协作发现者的Kinome SAR

2013年4月4日

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许多CDD用户都熟悉 实验室,是具有生物活性的类药物小分子的重要数据库,其中包含从多种来源(文献,保存的数据集,其他生物测定数据库)整合而来的药物化学,生物信息学和生物测定数据。该数据库由欧洲生物信息学研究所(EBI)维护,该数据库基于Wellcome信托基金的奖励,从而在John Overington领导下在EBI创立了ChEMBL化学基因组学小组。

在ChEMBL可用的许多宝贵资源中,有Kinase SARfari子集。如ChEMBL网站所述, 激酶SARfari 是“专注于激酶的综合化学基因组学工作台。该系统整合并链接了激酶序列,结构,化合物和筛选数据。该数据库是非常有用的资源,可在广泛的测定中针对大量激酶针对激酶活性化合物提供大量SAR数据,其中许多是从文献中手动提取和整理的。

尽管此数据库和相关的界面对激酶生物化学家非常有用,但它并不像激酶化学家所希望的那样有助于SAR评估。为了使此数据在CDD界面中可用,我们采用了Kinase SARfari的核心表,并将其与ChEMBL数据库中的另一个关键表合并,从而提供了一个字段,该字段描述了每个记录中使用的测定法,其细节比本地SARfari中的信息更为详尽。现在,我们可以通过CDD界面使用此合并的数据集。

在这个新的数据集中,我们创建了400个协议,其中每个协议代表SARfari数据库中400种激酶之一。该组织允许用户按分子,亚结构,激酶靶标或测定结果进行搜索。这使人们可以研究多种分子对单个靶标的SAR或一系列化合物对多种激酶的交叉反应性。

除此激酶生物活性数据外,SARfari还提供了其他两个重要的数据集。第一个称为“ Starlite ADMET”数据集。这些数据是分子特异性的,但与靶标无关。相反,它们通常代表激酶抑制剂的体外或体内PK或毒性数据。这些数据已被提取到称为CDD的单个协议中 ADMET数据。第二个数据集被称为“ Starlite Functional”数据。这些数据还是分子(不是靶标)特异的,并且通常代表各种体内或离体实验的结果。这些数据已被提取到CDD协议中 功能数据.


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