3d捕鱼达人库更新:计算和模型

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2014年5月10日

我们介绍 3d捕鱼达人视觉,新的分析和可视化产品,3d捕鱼达人 Vault中的预测模型构建以及六个较小的增强功能。我们很高兴看到您可以使用此发行版中的工具实现什么。

协议内的计算– 3d捕鱼达人视觉的一部分

这是3d捕鱼达人 Vision的介绍性发行版,它是3d捕鱼达人 Vault的可选扩展。在保管库中启用3d捕鱼达人 Vision时,您可以对协议读数,化学性质和数字常数执行自定义计算。以后的版本将提供动态可视化套件,以提供决策支持。要立即开始使用3d捕鱼达人 Vision,请联系 [电子邮件 protected] 适用于早期采用者计划。

计算被定义为协议中一种新型的读取定义。

Add_calculated_readout_definition

此版本使您可以在计算中使用单一协议中的化学性质和读数。即将发布的版本将使您可以在一次计算中结合来自单独测定的读出定义。

Example_formula

交互式公式生成器使定义计算变得容易,并且Excel用户应该很熟悉。最好的部分是,一旦创建了新的数据,则当将新数据导入到方案中或由于编辑结构而导致化学性质发生变化时,计算结果将自动更新。 阅读计算教程.

模型生成器– 3d捕鱼达人视觉的一部分

这也是3d捕鱼达人模型的介绍性版本,已包含在3d捕鱼达人 Vision订阅中。请联系 [电子邮件 protected] 了解如何开始使用它。

创建模型仅要求您选择要用作训练集的化验并选择活性化合物。使用结构的FCFP6指纹建立贝叶斯统计模型,然后将其用于对尚未筛选的化合物进行排名。

该模型存储为一种协议类型,并提供了ROC图,因此您可以评估其有效性。

鹏

该模型将在创建模型时自动为您选择的项目中的所有化合物评分。随后,您可以将其与其他项目共享以对其他分子评分。每个分子都有一个相对得分,适用性度量标准和最大相似度数。

Model_readout_definitions

值得指出的是,最大相似度值独立于贝叶斯模型,并为您提供了一次使用所有活性化合物执行相似度搜索的方法。

该模型功能目前处于beta测试阶段,并将在来年进行重大改进。我们’d 爱听 您希望对模型进行什么处理,以帮助指导这种发展。 阅读3d捕鱼达人模型教程.

其他值得注意的变化

导出板图

当您准备挑选樱桃或稀释板时,可以直接从“板”选项卡中轻松下载父复合板图。只需搜索板名,然后单击以导出板图。导出的文件包含板和孔位置,以及分子和批次分配。

Export_plate_map

多个文件附件

对于消息,分子,板,运行,参考和方案,可以使用计算机的文件管理器应用程序(在Windows上为Explorer,在Mac上为Finder)选择多个文件,从而一步即可上传多个文件。上传后,所有附件的图像也会呈现为预览。

打印机友好图

通过导出到Excel时选择“单色”选项,可以将剂量响应图打印为单色(灰度)图像。

Export_plot1

Export_plot2

更新的剂量反应计算

剂量响应计算不再需要交叉点上方的活动点。例如,当没有响应超过50%时,仍然可以报告IC50。

更新了API GET调用

除了其他分子特性和结构格式外,GET Molecule现在还返回IUPAC和InChI结构。

pKa型

3d捕鱼达人报告最强的酸性或碱性pKa值。我们添加了一个字段来指示计算出的pKa值是针对酸性中心还是碱性中心。

Pka