3d捕鱼达人扩大了盖茨的资助

2011年1月13日

账单&梅琳达·盖茨基金会 最近扩展 它先前向3d捕鱼达人提供的赠款,用于创建一个新颖的数据库,以激发合作努力,以发现更有效的抗 结核病(TB).

在过去的两年中,3d捕鱼达人 TB数据库(3d捕鱼达人 TB DB)整合了遍布全球的学术,非营利,政府和公司实验室的工作,以加速他们为发现这种致命疾病的新疗法而付出的努力。

随着该项目进入其第三年的支持,现在是突出前两年取得的一些成就的好时机。 3d捕鱼达人具有:

  • 来自58个以上重点研究结核病药物的重点实验室的顶尖科学家和研究人员的安全参与,其中包括20多个不同的科学合作项目。 3d捕鱼达人 TB DB已成为大多数这些小组工作流程中不可或缺的一部分,使他们能够更好地理解其数据并更有效地利用其有限资源。
  • 促进多个实验室之间的协作,要求安全地交换与结核有关的实验和计算数据,使他们能够选择性地比较其结果,避免重复工作,并制定更好的未来研究重点。这些合作使以前分散的努力可以开始合并为“虚拟制药组织”的基础。
  • 确保四家最大的全球制药公司参与支持结核病药物的发现,并通过开放和安全的私人渠道促进它们与学术机构和其他非营利研究小组之间的数据交换。
  • 使用公开,专利和社区来源的MIC,IC50和/或Tox数据对300,000多种独特分子和超过300,000 TB测定数据点进行数字化处理;在3d捕鱼达人 TB数据库中策划它们;并将它们发布给任何人,以便通过 3d捕鱼达人公开 [hyperlink],3d捕鱼达人为整个研究社区的利益而托管的一项免费服务。
  • 使参与研究的小组能够利用复杂的数据分析策略,而这些策略是他们无法执行的,适合每个小组需求的能力。实例包括通过计算方法识别潜在的靶标机制,搜索可能要用药效基团模型测试的化合物,将重点放在包括ADME在内的所需分子特性上,对数据集进行复杂的统计分析以及提供高级可视化功能。
  • 通过帮助确定化合物的选择和进一步研究的方向,为所有试验用户群体的进步做出了实质性贡献。

3d捕鱼达人的一些最高级功能已在该TB社区中首次亮相。例如,一个结核病实验室正在使用3d捕鱼达人的软件来管理一系列分布式项目,就像大型制药公司在内部所做的一样。 3d捕鱼达人现在正在向所有用户部署称为“项目”的此功能。

3d捕鱼达人 TB DB项目的参与者称赞它的价值:

  • 传染病研究所的Tanya Parish:“ 3d捕鱼达人不仅仅是数据存档。这确实是我们所有研究的主力军,随着我们加强其他合作,这将变得更加重要。”
  • 传染病研究所Joshua Odingo:“ 3d捕鱼达人一直是金矿!”
  • 德克萨斯州乔尔·弗伦德里希(Joel Freundlich)A&M:“ 3d捕鱼达人一直是我们在结核病药物发现计划中利用的最佳软件工具。”
  • 美国国立卫生研究院Todd Gruber:3d捕鱼达人使“我可以快速决定要继续研究哪些化合物…特别是在寻找新颖的脚手架时。 3d捕鱼达人对于处理海量数据具有不可估量的价值。”

在B的持续支持下,我们期待将3d捕鱼达人 TB DB项目再延长三年&MGF,我们对此表示感谢。

在该项目的过程中,3d捕鱼达人发表了几篇与结核病,被忽视的疾病以及与药物合作者相关工作有关的论文。所有这些论文可应要求从3d捕鱼达人获得。

  1. Ekins S,Freundlich JS,Choi I,Sarker M和Talcott C,用于结核病药物发现的计算数据库,途径和化学信息学工具,微生物学趋势,印刷中,2010年。
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21129975
  2. Ekins S和Williams AJ,分子特性模式的Meta分析和抗疟药和毒品的公共数据集过滤,MedChemComm,1:325-330,2010。
    http://pubs.rsc.org/en/Content/ArticleLanding/2010/MD/C0MD00129E
  3. Ekins S,Kaneko T,Lipinski CA,Bradford J,Dole K,Spektor A,Gregory K,Blondeau D,Ernst S,Yang J,Goncharoff N,Hohman M和Bunin BA,分析和命中过滤非常大的化合物库针对结核分枝杆菌进行了筛选,Mol BioSyst,6:2316-2324,2010。
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20835433
  4. Rishi R.Gupta,Gifford,EM,Liston T,Waller CL,Hohman M,BuninBA和Ekins S,使用开源计算工具预测人的代谢稳定性和其他ADME / Tox特性,Metab Metab药物,38:2083-2090 ,2010年。
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20693417
  5. Ekins S和Williams EJ,《制药公司发布大型数据集:丰富的财富还是傻瓜的黄金?》,今日药物唱片,15岁; 812-815,2010年。
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20732447
  6. Ekins S,Gupta R,Gifford E,Binin BA,Waller CL,Chemical Space:化学信息学上的遗漏品,Pharm Res,27:2035-2039,2010。
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  7. Ekins S.和Williams AJ,向合作者提供帮助:药物研究的众包,Pharm Res,27:393-395,2010。
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20107873
  8. Ekins S,Bradford J,Dole K,Spektor A,Gregory K,Blondeau D,Hohman M和Bunin BA,结核病药物发现的协作数据库和计算模型,Mol BioSyst,6:840-851,2010。
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20567770
  9. Bingham A和Ekins S在制药和生物技术行业的竞争合作。今天的毒品迪斯科夫。 14:1079-1081,2009。
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19835979
  10. Hohman M,Gregory K,Chibale K,Smith PJ,Ekins S和Bunin B,新颖的基于Web的工具,结合了化学信息学,生物学和用于药物发现的社会网络,今日Drug Discov。 2009年3月; 14(5-6):261-70。
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19231313

该博客由3d捕鱼达人 Vault社区的成员创作。 3d捕鱼达人库是托管的 药物发现信息学 安全管理私人和外部生化数据的平台。它提供了核心功能,包括 化学注册, 结构活动关系, 化学品库存电子实验室笔记本 能力!

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