMS)

发表者:GSK反疟疾数据3d捕鱼达人:13471

PI:哈维尔·加莫

发表于:5/19/2010

在葛兰素史克(GlaxoSmithKline)的测试库中筛选了大约200万种化合物,确定了人类红细胞中超过13,500种恶性疟原虫增殖抑制剂。这项工作是在28760 Tres Cantos的Severa Ochoa 2的GlaxoSmithKline的Tres Cantos医学发展校区进行的。

TB:Sacchettini等的评论。到了。 -其他抗结核药

发表者:Molecules PK:18

发表于:5/2/2010

Sacchettini J.C.,Rubin E.J.的未经批准的图1抗结核药。和Freundlich J.S.毒品与虫子:追求顽固的捕食者结核分枝杆菌,《自然评论微生物学》,第6卷,第41-52页,(2008年)。


TB:结核小3d捕鱼达人专利数据

发表者:结核专利数据3d捕鱼达人:20775

PI:协作药物发现

发表:2010年1月27日

美国专利商标局,欧洲专利局和世界知识产权组织提供的有关结核病研究的专利结构和信息。


TB:Makarov等人,NM4TB联盟

发表者:CDD-肖恩·埃金斯3d捕鱼达人:32

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins)

发表于:2010年1月1日

构建1,3-苯并噻嗪-4-酮(BTZ)的活性比数据。从Makarov等人于2009年在《科学》杂志上发表的文件“ NMKTB协会从PM4TB联盟(PMID:19299584)”获得的数据“通过联苯合成抑制联苯并噻嗪酮杀死结核分枝杆菌”。


卖方:TimTec多样性集

发表者:TimTec3d捕鱼达人:9998

PI:卖方

发表于:5/1/2010

10,000种类药物化合物筛选库...


卖方:TimTec OGT模拟抑制剂套装

发表者:TimTec3d捕鱼达人:334

PI:卖方

发表于:5/1/2010

O-GlcNAc转移酶抑制剂SET类似物


卖家:TimTec ActiTarg-K,激酶调节器

发表者:TimTec3d捕鱼达人:6212

PI:卖方

发表于:5/1/2010

ActiTarg-K可以对6,000多种化合物进行计数,这些化合物提供了具有高检测价值的药物样3d捕鱼达人库,可识别新型蛋白激酶抑制剂的合成方向。

卖方:源自TimTec的天然产品图书馆

发表者:TimTec3d捕鱼达人:3001

PI:卖方

发表于:5/1/2010

NDL-3000 TimTec的天然衍生物


卖家:TimTec天然产品图书馆

发表者:TimTec3d捕鱼达人:479

PI:卖方

发表于:5/1/2010

TimTec的NPL纯天然产品


卖方:投影库

发表者:AsisChem3d捕鱼达人:43121

发布时间:2009年10月26日

超过40,000种类似药物的小3d捕鱼达人化合物的集合可用于您的自定义选择。所有化合物的库存量最高为25mg。


卖方:积木

发表者:AsisChem3d捕鱼达人:176

发布时间:2009年10月26日

用于药物发现的有用化合物的集合。如果没有库存,则所有化合物都将在几周内上市,最大数量为10克。


TB:TAACF-NIAID库CB2

发言者:南方研究院的3d捕鱼达人:102634

PI:Robert Goldman

发布时间:2009年9月30日

筛选具有抑制结核分枝杆菌菌株H37Rv生长能力的商业化合物库(ChemBridge)的结果。参见PMID:19758845


TB:醚比率抑制剂(Willand等人)

发表者:CDD-肖恩·埃金斯3d捕鱼达人:5

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins)

发布时间:2009年9月28日

转录抑制因子EthR的药物样抑制剂。3d捕鱼达人和数据来自Willand et al Nature Medicine 15:537-544(2009)PMID:19412174


VENDOR,ADME:一组结构多样的商业药物的参考数据。

发表者:NM4TB:卡伦集团网站3d捕鱼达人:24

PI:安德斯·卡伦(Anders Karlen)

发表于:11/6/2009

在瑞典市场上对药物进行多变量分析,以此作为选择24种化合物的小物理化学差异基础的基础。在选择时,考虑了诸如结构多样性,商业可用性,价格和适当的定量分析技术等因素。对于汇编数据集,亲脂性,pKa,通过人Caco-2细胞单层的溶解度和通透性均经过测量。我们期望该数据集可以用作验证新实验技术或硅模型的参考集。它也可以用作开发新计算模型的各种初始数据集。

数据取自:

介绍用于关联和参考研究的可商购的结构多样的药物数据集。

SköldC,Winiwarter S,Wernevik J,BergströmF,EngströmL,Allen R,Box K,Comer J,Mole J,Hallberg A,LennernäsH,Lundstedt T,Ungell AL,KarlénA.

J Med Chem。2006 Nov 16; 49(23):6660-71。


TB:已发表文献的吸收数据

发表者:CDD:TB精选文学3d捕鱼达人:24

发布时间:2009年5月28日

参考文章中的结核病吸收数据

5'-O- [N-(水杨基)氨磺酰基]腺苷的2-三唑取代类似物对铁载体生物合成的抑制:对结核分枝杆菌有效的抗菌核苷。

Gupte,A .; Boshoff,我。威尔逊,D.J .; Neres,J .; Labello,N.P .; Somu,R.V .;邢C;巴里(C. E.); Aldrich,C. C.

J Med Chem(2008)第51卷,第23期,第7495-7507页渗透性数据。


TB:公开文献中的药代动力学数据

发表者:CDD:TB精选文学3d捕鱼达人:28

发布时间:2009年5月28日

结核病的药代动力学数据来自已发表的文献资料。 28种独特和常见化合物的SAR数据。

数据包括PubMed引文,目标,测试的细胞和生物,生物利用度,Vm,Vd,Cmax等。


TB:已发表文献的毒性数据

发表者:CDD:TB精选文学3d捕鱼达人:638

发布时间:2009年5月28日

TB毒性数据来自已发表的文献资料。 638种独特和常见PubMed参考化合物的SAR数据。

数据包括PubMed引文,靶标,测试的细胞和生物,细胞活力,LD50,CC50,MNTD等。


TB:功效数据来自已发表的文献

发表者:CDD:TB精选文学3d捕鱼达人:6768

发布时间:2009年5月28日

结核病功效的数据来自已发表的文献资料。来自300多个PubMed参考文献的独特6771以及常见化合物的SAR数据。

数据包括PubMed引文,靶标,测试的细胞和生物,MIC,抑制%,EC50-EC100,IC50等。


TB:MLSMR

发表者:南方研究所3d捕鱼达人:214507

PI:Robert Goldman

发布时间:2009年8月5日

3d捕鱼达人图书馆小3d捕鱼达人知识库(MLSMR)收集了200,000种化合物的多样化集合,于2008年春季提供给南方3d捕鱼达人图书馆研究中心,以进行针对Mtb的初步测试。 H37Rv。从该初步筛选中选择最具活性的化合物,并在针对H37Rv的剂量反应测定和Vero细胞细胞毒性筛选中以10种浓度进行测试。


疟疾:约翰霍普金斯大学临床化合物图书馆

出版者:约翰·霍普金斯-沙利文(2008)3d捕鱼达人:1878

发布时间:2009年4月28日

测试药物的浓度为10 µM。在含10%人血清的RPMI 1640培养基中培养对氯喹敏感的3D7或耐多药的Dd2同步环相寄生虫,并在存在药物和[3H的条件下]孵育48或96 h ]-次黄嘌呤。每孔含0.2%寄生虫和2-4%血细胞比容的0.2 mL培养材料的96孔板在48 h时的放射性掺入信号约为10,000 cpm,在96 h时为20,000 cpm。背景计数少于500 cpm。检测实验一式两份进行,抑制百分比报告为两次实验的平均值。


TB:文献综述

发表者:结核病文献数据3d捕鱼达人:49

PI:Ballel等。

发布时间:2009年4月17日

在对结核分枝杆菌有活性的药物的调查中收集到的SAR SAR数据,包括具有已知和未知作用模式的药物(Ballel等人,“新型小3d捕鱼达人合成抗分枝杆菌药物”,涉及抗菌药物和化学疗法, 2005年6月)。使用TubercuList / TBDB /其他感兴趣的链接和改进的参考文献更新了4/17。


TB:Sacchettini等人,评论

发表者:CDD-肖恩·埃金斯3d捕鱼达人:14

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins)

发表:2009年2月18日

Sacchettini J.C.,Rubin E.J.的表1和2中的一线和二线抗结核药。和Freundlich J.S.毒品与虫子:追求顽固的捕食者结核分枝杆菌,《自然评论微生物学》,第6卷,第41-52页,(2008年)。


卖家:IUPUI-分布式药物发现(D3)公共数据

发布者:IUPUI-D3枚举73K N-AcylAA-OH,-OMe,-NH23d捕鱼达人:48818

PI:M. J. O'Donnell和W. L. Scott

发表:1/1/2009

酰化非天然氨基酸及其甲酯的虚拟开放获取目录。我们鼓励同事就分布式药物发现项目和合成方法的兴趣与我们联系,在《组合化学杂志》(印刷中)的三篇文章中对此进行了介绍。


卖方:ASINEX构建基块

发表者:ASINEX3d捕鱼达人:6745

PI:Mark Parisi

发布时间:2008年12月23日

诸如Building Blocks之类的药物,如果您正在考虑进行潜在客户优化计划,那么我们的Building Blocks可能正是您所需要的。


寄生虫:香气

发表者:CDD-肖恩·埃金斯3d捕鱼达人:228

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins)

发布时间:2008年12月21日

3d捕鱼达人名称和气味结构的数据来自Roman Kaiser于2006年由Wiley-VCH出版的《世界各地的有意义的香气》一书。3d捕鱼达人的数量与其在书中的编号有关。


TOX:toxcast

发表者:CDD-肖恩·埃金斯3d捕鱼达人:306

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins)

发表于:12/18/2008

La biblioteca de com puestos de la EPA toxcast (en su mayoría pesticidas) 是 tá disponible en http://www.epa.gov/ncct/dsstox/DataFiles.html

http://www.epa.gov/ncct/toxcast/


FDA批准的TOX:建议的最大每日剂量

发表者:CDD-肖恩·埃金斯3d捕鱼达人:1215年

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins)

发表于:10/12/2008

FDA数据库包含针对1,200多种药品的最大建议每日剂量值。该数据集代表在以下出版物Matthews,E.J.等人,Current Drug Discovery Technologies,1(1):61-76中使用的一些3d捕鱼达人。 (2004年)


卖方:阿育吠陀传统与当前的健康需求

发布者:Falguni Dasgupta:个人数据编译3d捕鱼达人:37

PI:Falguni Dasgupta

发布时间:2008年10月30日

根据现代观点,对印度药用植物及其提取物的传统用途进行了研究,目的是根据以下观点寻找共同点,重新评估主张并在医疗保健领域创造机会监管要求,以及寻找新药的“线索”。


寄生虫:Sandler-UCSF半胱氨酸蛋白酶抑制剂库

发布者:McKerrow Group3d捕鱼达人:1860

PI:Jim McKerrow

发布时间:2008年10月23日

克氏锥虫和布氏锥虫寄生虫和特定酶的体外分析。


FDA批准:批准药品

发布者:约翰霍普金斯大学临床化合物图书馆3d捕鱼达人:2815

PI:David Sullivan

发布时间:2008年10月16日

FDA批准了具有明确3d捕鱼达人结构的药物,包括Physicians'Desk参考文献中的763个3d捕鱼达人,DrugBank中的780个3d捕鱼达人,2007年橙皮书中的1151个3d捕鱼达人和Chris Lipinski博士的FDA名单中的1007个3d捕鱼达人。


卖方:库集中于ASINEX GPCR

发表者:ASINEX3d捕鱼达人:3502

PI:Mark Parisi

发布时间:2008年2月10日

CDD 社区以优惠的价格提供了一系列高质量的药物,例如GPCR。该库结合了我们在药物化学方面的专业知识以及我们识别文献中特权片段并将其以前所未有的方式整合在一起的能力。


GPCR:PDSP Ki数据库

作者:PDSP Ki3d捕鱼达人数据库:20026

PI:布莱恩·罗斯(Bryan Roth)

发布时间:2008年9月16日

来自NIMH的精神药物检测程序(PDSP)数据库的699个GPCR目标超过47,000 Ki值


卖方:ASINEX Synergy库

发表者:ASINEX3d捕鱼达人:25008

PI:Mark Parisi

发布时间:2008年4月26日

ASINEX开发了一个新的高多样性文库,其中包含诸如药效团之类的药物片段。库的设计基于两种形式的Synergy。第一个是多种技术和面向目标的技术之间的相互关系,第二个涉及关键的多步(6-9个步骤)中介的融合,以创建复杂的化合物。有关详细信息,请参见下面的PDF。


TOX:具有已知毒性概况的公共数据的结构

发布者:具有已知毒性特征的3d捕鱼达人的结构:135

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins),博士

发布时间:2008年3月28日

已知化合物的组织特异性毒性特征与参考文献


滥交抑制剂:Shoichet发表了混杂抑制剂

发布者:Shoichet发表了混杂抑制3d捕鱼达人:111

PI:Brian Shoichet

发布时间:2008年3月26日

通过水溶液中有机3d捕鱼达人的自缔合产生“假阳性”的聚集体


TOX:加州大学戴维斯分校-吊床公共数据

发表者:加州大学戴维斯分校-吊床3d捕鱼达人:714

PI:布鲁斯·汉莫克

发布时间:2008年3月17日

可溶性环氧水解酶(sEH)的抑制剂-这些酶具有3个主要功能:解毒,分解代谢和调节信号3d捕鱼达人。


疟疾,TRYPANOSOME:圣裘德公共数据

发表者:圣裘德-生物活性疟疾/锥虫3d捕鱼达人:2426

PI:Kip Guy

发表:3/5/2008

圣裘德儿童研究医院Kip Guy实验室的开放获取结果,包括针对生物活性疟疾和布鲁氏杆菌的HTS


疟疾:Drexel公共数据

发表者:德雷克塞尔大学3d捕鱼达人:195

PI:让-克洛德·布拉德利

发表:2/3/2008

双方之间正在进行的开放数据协作的结果

Drexel(Ugi-4CC产品)和UCSF(动物试验)。该数据集代表研究人员如何选择公开发布选定结果的示例。 (但是,默认情况下,所有组都是私有的)。


疟疾:美国陆军调查。

发表者:美国陆军疟疾文学研究3d捕鱼达人:12318

 

发布时间:2008年2月29日

广泛收集了抗疟疾动物的SAR数据,包括化学结构,生物活性数据,药理数据和毒性数据(最初由美国陆军于1946年以“疟疾药物”)


疟疾:PlasmoDB

发表者:UPenn-疟疾文献数据3d捕鱼达人:120

PI:David Roos

发布时间:2008年2月19日

疟疾抑制剂的PlasmoDB是根据文献汇编的,包括化学结构,PlasmoDB基因标识符,目标基因名称以及针对恶性疟原虫,间日疟原虫,伯氏疟原虫,约氏疟原虫,P。沙巴迪(P. Vinckei Petteri)


疟疾:天然产物(NPPDB)

出版者:国家天然产物3d捕鱼达人研究中心:426

PI:Babu Tekwani

发布时间:2008年2月15日

黄酮天然产物数据库,包括抗疟疾和细胞毒性数据(密西西比大学,国家天然产物研究中心)


TB:TAACF试验结果

发布者:结核病早期药物发现计划3d捕鱼达人:812

PI:Bernard Munos

发表于:12/2/2008

Alamar蓝全细胞测定中812种化合物对结核分枝杆菌(H37Rv)的公共文库的抗菌活性


FDA批准:孤儿药

发表者:已知药物3d捕鱼达人:1721

PI:Christopher Lipinski

发布时间:2007年10月26日

FDA批准的具有指定适应症,赞助商名称和化学结构的药物(如果有)