新型的协作式,快节奏的工作流程:从Twitter上的讨论到埃博拉上的微型出版物

2014年10月3日

从CDD CSO肖恩·埃金斯(Sean Ekins,M.Sc.,Ph.D.,D.Sc.)

我们都知道非洲以及现在其他地方发生的关于埃博拉病毒传播的噩梦。尽管重要的是要指出,到目前为止,它已经杀死了在同一时期因疟疾和结核病死亡的数十万人中的一小部分,但它仍然是致命的,传染性的威胁,只能提供有限的治疗选择。但是,在CDD,我们坚信挖掘药物发现数据可加快新疗法的开发。我们已将这种方法用于许多不同的传染病和被忽视的疾病,例如 疟疾结核菌。因此,我们想知道是否可以使用类似的方法来攻击埃博拉病毒。我特别对是否可以将FDA批准的药物重新用于治疗埃博拉病毒感兴趣。实际上,这似乎是一种非常有前途的方法,来自两个独立小组的研究人员已经筛选了FDA批准的抗埃博拉病毒活性化合物。

我对该主题的探索还为各种新技术工具如何加快研究步伐提供了有趣的插图。几个月前,我开始关注埃博拉病毒,使用以下方法在Twitter和RSS feed上跟踪主题 ODDT移动应用:

ODDT

昨天我发现一个 由我们的合作者之一Peter Madrid博士和他在SRI International的同事共同完成。令我惊讶的是,他发现与埃博拉病毒的抗药性很高,包括药物氯喹和阿莫二喹。这两种都是广泛使用的抗疟药。我在此发布了一条推文:

埃博拉病毒

然后是一名追随者舒尔茨向我指出了德里克·洛(Derek Lowe)的博客文章,因此我在这里发表了评论。

然后,一名海地的美国医生(Megan Coffee)回答:

CoffeeTweet

CoffeeTweet2

本文作者 约翰森等 他描述了2种在体外和体内有活性的选择性雌激素受体调节剂。然后,我推测了这两种药物的通用药效基团:

EbolaTweet3

我决定从ChemSpider移动应用程序中下载所有4种结构,然后将它们保存在移动分子数据表App中,然后 推特。 ODDT应用程序可以处理推文中的分子结构,它们在应用程序中显示为缩略图。

我的下一步是建立一个通用功能的药效团 探索工作室。这花费了32秒,以产生具有4个疏水性特征和一个氢键受体的药效团。随后搜索了两个具有先前计算的3D构象的数据集(包括 CDD Public的一组FDA批准的药物 包含2000多种化合物)。我发现添加氨二喹的范德华形状有助于将每种情况下的命中数限制在120个左右。这些检索从Madrid等人的文献中检索了一些命中资料,其中纸张尤其是雌二醇非常合适。这很有趣,因为该分子不是训练集的一部分。

药理基团

在进行此操作时,我汇总了一页的摘要,即“微出版物”。我张贴了这个 无花果上的文件 连同结果 数据库搜索 最终是原始的 药效团.

这代表了工作流的一个迷人示例,其中Twitter上的对话导致对已发布的重新利用数据的探索,可能揭示了分子之间先前未发布的关系。他们还可能揭示埃博拉病毒中的一个靶标具有一个结合位点,该结合位点可以处理结构多样的疏水分子,如果还可以探索与雌二醇重叠的其他类固醇,也就不足为奇了。当然,也许还可以建议抗疟药作为SERM有用,而SERM也可以作为抗疟药。所有这些问题都可以在将来进行测试。同时,迫切需要找到一种治疗埃博拉的方法。 Madrid等人和Johanson等人的工作指出了FDA批准的看似有希望的药物。一世’d想知道CDC,NIH,NCATS或其他地方是否有人正在迅速将这项工作追踪到诊所。

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