巴里·布宁(Barry Bunin)–毒品重定位小组谈话稿

2011年7月20日

巴里·布宁

巴里

好吧,所以我’我将讨论驱动药物再利用的协作平台,这也是通常用于药物发现与否的平台,以及我们合作的一个例子’一直在与条例草案合作&梅林达·盖茨基金会一直在支持结核病研究,最近被美国国立卫生研究院的研究人员提名’的内部计划,NIAID和TB联盟,获得了BioIT最佳实践奖,这是一个有趣的例子,’重新支持在全球范围内合作的结核病研究人员,现在’进入了第二阶段,与一些领先的结核病研究人员合作,他们拥有三种不同的大型制药公司来推进这些结核病项目,’这将是我谈论的三个案例研究之一。

因此,简要介绍一下主要技术的概念,这就是所谓的 CDD库®强调在发布或获得专利之前IP敏感3d捕鱼达人的隐私和安全性。它’首先要强调安全性,这一点非常重要,因为握手代表了协作能力,因此您可以选择性地共享带有或不带有生物3d捕鱼达人的生物结构或没有化学结构的生物3d捕鱼达人,直到单个实验(例如,一个分子或IC50测量) 。因此,对于诸如药物重用之类的事情,您想要不同的大脑,不同的假设和预测,甚至需要不同小组进行的实验验证,这是一种使人们像一个组织一样工作的方法,即使他们’重新不​​同的公司。因此,CDD的广阔视野是,无论他们属于哪个小组,任何人都可以与其他人一起使用安全的IT。’在工作,我们’在云中已经做了7年了。 mm4tb合作 这是两家大型制药公司(阿斯利康(AstraZeneca)和赛诺菲-安万特(Sanofi-Aventis))的有趣例子,它们与大约30个不同的组织合作, 一个有凝聚力的小组,在保险柜中使用协作项目 (在某些情况下使用大型制药公司的掩盖结构)。 GlaxoSmithKline在CDD上共享了疟疾3d捕鱼达人,而诺华在CDD上共享了结核病3d捕鱼达人(都使用了安全保险库,协作和公共功能)。例如,许多学者都在筛选中心,在那里他们可以找到具有不同克隆蛋白的不同教授,以便通过化学供应商库进行筛选。因此,筛选中心可以使用CDD Vault,而无需上载20次不同的化学库,他们只需将其上载到Vault中一次,每个生物学家在Vault中都有一个单独的安全协作项目。如果您有权查看全部20个项目,则可以挖掘所有3d捕鱼达人,反之,如果其他人只能访问1个项目,那么他们只会看到访问该3d捕鱼达人的信息,而对其他19个项目的存在一无所知。我们已经开发出一种简单的方法来实现这一目标,因此研究人员可以在其自然科学工作流程中进行协作。

传统技术的转折点在于协作能力,因此,此图表的重点是从个人角度来思考’的观点以及组织’的需求并具有临时访问权限,例如,如果您想在合作之前仔细检查并确认结果,或者您想要进行空间划分,就像您必须查看三个不同实验室的结果,但他们只能看到它们的三分之一它,然后如您先前通过类型所听到的,该对象是Ki还是一批分子。以便’s the place where we’ve been 在novating.

那么,这对于那些可能希望将其资产与其他学者或其他具有互补能力的公司重新利用的组织有何关系呢?因此,如果您考虑药物开发过程的经济性,那么一家大公司’不能一路服用所有药物,昨天我们听到了很多关于第二阶段后具有清洁安全性或毒性特征的化合物的信息,’足够有效或没有足够大的市场机会,因此无法进行更昂贵的第三阶段试验。

因此,如何才能让所有出色的工作和潜在的活动(可能是罕见的,被忽视的甚至是较小的商业迹象)被另一个合作伙伴进一步采用,又如何从代表知识产权的3d捕鱼达人方面弄清这两个方面呢?这些小组可以一起工作吗?

所以那里’的评论。这仅是举一个例子,说明海报儿童的公共空间用于为Thalidomide进行毒品重新定位或重新定位,那里有来自其他十个群体的3d捕鱼达人,’愿意在公共空间共享。现在,对于公共空间中的每个示例, ’私有或协作空间中的3d捕鱼达人量将是20倍。因此,我们的同事之一肖恩·埃金斯(Sean Ekins)最近发表了此评论,内容涉及对已批准的罕见和被忽视疾病药物的重新定位。我认为有两个有趣的表格值得分享,例如AK1,一种受体拮抗剂,’我们一直在寻找抗药性HIV感染和南美锥虫病抗心律不齐的药物,因此所有这些都是通过低通量筛查方法发现的,这使人们有机会对此进行研究,因为这是基于您的背景知识和您所在地区的药物知识可能有其他想法。

第二个不错的表只是通过更高吞吐量甚至发现的示例 西利科 方法,特别是我想提一下约翰·霍普金斯小组’与大卫·沙利文(David Sullivan)一起工作,他实际上有一个CDD结构的物理化合物库,但是他在《自然》杂志上发表了用于电镀和运输的实际微滴定板。布赖恩·罗斯(Brian Roth)早些时候还发表了一篇关于旧药物的新用途的论文,因此,这个领域已经发展了很多年,并且与以前的幻灯片一样,而不是谈论每个例子,我’我只需要给人们一两秒钟的时间来思考这个问题,并能够为他们提供将自己的毒品资产用于其他领域的想法。如果人们需要更多信息,他们应该给我发电子邮件或向肖恩’是纸上的实际作者。

因此,该出版物中使用CDD进行药物重新定位的一个例子’从一些3d捕鱼达人开始,例如使用2D相似性搜索的TB筛查3d捕鱼达人集。您可以在CDD中建立子结构和Tanimoto的相似性,他可以自行执行其他更复杂的药效团方法。您可以在拥有的3d捕鱼达人集和公共部门的3d捕鱼达人集(例如FDA药物集)之间寻找匹配项,然后 找到像您的命中分子一样的已知药物 这样的项目,任何最初不是重新定位药物,重新努力的项目都可能是!

这是因为在公共空间中(即使大多数3d捕鱼达人都在私人保险库和协作保险库中),我们可以从CDD中可从FDA站点子结构中搜索到的信息,这些信息可用于重新定位/重新定位药物,以及示例例如来自化合物供应商或学术供应商,例如我们拥有GPCR基因家族范围的SAR3d捕鱼达人或来自北卡罗莱纳州和科罗拉多州的脂质3d捕鱼达人,因此搜索者可以从常规角度出发思考正在从事的工作。而且之所以如此独特,是因为我们’这样做已有七年了,我们对生态系统的各个部分都有着很大的吸引力,而我们在瑞士的立场是“如果您愿意”,而我们不主张任何知识产权,我们的全部信任基于以下事实:’与其他人一起工作,他们便开始努力。我们’ll提供技术。我们的商业模式是CDD的订阅供您私人使用,然后可以免费使用公共空间。

因此,仅分享由于这项技术和互补小组共同努力并有选择地共享3d捕鱼达人而产生的另外两个案例研究。因此,观察家们发现维拉帕米会逆转对癌症治疗的抵抗力,疟疾研究人员也发现这是事实。昨天我们从SLU的演讲中听到的疟疾问题之一是 ’s 耐氯喹 …因此,如果您可以组合使用像Verapamil这样的化合物,则可以逆转电阻,开普敦大学的Kelly Chibale教授发现,仲胺远离芳香环的四个原子的这种亚结构也可以逆转电阻。而且由于他曾在UCSF担任博士后,而McKerrow教授正在研究其他被忽视的传染病,因此他们愿意合作,我们发现该子结构有79个匹配项,FedExed超过了这些匹配项,Peter Smith在人血中进行了检测细胞发现了一种可以逆转耐药性的化合物,’之所以重要,是因为,如果您了解综合信息,可以节省时间表数月,数季或数年。但是,克里斯·利平斯基(Chris Lipinski)用我们的第一个已知药物及其治疗适应症3d捕鱼达人集有趣的是,我们发现了18种具有该亚结构的已知药物与MS Discovery FedExed配对,发现其中有两种几乎结合使用时可完全反转电阻–超过七倍的阻力逆转。因此,可能需要花费数年或数十年的时间。而且,如果您是患有抗药性疟疾的孩子,那可能会很有趣。因此,我分享了这一点,因为a)没有选择性共享3d捕鱼达人的技术就不会发生,但是b)’如果没有将其他人拥有的其他资源与其他人联系在一起,就不会发生’t have available.

因此,以现代场景来看,直到今天,这是我之前与Stewart Cole和Astra-Zeneca和Sanofi-Aventis以及该项目的项目负责人提到的示例,有趣的是,该小组正在一个具有不同项目选择性共享和协作的保管库,因此’有点像我将来看到的领域。

所以换一点档位’许多信息有助于发现药物’不是那个专有的 ’甚至还发布了诸如Abbott NMR警报和Pfizer Lint警报之类的警报,这些警报可以挑选出您可能想知道的芳香亚硝基或硫化合物之类的东西,最近我们感到非常自豪,我们与辉瑞公司的开源模型和描述符等同于昂贵的商业模型,这为制药企业之间,制药企业与初创企业和学者之间可能希望分析化合物的集体协同增效潜力 为hERG说 或在不共享专有结构的情况下实现人肝微粒体的稳定性,就像匿名患者一样,’不想以任何方式对其进行反向工程。因此,我们有两种匿名信息的方式。首先是基于结构的模型,所以您不’甚至不必共享结构,您只需共享模型。该海报仅显示出统计上的3d捕鱼达人等同于顶级商业描述符和模型。该3d捕鱼达人集特别有趣,因为当辉瑞收购Parke Davis,Pharmacy Upjohn等时,他们拥有ADME和Tox3d捕鱼达人集的最大集合,至少据我所知,因此这些预测与3d捕鱼达人一样好或坏这些3d捕鱼达人集是世界上最强大的(如果不是最强大的)之一。

因此,让商业组织完全满意的第二部分是选择性共享功能,因此可以与一家公司一起使用,仅与另一家公司一起使用,这两家公司可能希望许可重新定位候选药物或其他候选药物,但是如果您对该分子进行了分析,它看起来很有前途,’您可能希望在药物发现过程中进行下一个分析的位置。

因此,总而言之,人们会考虑自己的个人努力,技术可以改变游戏,而软件实际上确实会影响效率以及我们’我们做到了这一点,因此人们可以根据需要进行协作,而不必担心在法律或业务开发周期中等待六个月或十二个月,而不必担心什么时候’(通过同时协作)发现的,您可以为此担心更多– and so that’s where I’d想把它包起来。


该博客由CDD Vault社区的成员创作。 CDD库是托管的 药物发现信息学 安全管理私人和外部生化3d捕鱼达人的平台。它提供了核心功能,包括 化学注册, 结构活动关系, 化学品库存电子实验室笔记本 能力!

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