GSK发布的激酶抑制剂套装(PKIS)现在可在CDD库中使用

2013年7月8日

GSK蛋白激酶抑制剂组(PKIS)引起了广泛关注。

 Kinome博客图片

used with permission fr om http://kinase.com/human/kinome/

正如Derek Lowe的“在管道中”博客中所指出的那样:“该公司向任何从事激酶领域工作的学术研究人员提供了367种化合物,只要它们的结果可公开获得即可。’对于学术界以及对激酶途径感兴趣的人,您绝对需要研究一下这种化合物。” As Lowe noted, the dataset has been made 有空 via the 实验室 网站。博客上的一些评论指出,鉴于Kinase SARfari数据库与新的ChEMBL数据库不同步,从ChEMBL获取所需的数据非常棘手。

本着改善对重要数据的访问的精神,我们收集了ChEMBL善意制作的PKIS数据 有空 ,并对其进行了处理,因此可以在协作药物发现(CDD)网站上进行访问(就像我们所做的一样) 先前 用于Kinase SARfari数据库)。同样,本着GSK和NCATS的精神(doi:10.1371 / journal.pone.0057888)和CDD的精神 公共数据政策 ,CDD可将研究人员希望共享的任何SAR数据免费公开提供给公众,甚至帮助格式化数据,以尽我们所能。

转移到CDD可以使数据更加“医学化学家”友好。我们还整理了数据集。例如,实际上只有364种化合物(某些重复是由于盐的形式或同一分子的替代名称)。我们还尝试在可能的情况下标准化目标名称(例如,对于UNC数据集,激酶IKKA,IKKB和IKKE被称为IKK-alpha,IKK-beta,IKK-epsilon)。并不是说我们是完美的……我们也感谢对我们的数据集所做的任何更正!

总而言之,已经针对225个目标(0.1和1 mM)测试了364种化合物。对于那些熟悉CDD的人来说,数据可以通过两个项目获得。在第一个协议(MultiProtocol)中,每个目标都作为单独的协议发布。因此,您可以按化合物结构(或子结构)以及目标名称进行搜索。在正交项目(OneProtocol)中,只有一个协议,但是在一个读数中列出了226个目标(适用于喜欢该格式的客户)。

无论哪种方式,现在都可以使用 以其他形式公开。我们希望您觉得有帮助。


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