集成了SARvision的3d捕鱼达人 Vault | SM

3d捕鱼达人库更新徽标
八月15,2018

SARvision | SM和3d捕鱼达人保险库

SARvision | SM具有与3d捕鱼达人 Vault连接并导入存储在Vault中的数据的功能,以简化结构活动分析(或SARvision | Biologics的序列结构分析)。 SARvision | SM使您能够自动识别化学型,在层次结构树中将分子分组在支架上,轻松创建R组表,网格视图,执行匹配的分子对分析,枚举库,使用与化学型相关的图可视化数据,过滤表根据选定的属性范围,可以一次搜索多个查询的搜索库,并与Word和Excel无缝连接以生成报告。 SARvision | SM的附加软件AMEDEO提供了使用机器学习进行线索优化的工具。

几个简单的步骤显示了如何访问3d捕鱼达人 Vault帐户,然后将与您的分析相关的数据提取到SARvision | SM中

1)登录3d捕鱼达人保险柜,然后转到 设定值。下 API密钥|新增金钥 与SARvision一起使用。复制此密钥,以便可以在下一步将其粘贴到SARvision中。此项包含所有信息,以允许SARvision | SM访问您的3d捕鱼达人 Vault数据库。请注意,以后可以删除它以删除访问。

1 3d捕鱼达人设置

2)在SARvision | SM中, 文件->Import from->3d捕鱼达人 Vault… 将您在第一步中复制的API令牌粘贴到正确的框中,如图所示。 “更新”按钮将重新加载3d捕鱼达人 Vault中可用的已保存查询,您可以访问这些查询。如果没有,请登录3d捕鱼达人 Vault并创建一些。在ChemApps 3d捕鱼达人库连接器中,选择查询之一,然后按 进口 按钮。

3)加载一些数据后,右键单击“数据表”选项卡,然后使用 列… 控件以清理表并仅显示相关列。

4)右键单击Scaffold Tree工作区(左上方)以获取树菜单。选择 识别脚手架… 并使用默认设置生成代表此特定数据集的相关化学核心或支架。

5)用户可以通过右键单击该支架并选择来编辑树中的任何支架 编辑脚手架… 用户还可以使用此菜单拖放支架,删除支架以及手动拉入支架。

6)可以在下面添加数据的其他视图 主菜单->Insert。在此示例中,添加了一个R-Group表。要触发表的重建,请双击任何支架。这将加载属于该支架的分子,使其相对于支架重新定向,并基于支架对分子进行颜色编码。

现在,您可以使用大量工具进行线索优化,库设计或小分子药物发现中常见的其他任务。

这为您提供了许多分析数据的选项…

网格视图:

RxR表:

匹配的分子对:

几个图形选项,包括脚手架图:

并添加机器学习功能,以使用AMEDEO对活动或与ADME相关的属性进行潜在客户优化。

3d捕鱼达人库还可以与SARvision | Biologics无缝连接,该程序提供了一个读取和整理生物聚合物数据的平台。该程序可以看作是一个智能电子表格,可以简化与生物聚合物(包括肽,蛋白质,核酸,化学修饰的残基和非天然氨基酸。 SARvision | Biologics提供了许多将序列与活动相关联的工具。

SARvision | SM的制造商Altoris发布了 短片 在You-Tube上显示了在3d捕鱼达人 Vault和SARvision | SM之间进行集成的步骤。

 

一如既往,随时 联系3d捕鱼达人支持 寻求帮助。