艾伦伯格·艾伦·伯格博士

2011年7月19日

 艾伦·伯格爆头

艾伦·伯格(Ellen Berg)博士– General Manager – 生物搜索 Inc.

埃伦·伯格(Ellen Berg)是BioSeek,Inc.的联合创始人,并担任其首席科学官。在2010年BioSeek和Asterand合并之后,她被任命为Bio Seek LLC总经理。Berg博士在炎症和免疫的病理生理机制方面拥有20多年的研究经验。她在复杂的基于细胞的生物测定方面的专业知识促成了公司的发展’s proprietary BioMAP® 使用原代人细胞系统进行靶标验证和药物表征的技术。在成立BioSeek,Inc.之前,Berg博士曾在Protein Design Labs,Inc.工作,参与发现和开发用于治疗炎症性疾病的治疗性抗体。 Berg博士拥有博士学位。她毕业于美国西北大学,并在斯坦福大学担任博士后,并获得了美国癌症协会,斯坦福癌症生物学计划和美国白血病协会的奖学金支持。 Berg博士在炎症生物学和细胞粘附领域拥有多项专利,并在同行评审期刊上发表了60多种出版物。

“我一直对从长椅到床的区域感兴趣。我们如何做得更好,找到可以安全地在人体内安全使用的新药。”

协作药物发现公司首席执行官Barry Bunin博士接受了采访。

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巴里·布宁
CDD Spotlight使我们有机会介绍与我们互动的一些科学家,因此,我只是从您的背景知识以及您过去所做的研究以及您正在目前正在做的事情,显然是 生物搜索 和阿斯特兰德。

艾伦·伯格
我们在这里进行的研究 生物搜索 专注于建立基于细胞的分析方法,我们可以用来筛选化合物和新材料,并更好地预测其在人体内的活动,因此这是一个艰巨的障碍。

我们的方法一直是在复杂的环境中将细胞培养物和共培养物放在一起,这样可以更好地建模或模仿疾病环境,因此它们并非简单的测定方法。它们在生物学上往往相当复杂,我们发现,通过将环境因素和细胞类型的正确组合放在一起,一旦能够更好地建模 体内 生物学,实际上它比您正在研究的途径(例如,孤立的途径或信号传导途径)具有更高的可重复性。

我们认为,发现复杂性实际上更具可重复性,并开发了一种测定平台,在该平台上,我们建立了参考化合物(生物学上感兴趣的试剂)的数据库,并通过我们的测定和检测套件对它们进行了分析。多年以来,我们已经开发了该数据库,可用于比较新化合物并了解有关目前市场上尚未真正了解其作用的药物作用机制的更多信息,这导致了我们以新的方式寻找新的代理商。

我们进行筛查,进行作用机制研究,并帮助人们将分子信息,生化水平信息,化验数据转化为可用于动物模型或实际预测其化合物在临床上如何工作的信息,它是否会完全活跃,新陈代谢稳定,相当稳定,以及在临床上可以进行哪些活动。

我们涵盖许多不同的生物学领域,涉及各种靶标:GPCR,激酶,核激素受体等,以及广泛的生物学,自身免疫,炎症机制,组织重塑机制以及发育和分化。

这就是我们在BioSeek上一直在做的工作–现在已有十多年了。在此之前,我从事治疗性抗体的发现和开发,因此我一直对从板凳到床头的区域感兴趣。我们如何做得更好,找到可以安全地在人体内安全使用的新药。

巴里·布宁
因此,这是一个巨大的,大胆的,大胆的目标,它试图更好地模仿人们,这是人们长期以来一直试图进入药物发现领域的东西,所以我对最终手段的更多细节感到好奇–在朝着这个艰巨目标迈进的过程中,您利用或发现了哪些有趣的技术或方法。

艾伦·伯格
对于我们来说,关键是尽早意识到必须拥有高通量数据,因为要查看的变量太多,能够进行大规模基于细胞的测定使这成为可能。

人与人之间有很多差异,因此我们必须拥有一项技术,您可以同时比较许多不同的捐助者。您想要查看每种测定法中许多不同的生物学活性,并进行多次重复,8、10、12次重复,因此您了解:可重复性在哪里,变异性在哪里?

高通量技术 在培养各种不同人类细胞类型的培养基,培养硬件或培养材料方面是关键和先进的。在过去的15年,20年中,有了很大的进步。这些是关键,也是我们用于数据分析的所有工具。真是太好了。

巴里·布宁
根据您所说的来自许多捐赠者的基于细胞的测定,我想知道您在患者的药物分层与对系统的充分了解之间存在一种争论,以至于一种药物可以击中更大比例的患者群体,因为您查找的数据比其他人通常要多。

艾伦·伯格
是的,我们看到的是,尤其是在我们的系统中,我们现在对特有的结果或活动类型有了更好的了解。为什么只有一些病人–为什么30%的患者在许多治疗方法上都能改善,对吗?他们仅对某些患者有效,并且有很多因素–除了遗传因素外,他们是否患有另一种潜在疾病,是否患有流感等都是共病的,所有这些变量都会影响结果,无论是疗效还是安全性结果。

由于多种因素共同作用,很难对患者进行分层。这不仅是遗传学,而且很少是遗传学。我们想相信人们可以使用基因对患者进行分层,但是我认为我们在调查毒理学领域发现的一件事是,观察到的许多毒性都是特异的,如果可以的话增加所有患者的剂量,最终他们都会受到毒性的影响。同样,当患者患有某种持续的炎症时,这将完全改变他们的反应–他们是否会发生不良事件。

有关患者的数据越多,我认为越能帮助我们弄清这些问题,并能够在处方中做得更好,因此,如果您有这种或多种药物,除了遗传药物外,不要服用这种药物注意事项。

关于患者分层研究,我要说的一件事是确实非常昂贵,因此我们需要更好地为这类工作提供资金。获得使用患者材料的批准以及进行实验的费用非常非常昂贵–所有必须完成的文书工作–而且您必须保护患者并确保告知他们,这很昂贵。我们必须以某种方式使它更容易实现。

巴里·布宁
对于CDD来说,这似乎是我们未来可能要考虑的挑战,而我们尚未想到……思考这很有趣。我最近在您的实验室停了下来,因此我可以充满信心地说,您已经成功完成了BioSeek的并购,并且每个人在那里的合作都非常愉快。我只是很好奇您在小组内部,小组之间的协作方式以及与他人之间的某些协作方式。我知道您已经宣布与EPA合作。您有许多药物发现合作–什么有效,什么更好,与“与他人一起玩”和合作带来哪些挑战和机遇?

艾伦·伯格
对于我们来说,我们致力于科学卓越,这对我们有很大帮助。我们尽量不要过分承诺为合作者提供的服务,对科学持开放态度。这永远是最好的方法。在合作者方面,我们非常重视团队合作,这是因为我们是生物学家,而且我们真的了解没有人能了解所有事情,因此我们确实依赖与客户的良好工作关系。他们与我们紧密合作,并尽可能多地告诉我们他们的问题,从而充分利用了我们的工作,我们发现这可以帮助我们将所有方面整合在一起,以研究一种行动机制。通常,您只需要拥有所有信息就可以确定这一点,密切的工作关系也可以帮助我们以及对我们的客户取得成功,因此,最好的科学永远是我们的目标。

巴里·布宁
我想谈一谈科学中有趣的“啊哈”时刻。可能是在行业或学术界,或是在日常工作之外还有一些有趣且值得分享的事情,这些事情会使您的头有些微旋转。

艾伦·伯格
实际上,对于我们来说,这是很常见的,因为在药物作用机理上看的人并不多,而且我们几乎每天都会学到一些新东西。好吧,我不会每天都说,但是经常有人跑到房间中间,说:“哦,哦,这样,这样,我们不知道,它解释了一切,”所以事件,这些发现对我们来说真的很令人兴奋。我的意思是,我热爱我们的工作,这对医学理解药物作用机制非常重要。

巴里·布宁
除了您自己的研究之外,我们所有人都将进行讨论和阅读文献,您所看到的是一个多么有趣的发展或研究,理想情况下,那里的其他好奇的科学头脑会感兴趣吗?

艾伦·伯格
我当然会关注所有干细胞的研究工作,而我只是对其中的一些进步完全着迷,因此,如果有一件事情能脱颖而出,那么就只有使用药物的全部能力,或者是小分子来诱导分化为各种不同的能力。细胞谱系,因为在过去,我们一直在寻找推动分化的自然因素,对吗?

维生素,不同的维生素或视黄酸之类的东西,而不是实际寻找可能做同样事情的新小分子–因为这是细胞培养中每种细胞类型都能拥有的圣杯; (模仿)病人在试管中,以及控制病人的能力–那可能是我过去一年左右一直关注的更令人兴奋的事情之一。

巴里·布宁
有趣。我记得我读过Peter Schultz等人关于可能影响干细胞分化的不同小分子的评论,而在CDD上,我们拥有不断增长的公共数据气球,其中包括已知的,基因家族广泛的化合物,现成的,研究人员通常会感兴趣的数据,以他们自己的数据首次安全地查看。而我一直在争论的事情之一,尤其是在 加州干细胞计划,是否值得汇总所有不同小分子的信息以及它们如何影响干细胞的繁殖和分化?以便所有这些分子都可以集中在一个地方,这不是一个很大的集合–实际上是非常有限的。

艾伦·伯格
哦,绝对。您正在激活的某些路径或路径的组合或正在执行的操作,是的,我认为这将是一个很好的资源。

巴里·布宁
我的大部分问题都是笼统的,只针对您,但是我们是CDD,我们也是一家公司,所以我很好奇–分享您最初选择CDD的原因,合作的需求和兴趣在哪里?

艾伦·伯格
直到今天,我仍然没有竞争对手。我只是看不到有人在做CDD,是吗?您是否有竞争对手,可以完全满足您的需要(在一个系统中将其他数据保密的同时进行安全协作)?

我们与CDD合作开展项目时就接触了CDD。 环保局 我们正在筛选化合物库并生成数据作为合同的一部分。在我们运送或通过电子邮件将Excel文件发送给他们时,发生在我们身上的确是一件很棒的事(随时间推移汇总信息的位置) –为了能够在基于Web的界面(私有)上更轻松地通过Web共享此类数据,这是因为我们当然知道PubChem,这是政府资助的,可公开获得的有关化学和分析数据的网站,但是使用起来很麻烦,而且整理起来很麻烦。

就我们与EPA的合同而言,他们希望对数据进行质量控制,并在实际将其发布给公众之前先对其进行内部检查,因为他们想确保数据的质量,并确保所有内容均经过精心设计等等,因此我发现CDD可以私下共享这种软件工具,并且可以上传所有数据,获取数据然后轻按一下以使其公开,这显然是一种工具。这就是我参与CDD的那一刻的“啊哈哈”时刻,因此我们以某种方式研究了导入数据并与EPA共享的方式。

我仍然认为今天还没有好的共享数据的方法,但是,当然,我们作为一家小公司,我们是创新者。我们喜欢站在最前沿。我们仍在等待更多的人加入CDD,这对于小型公司当然有用,并且扩大CDD与政府的关系是有道理的。我认为我们仍然需要冰山一角。

 

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